大黄为清热通下之品，具有通腑泻浊、增进食欲、调理气血、畅达气机的作用。以大黄为主药的名方众多，与《神农本草经》记载大黄首“主下瘀血”略有不同的是，现今其功效则以通脏腑为主，下瘀血次之。
大黄通脏腑之功效，即泻下通便。临床应用如：治温热病热结便秘、高热不退，可用《伤寒论》大承气汤（大黄、厚朴、枳实、芒硝）；治脾阳不足之冷积便秘，可用《备急千金要方》温脾汤（当归、干姜、附子、人参、甘草、芒硝、大黄）；治疗中气虚弱，寒热错杂，升降失常而致肠胃不和，可用《伤寒论》调和肠胃的三泻心汤方——半夏泻心汤、生姜泻心汤和甘草泻心汤。以上所用皆本《神农本草经》大黄主“留饮，宿食，荡练肠胃，推陈致新，通利水谷，调中化食”之功效。
该下则下，以下医案即说明了大黄、也说明了大承气汤的攻下作用，老前辈张志远先生（1920.07－2017.11）是我校创校元老之一，读到他的讲述犹如仍在聆听老先生讲课般亲切。
忆1940年6月，家母高热一周，口干，胸闷，汗出不断，进食很少，大便数日未下，曾服用辛凉解表剂和小陷胸汤，不见好转，反增烦躁，日夜不能合眼，欲吃冰块，置身冷水中。适有孙姓老医，为家君学友，素习《景岳全书》，诊毕即言属瘟疫，认为脉滑有力，舌苔黄厚，虽无芒刺也应攻下，处方大承气汤加味，大黄用了30克，嘱更衣后，饮一剂，分两次服。果然药下如神，解出软便秽物半盆，小水颜色如血，病去大半，事过三天便下床操持家务了。老人莞尔笑道，投药依据不是仿效吴又可，而由“四维”得来，且说《本草正》一百二十八条之论大黄，就已广采了古今经验。（《张志远临证七十年碎金录》）
《神农本草经》载大黄亦主“寒热”，乃大黄具有凉血清热之功用。以大黄与黄芩、黄连同用可加强其清热作用，而大承气汤、泻心汤所代表的亦即此。
大黄通腑清热，在眼科也有重要应用，以泻热毒。对此功用，《本草纲目》主治第四卷眼目条中论述：“大黄，主热毒赤目。”《本草切要》认为，“若光明科以之治目，在时眼初发时，以之泻火可也。疮肿科以之散热拔毒，在红肿解毒可也。”近代名医张锡纯大黄解，也谈到大黄治眼病：“大黄……入血分，破一切瘀血，……善清在上之热，故目疼齿痛，用之皆为要药。”
眼科用大黄组方，则如在明代傅仁宇（允科）所撰眼科名著《审视瑶函》中，治疗外障目翳，多数方中用到了大黄。《医宗金鉴》治外障目翳病方58首，其中配伍大黄的有37方，约占63%；治内障眼病方中亦多用之。
河北庞氏中医眼科在全国影响广泛，已有五代百余年的传承历史。据其第三代传人的庞泗泉在《北方医话》中介绍，该流派擅长运用大黄治疗炎性眼病与出血性目病，既清热又止血。
余之先祖擅长治眼疾。余幼承庭训，常用大黄治疗炎性目病，黄液上冲，凝脂翳，物伤其睛，血灌瞳神，眼底出血等眼病，其效如桴鼓。
大黄用于眼科，不但可治炎性目病，而且也可治出血性目病，尤其是可用大黄炒炭治疗眼底出血。经临床观察，凡眼底出血者，无论何种起因，常常瘀久化热，故常用大黄炭治之，且多多应手。