在古代四大文明古国当中，印度河文明的毁灭一直不是很清楚，学者们进行了广泛的研究和推测，但至今仍众说纷纭。
有人认为是地震引起了印度河水的泛滥所致。这种说法存在的问题是：如果是洪水暴发，那么在印度河文明的摩亨约·达罗城内，应能看到类似于古罗马维苏威火山喷发淹没庞培城时的情景，但是在摩亨约·达罗城遗址中只发现了十几具遗骸；而且洪水泛滥可以用来解释某一个或者若干个城市的毁灭，但不能用来解释整个印度河文明的消亡，因为洪水不可能同时淹没所有地带。
有人认为是社会内部阶级矛盾的激化引起内部的冲突和斗争，结果双方同归于尽，导致了文明的毁灭。但是，人们迄今还无法找到大规模的阶级斗争的证据，同时也无法具体叙述古印度河流各阶级的构成以及他们之间的相互关系，因此也就无法解说阶级矛盾的激烈程度和冲突形式。再者，摩亨约·达罗城遗址内的房屋整齐划一，表明贫富差距悬殊不大，阶级矛盾不可能尖锐到互相毁灭的程度。
一些研究两河流域文明的学者发现，可以用古代两河流域发生的情况来解释印度河流域发生的事情。他们认为，是印度河流域的战争导致了古印度文明的消失。入侵者可能是各种人种集团，其中有居住于卑路支斯坦的诸部落，有同伊朗部落相近的诸部落，还有接近文明中心的周边部落。此说存在的疑点颇多：在摩亨约·达罗城遗址中确实有防护城市安全的建筑存在，但发生大规模战争的证据至今未曾发现，也没有发现大量武器的痕迹。此外，印度河流域的居民没有养马风俗，在没有马的战争中，远途奔袭和大规模战争是不可想象的。
长期以来，大多数人倾向于接受英国学者韦尔勒最先提出的一种看法，即印度河流域的文明毁于雅利安人的入侵。这种说法有两方面的有力证据：一是摩亨约·达罗城遗址中发现的遗骸，有的横卧台阶，有的倒伏井边，而且有刀砍的伤痕，表明发生过暴力。二是在雅利安人的典籍《梨俱吠陀》中，有摧毁敌人90座城市、破坏恶魔城堡的诗句，其中提到阿耆尼烧毁的纳弥尼城可能就是摩亨约·达罗。
但是，这种说法也存在难以解开的“死结”：首先，雅利安人迁移进南亚次大陆的时间为公元前1500年左右，但以摩亨约·达罗城为代表的印度河文明却在公元前1700年左右就已被毁灭。
其次，雅利安人是有文字的民族，又是一个以战功为荣的民族，他们留下的史诗对于伟大战争场面的描写一般都是非常详细具体；倘若真的是他们灭亡了摩亨约·达罗城，那么必定在史诗中不惜笔墨而大加叙述和歌颂，但《梨俱吠陀》中仅有几句诗词而且是用隐喻的、不能确定的字句描写所谓“摧毁敌人90座城市”、“破坏恶魔城堡”一事，很难认为它所指的就是摩亨约·达罗。
再次，雅利安人文明相对于印度河文明而言是落后的，虽然落后文明毁灭先进文明的情况是有的，但落后民族会完全毁灭一种先进的文明而又绝少学习和继承这种文明则十分罕见。
图为印度河文明出土的青铜舞女雕像，相貌能看出和现在的印度人有很大不同
纵观印度河流域文明与雅利安人创造的文明，很难发现二者之间有相同之处。因此，雅利安人毁灭印度河流域文明的观点同样有待检验。