元朝在民族文化上则采用相对宽松的多元化政策，即尊重中国各个民族的文化和宗教，并鼓励中国国内各个民族进行文化交流和融合。元朝还包容和接纳欧洲文化，甚至能准须欧洲人在元朝做官，通婚等。欧洲著名历险家马可。波罗曾是元朝的重要官员。
元朝对中国传统文化的影响大过对社会经济的影响。不同于其他征服王朝为了提升本身文化而积极吸收中华文化，元朝同时采用西亚文化与中华文化，并且提倡蒙古至上主义。例如极力推崇藏传佛教，在政治上大量使用色目人，儒者的地位下降以及元代前期长时间没有举办科举等。由于士大夫文化式微，意味宋朝的传统社会秩序已经崩溃。这使得在士大夫文化地位下降，属于中下层的的庶民文化迅速的抬头。这个现象在政治方面是重用胥吏，在艺术与文学方面则是发展以庶民为对象的戏剧与艺能，其中以元曲最为兴盛。
思想
元朝的思想上也是兼收并用的，他们对各种思想几乎一视同仁，都加以承认与提倡，”三教九流，莫不崇奉“。早在1234年赵复被俘到北方后，他就在燕京设立太极书院，讲授程朱理学，培养出一批理学家，使得理学得以北传元朝时，元帝尊重儒学，册封孔子为“大成至圣文宣王”，并且推崇理学为官学。元仁宗初年恢复科举，史称延祐复科，在《明经》、《经疑》和《经义》的考试都规定用南宋儒者朱熹等人的注释，影响后来明朝的科举考试皆采用朱熹注释。
理学在元朝还有一些变化，南宋时期即有调和程朱理学的朱熹与心学的陆九龄等两家学派的思想。到了元代，理学家大多舍弃两派其短而综汇所长，最后“合会朱陆”成为元代理学的重要特点。当代有名的理学家有黄震、许衡与刘因与调和朱陆学的吴澄、郑玉与赵偕，其中许衡、刘因与吴澄被誉称为元代理学三大家。朱学的后继者为了配合元帝的需求，更注重在程朱理学的伦理道德学说，其道德蒙昧主义的特征日趋明显。从而把注意力由学问思变的道问学转向对道德实践的尊德性的重视，这也促成朱、陆思想的合流。元代理学的发展，也为明朝朱学与阳明心学的崛起提供某些思想的开端。
由于元朝由蒙古人所统治，汉族士大夫基于异族统治的考量，在元朝初期大多分成合作派与抵抗派。合作一派是华北儒者如耶律楚材、杨奂、郝经与许衡等人。他们主张与蒙古统治者和平共存，认为华、夷并非固定不变，如果夷而进于中国，则中国之。如果蒙古统治者有德行，也可以完全入主中原。他们提倡安定社会，保护百姓，将中华的典章制度带进元朝，以教感化蒙古人。另一派是江南南宋遗民的儒者如谢访、郑思肖、王应麟、胡三省、邓牧、马端临等人。他们缅怀南宋故国，坚持民族气节。为了消极抵抗元廷，采取隐遁乡里，终生不愿意出仕的方式。并且以着述书籍为业，将思想化为书中主旨。到元朝后期，由于元仁宗实行延祐复科，恢复科举，及第者都感谢天子的恩宠，纷纷愿意为元廷解忧。元朝后期国势大墬，政治腐败、财政困难，使得当时士大夫如赵天麟、郑介夫、张养皓与刘基等人纷纷提出各种政治主张，或从弊端中总结经验教训。他们大多提倡勤政爱民、廉洁公正、任用贤才等措施。元末民变的爆发使得南方有不少士大夫出于自身利益考虑，镇压农民起义。在明朝建立后，少数元朝遗老纷纷归隐不出。
文学
元朝文学以元曲与小说为主，对于史学研究也十分兴盛。相对的元朝的诗词成就较少，内容比较贫乏，但是文以虞集为长，诗以刘因为著。明朝王世贞说“元无文”，但是叙事性文学如戏曲、小说第一次成了主导地位。元朝使华北诞生元曲，江南则出现以浙江为中心的文人阶层，孕育出《三国演义》和《水浒传》等长篇小说，自由奔放的文人如杨维桢、倪瓒等人，在城市发放出市民文化的花朵。
元曲
元曲分成散曲与杂剧，散曲具有诗独
立生命，杂剧则具有戏剧的独立生命。当时城市繁华，元廷不重视中国文学与科举，当时社会提倡歌舞戏曲作为大众的娱乐品，这些都使宋、金以来的戏曲升华为元曲。散曲是元代的新体诗，也是元代一种新的韵文形式，以抒情为主，主要给舞台上清唱的流行歌曲，可以单独唱也可以融入歌剧内，与唐宋诗词关系密切；杂剧是元代的歌剧，产生于金末元初，发展和兴盛于元代至元大德年间。根据《太和正音谱》中所记，大约有五百三十五本，创作十分巨大而辉煌。元朝后期，杂剧创作中心逐步南移，加强与温州发扬的南戏的交流，到元末成为传奇，明清时发展出昆剧和粤剧。当时散曲四大名家有关汉卿、马致远、张可久与乔吉，有名的《南吕 ·一枝花》（《不伏老》）反映作者乐观和顽强精神；《恁阑人》（《江夜》）追求文字技巧，脱离散曲特有风格；描写景物的《水仙子》（《重观瀑布》）雅俗兼备，以出奇制胜；其中描写自然景物的曲子《天净沙》（《秋思》）刻划出一幅秋郊夕照图，情景交融，色彩鲜明，被称为“秋思之祖”。杂剧五大名家除了关汉卿与马致远之外，还有白朴、王实甫与郑光祖，有名的作品有《窦娥冤》、《拜月亭》、《汉宫秋》、《梧桐雨》、《西厢记》与《倩女离魂》，主要表现社会与生活情况、歌颂历史人物与事件，强调人物的情感。元曲的兴盛，最后成为与汉赋、唐诗、宋词并称的中国优秀文学遗产。
宗教
元朝与各藩国：蒙古术赤汗国、蒙古察合台汗国、蒙古伊利汗国横跨欧亚大陆，幅员辽阔，其疆土内的种族也十分繁多，这些都使得元朝的宗教呈现多元化，各类佛教（含汉传佛教与喇嘛教）、道教、白莲教等都取得了较大的发展；东西方的商旅、教士亦来往频繁，自西方传来的伊斯兰教、基督教（含景教和天主教）与犹太教的影响力也逐渐增加。由于元朝对境内各种宗教基本采取自由放任的态度，甚且优容礼遇之，这种环境比较有利于宗教的传播与发展。元朝僧人有免税免役特权，致使一些不法之徒投机为僧，甚至干预诉讼，横行乡里，成为元代的一个社会问题。不过，元世祖曾在礼节上歧视伊斯兰教，例如不尊重其宰羊方法，伊斯兰教徒被逼吃死肉，此法令亦适用于基督教徒。元朝对宗教管制较为宽松，使得民间如白莲教、明教等借此建立秘密组织，进行抗元起义。