1、《滇南本草》言：“脾胃虚寒者，食之令人吐泻腹痛”，故脾胃虚寒或体质虚弱者应少食或忌食。
2、儿童的肠胃功能较弱，也不宜多食，以免损伤脾胃。
3、苦瓜含有一种叫“多肽-P”类似胰岛素的物质，具有降糖作用，患有低血糖的人群不宜长期大量食用苦瓜。
4、苦瓜含有奎宁，奎宁具有刺激子宫收缩，引起流产的副作用，孕妇应慎食，在妊娠早期应禁食。妇女月经期、产褥期也不宜多食。
5、苦瓜中含有草酸，不宜与含钙丰富的牛奶、豆腐、深海鱼类等同食，否则易形成草酸钙，不能被人体吸收，或易形成结石。
6、苦瓜味苦，苦味食物不宜过量，过量可伤胃、败胃，易引起恶心、呕吐等。
7、苦瓜切好后在沸水中略为浸泡，可以除去部分草酸也可减轻其苦味，不善苦味食物者可以采用此法。
8、苦瓜子如为苦味者，食后可引起中毒，故苦瓜子带苦味的不能食用。