医学气功作为中医药的重要组成部分，具有历史悠久、理论完整、习练简单、易学便传、方式灵活、费用低廉等特点和优势，深受人民群众喜爱，在提升人民群众生活质量、优化有限的卫生和医保资源、促进精神文明建设、促进构建和谐社会等方面，显示了良好的潜在发展空间。
医学气功和中医气功同为“三调”
气功是调身、调息、调心融为一体的心身锻炼技能。
气功修炼的操作内容，即调身、调息、调心，通常简称为“三调”。第二是表述三调的操作目的，也就是三调操作应达到的状态，即融为一体，通常简称为“三调合一”。第三是表述气功修炼在现代学科分类中的位置，即心身锻炼，既是生理的也是心理的。第四是表述气功学科的知识类别，即属于技能性知识。
气功修炼的操作内容是三调，其中调身是调节肢体活动，调息是调节呼吸活动，调心是调节心理活动。气功修炼的操作目的是三调合一，在三调合一的状态中，三调已无各自独立的存在，而是融合为统一的境界。
三调是否合一是气功修炼与一般体育运动的主要区别。一般体育运动的操作内容也由三调构成，但三调各自独立，不要求三调合一。上述定义中的第三、四层意思是立足于现代科学的学科分类及知识门类，说明气功学术在现代科学体系中的位置，并使之能与其相关的学科相区分。气功是心身两方面的锻炼，能够区分气功学与心理学;气功修炼是技能性知识，不仅强调了气功修炼的操作性和技巧性，将其与理论性的知识区分开来，还区别开了气功与宗教，因为技能性知识靠熟练去掌握，宗教则需要由信仰而进入。
医学气功是医学与气功学的交叉学科。由于“医学”在前，“气功”在后，故首先以“医学”限定“气功”，说明这是在医学领域中应用的气功。其次，“气功”也限定“医学”，说明医学气功是气功的一个分支或流派，它与气功的关系是部分与总体的关系。
医学气功中的“医学”在历史上是指中医而不是西医。古代的医家气功，是中医学家为了医疗目的而应用的气功，是将气功作为一种疗法，在中医基本理论的指导下应用于临床祛病强身的气功。医学气功是一门研究中医学领域内气功的历史发展、基础理论、操作技术及临床应用的学科。
由此可见，医学气功学科也就是中医气功学科。目前在中医药各学科的名录中，这一学科的名称是中医气功学。