民间流传最广的说法是同治皇帝因为私生活不检点而染上梅毒，也就是花柳病，最后不治身亡的，还有说法是同治皇帝死的原因其实是来自于他的母亲慈禧，那么，同治皇帝究竟是怎么死的呢？
同治皇帝死于花柳病的说法主要见诸于一些野史小报。当时在北京的外国医学团体有一份内部报告，里面推断同治帝早在去世四五年前就染上了花柳病，后因治疗不得当，最终导致病情恶化而身亡。不过，这个外国医学团体中的人并没有亲自见过同治皇帝，所以这份报告中记载的内容都是根据各种传言收集的资料，并不具备权威性。
比较有力的证据是宫中所藏《万岁爷天花喜进药用药底簿》可知，在同治皇帝去世前的最后30多天时间里，御医多次为他汇诊。据记载的病情也是这样的：“湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水，腿痛盘挛，头颈、胳膊、膝上发出痘痈肿痛。”这明显是天花的症状，而不是梅毒的表现。
另外还有一个重要证据就是晚清重臣翁同龢在自己的《翁同龢日记》中也记载了同治帝是死于天花。由于日记是比较私人的东西，里面记载的内容一般都力求真实，因此可信度较高。两个资料相互佐证，基本可以认定同治皇帝确实是死于天花，而并非民间传言的花柳病。
因为他是死于天花，所以同治皇帝一不小心变成了清朝最短命的皇帝了。至于为什么会说他死于梅毒，大多数是来自于晚清的笔记、小说，并不是什么正经的史料来源。
不过，同治帝的死因虽然已经明确，但天花并非是必死的绝症，为什么同治帝却扛不过去呢？这其实和同治帝的亲生母亲，即慈禧太后有很大的关系。
众所周知，慈禧太后是个权力欲非常强的女人。为了保持住自己的权威和尊严，任何人对她来说都是“顺我者昌，逆我者亡”。当然，慈禧虽心狠手辣，但还不至于杀害自己的亲生儿子。不过，同治帝的死亡，慈禧也是难辞其咎。
原来，慈禧一直很不喜欢同治帝的皇后阿鲁特氏，经常有事没事就找她麻烦。有一天，阿鲁特氏去养心殿探病。在病床前，阿鲁特氏和同治帝诉苦，说太后又为了什么事责骂她，说道伤心处，不禁声泪俱下。当时同治帝病情已有所好转，于是他劝皇后暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子。
可是，同治帝夫妇却想不到，慈禧太后早就悄悄来到养心殿东暖阁外偷听儿子和媳妇的谈话。听到阿鲁特氏竟敢在背后告状，慈禧勃然大怒。她全然不顾儿子的病情，直接冲入养心殿内，一把抓住皇后的头发，举手痛打，并叫内廷准备棍杖伺候。同治帝本来就身体虚弱，看到这一情景，又急又怕，竟然昏厥了过去。看到儿子昏倒，慈禧觉得有点做过火了，于是免除了对皇后用刑。但同治帝却因此事受到严重刺激，发生“痘内陷”的病变。本来病情已有所稳定，但此事之后，同治帝的健康状况急转直下，很快就回天乏力而死。
因此，同治帝的死，慈禧虽然并非凶手，但却也有不可推卸的责任。事后，慈禧还把同治帝病死的责任都推到了皇后阿鲁特氏身上，对其百般刁难。两个月后，阿鲁特氏不堪忍受折磨，吞金自尽了。
后来，有一个御史认为皇后阿鲁特氏是为同治帝殉情而死，节烈如此，应当表彰。于是向朝廷上了奏折。结果，没帮阿鲁特氏争取到表彰，还把自己的官给丢了。由此可见，慈禧太后要是想整一个人，光整死是不够的，如有必要，甚至还要再踩上几脚。
熟悉清朝典章制度的人都会知道，不要说跑出紫禁城到外面逛妓院，就是连皇帝每天吃什么喝什么，都会有人详详细细地加以记载，一举一动都会有人严格加以规范。比如，现在中国第一历史档案馆的档案中，还有大量关于同治皇帝每天的食谱如何如何的事。那怎么可能发生同治皇帝躲开侍卫军的保护，一个人偷偷跑出去寻花问柳呢？所以，同治皇帝的死慈禧难辞其咎。
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