同治皇帝载淳是慈禧太后的亲生儿子，1872年同治16岁，该立皇后了。当时有两个人选，一为侍郎凤秀的女儿，此女妩媚多姿，是慈禧心目中的皇后;一为侍郎崇绮的女儿，年长于凤秀的女儿，相貌亦稍逊，但端庄过于前者，深为慈安太后所喜。经过民主淘汰赛，崇绮的女儿胜出，被立为后，即孝哲皇后;凤秀的女儿则入选为妃，称慧妃。
同治对皇后又爱又敬重，而且是敬重多过爱恋，“始终敬礼之”，慈禧看着甚为不爽，因此每次接见皇后，都不给好脸色。老娘对儿子的媳妇态度不好，儿子自然也有反弹，由此影响到母子之间的感情。孝哲皇后冰雪聪明，知道婆婆当初中意慧妃，于是劝同治多去宠幸慧妃。同治为此很纠结，去找慧妃吧，又不是自己所爱;宠爱皇后吧，老娘又不欢喜。思来想去，只好独居在乾清殿。
一个大男人独居久了，便耐不住，再受一些不良人士的诱导，居然微服去花街柳巷，“帝遂于家庭无乐趣矣，乃出而纵淫”。不久染花柳病在床，太医诊断之后大为吃惊，向慈禧请示，慈禧居然批示：“按天花治。”
这样当然治不好病，同治很焦躁，问太医：“朕患的不是天花，为何下的是治天花的药?”太医答：“太后的意思。”同治无语，恨恨而已。
同治死后不过百日，皇后亦死，死得蹊跷。当时官方的对外口径是：“皇帝驾崩，皇后悲伤过度，抱病而亡。”真如此吗?非也。传言同治病重时，慈禧一方面不允许皇后在旁照料，一方面又指责皇后不照顾皇帝，孝哲皇后回了一句：“未奉懿旨，不敢擅专。”慈禧一时语塞。同治临死前，本欲立子侄辈份的溥字辈为皇帝，如此一来，孝哲皇后便可做太后，而慈禧在上升为太皇太后的同时，也就丧失了垂帘听政的权力。慈禧出于保权的目的，立同治的堂弟，也就是自己亲妹妹的儿子载湉为帝，即光绪皇帝，这样她就可以皇太后的地位继续掌权。
孝哲皇后为此大为悲痛，慈禧听闻，将孝哲皇后痛骂了一顿：“你把我儿子害死了，还想做太后不成。”据说还用套在手指上的长而尖的金指甲套扫孝哲皇后的脸，刮得皇后脸上一道又一道的血痕。
孝哲皇后又气又悲伤，眼睛都哭肿了。崇绮心疼女儿，将此情况向慈禧汇报，慈禧回了一句很冷的话：“既然这么思念皇上，那就随他去吧。”又有一版本说：孝哲皇后向父亲崇绮诉苦，这位无奈的父亲长叹之余，只写了一个字：“死”，既然屈辱地活着，不如光荣地死。而在当时，为先帝殉节是最光荣的死法，也算一种抗议。于是，孝哲皇后就“光荣”地殉夫了，年仅22岁。
同治死后，还有三位妃子留在慈禧身边，专门从事女红的工作。其中以瑜妃最有名，瑜妃很有政治远见，主张实施西方的政治体制，同时还建议设立女童学校。