乾隆二十四年(1759年)平定回部大小和卓叛乱之后，为了缓和民族矛盾，清政府实行轻徭薄赋的政策，使当地“回民”(维吾尔族)得以休养生息。然而，随着时间的流逝，清政府派驻新疆地区的各级官吏贪婪腐败的本性恶性发展。嘉庆时，他们与当地维吾尔族官吏(伯克)狼狈为奸，“敛派回户，日增月甚”，除铜钱外，“又土产、毡裘、金玉、缎布赋外之赋，需索称是，皆章京、伯克分肥，而以十之二奉办事大臣”，致使回民和其他少数民族怨声载道。
此后，回民反抗事件不断发生。与此同时，早已将势力伸入西亚地区的英国殖民者，别有用心地在浩罕(在今乌兹别克斯坦境内)等国培养了一批外逃的和卓后裔，利用他们与清政府相对抗。张格尔即是其中之一。
张格尔是乾隆年间维吾尔族统治者大和布拉呢敦之孙。布拉呢敦被诛后，其子萨木克逃至浩罕，生有三子，次子即张格尔。张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治，为此“以诵经祈福传食部落”，笼络和愚弄维吾尔族人民。
嘉庆二十五年(1820年)秋，张格尔利用南疆维吾尔族人民对参赞大臣斌静的荒淫贪暴和残酷压迫极为不满之机，率数百名叛军潜入南疆，勾结维吾尔族上层人士比苏兰奇，向清军发起进攻，失败后慌忙逃往浩罕。道光四年(1824年)秋、五年夏，张格尔屡以小股袭扰近边，而清军屡捕不获。五年九月，清领队大臣色彦图率兵200人出塞巡逻，未遇张格尔叛兵，回师途中，纵兵滥杀无辜的布鲁特部妇孺100余人，激起义愤。
该部头目率部追杀，将色彦图等围歼在一座山谷里。道光帝得知后，感到边事日紧。一面迅速调兵遣将，加强清军的防御力量，一面告诫伊犁将军庆祥：“现在张格尔窜逃未获，难保不乘间窥伺”。他令庆祥加强警惕，密切注视张格尔的行踪，随时做好平叛准备。
道光六年六月，张格尔纠集安集延(今乌兹别克斯坦安集延)、布鲁特(柯尔克孜)500余人，由开齐山路闯入新疆，进至距喀什噶尔(今喀什)数十里的阿尔图什(今阿图什)，以祭祀祖墓为名，煽动当地民众反清。新任喀什噶尔参赞大臣庆祥闻知消息，立即派兵进讨，消灭叛军400余人、生擒40余人。但张格尔突围逃走，喀什噶尔一带发生叛乱，以致“道路不通，万分紧急”。
张格尔感到自己的力量不足以同清军抗衡，便遣使向浩罕求援，以出卖祖国权益为条件，“约破西四城(喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗)，子女玉帛共之，且割喀什噶尔酬其劳”。浩罕统治者穆罕默德·阿里汗利欲熏心，亲率万人进攻喀什噶尔，遭到清军的顽强抵抗。
后因与张格尔发生矛盾，恐腹背受敌，率军退走，但有二三干浩罕兵被张格尔诱留，并被置为亲兵。七月底至八月中旬，张格尔叛军先后攻占了和阗(今和田)和英吉沙尔(今英吉沙)二城，接着全力进攻喀什噶尔城。守军在庆祥的指挥下，英勇作战，顽强抵抗了两个多月。
终因援绝力竭，喀什噶尔于八月二十日被叛军攻破，庆祥自缢身亡。不久，叶尔羌(今莎车)也落入敌手。张格尔得意忘形，竟在喀什噶尔“自称赛义德·张格尔·苏丹，宣布为当地的统治者”，随即在南疆实行极其野蛮的统治，其暴虐甚于从前的和卓千百倍。不久，广大维吾尔族人民认清了张格尔的嘴脸，转而支持清军，有的还积极参加了以后的平叛战争。
二、清廷的平叛部署与措施
张格尔叛乱的消息传到北京，道光帝意识到如不迅速平定叛乱，势必危及清皇朝在新疆的统治，因而立即进行平叛部署，并在随后开始的平叛战争中，采取了一系列有力的措施，其中主要有：第一，在军事上，迅速调兵遣将，以期厚集兵力，一鼓平定叛乱。道光帝最初任命能征善战的署陕甘总督杨遇春为钦差大臣，令其统领万余大军，前赴新疆筹办剿捕事宜。不久，又以伊犁将军长龄为扬威将军，杨遇春和山东巡抚武隆阿为参赞大臣，并调派吉林、黑龙江、四川三省清兵，总兵力达3.7万余人。[$HR
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道光帝认为，阿克苏为“回疆适中要路”，再三叮嘱长龄、杨遇春等人，清军先头部队在此地暂时屯驻，养精蓄锐，待后续部队到达，再会合前进，“务期厚集兵力，一鼓扫除，以彰天讨”。他还再三告诫将士，“勇往之中，寓慎重之意”，“不可冒昧轻进，致堕贼人奸计”。
大军出发后，道光帝又提醒长龄、杨遇春等人，注意严防后路，廓清台站，以免腹背受敌。为了保证平叛战争的顺利进行，清廷还制定了奖惩和严守军纪的条例，规定“一切军情，无论满汉官兵，总当视为一体，秉公持正，微功不掩，小过亦惩，俾令众志成城，同心敌忾”，以充分调动清军将士平叛的积极性。
第二，政治上惩办贪横不法官员，并向回城居民宣示恩威，实行严格的区别对待政策。道光帝在出兵平叛的同时，寻思回部“久已习为恭顺，何致遽思变乱”?最后得出“总由近十余年来，历任参赞、办事大臣等贪淫暴虐”的结论，并令长龄对此“细加察访”。不久，他根据长龄的奏报，将民愤极大的原喀什噶尔参赞大臣斌静等人定为斩监候，从而在一定程度上缓和了民族矛盾。
另外，道光帝还多次渝令长龄、杨遇春等人，行军途中广张告示，宣示朝廷恩威，并对叛乱者根据不同情况予以区别对待：对“甘心助逆”而又“执迷不悟，抗拒大兵”者决不宽贷，而“被胁附合之众，果能解甲迎降，投诚乞命，皆可量于宽贷，乃令各复旧业”，以最大限度地孤立张格尔为首的叛乱者。
第三，后勤供应上，竭力保证粮饷和其他军用物资的源源接济。道光帝在调兵平叛的同时，命令户部筹集军火粮饷及一切经费，使之“源源接济，兵精粮足”。为了使这一思想落在实处，先后采取了如下得力措施：先命陕西巡抚鄂山署理陕甘总督，办理军需粮饷驮载等项事宜。
接着，又把熟谙陕甘事务的前任陕西巡抚卢坤派驻甘肃肃州(今酒泉)，督办一切军需粮饷，并命鄂山驻扎兰州，调度策应，遇事与卢坤“和衷商榷，督饬委员及地方官迅速转运，源源接济，毋得短绌迟误”。随后，又派办理粮饷颇有经验的大臣恒敬驻哈密，以确保关内外粮饷的转输顺畅。
当大军集结于阿克苏时，道光帝鉴于乌鲁木齐屯粮数额原本不少，将此地之粮运往阿克苏，较之由内地转输，路途几近过半，毅然决定以乌鲁木齐为后路粮台，令大臣英惠总办其事。这就更好地解除了参战部队的后顾之忧，保证了平叛战争的需要。