忽必烈和阿里不哥为争夺汗位激战四年，这场蒙古人之间的内战无利可言，自然使蒙古帝国的财政状况进一步恶化。而日本在过去数百年来一直是世界上最大的白银产地和出口国，
这个富裕的岛国在急需硬通货的蒙古贵族眼里无疑是块肥肉。
公元1274年，进攻日本的远征军由朝鲜扬帆出海，驶往九州岛，远征军共两万五千人，其中蒙古人和高丽人大约各占一半，还有部分女真人和少量汉人。远征军的统帅为蒙古人忽敦，两位副统帅为高丽人洪茶丘和汉人刘复亨。元军航行至博多湾，首先攻占并蹂躏了对马岛和壹歧岛，然后分三处在九州登陆攻入内陆。三路入侵军队中，一路为主力，两路为策应，主力部
队的登陆地点大约在长崎附近。
第一次“蒙古来袭”
面对第一次“蒙古来袭”，日本镰仓幕府调集部分正规军迎战，九州沿海各藩也紧急组织武士和民兵参战。惨烈的战斗进行了二十多天，日本人战术较为落后，在开始的战斗中蒙受巨大伤亡，但他们仍然成功地阻止了元军的推进。
在相持了几天后，日本人渐渐适应了蒙古人的战术，于是开始反击。主要由武士组成的日本重骑兵队尤为英勇，他们在弓箭手的支援下冒着箭雨列阵冲击敌人，与敌军贴身近战，使蒙古人的弓箭优势失效。刘复亨在激战中阵亡，元军折损大半后退回海滩依托回回炮防守。至此元军伤亡惨重，进展无望，他们的败局已不可避免，由于箭和给养都即将用尽，元军无力继续守住阵地，他们只得上船撤退。在返回朝鲜的路上，元军的舰队遭风暴袭击，遭受了一些损失，不过大部分船只安全回国。
此次战役日本史称“文永之役”，蒙古人在东亚第一次遇到了装备训练和勇气都不逊于自己的对手。高丽人在战斗中主要负责近战，他们因遭受日本人的正面冲击而损失惨重。故而高丽人对日本军人的战斗力，尤其是日本人的战刀印象深刻，据说元军普通士兵的刀剑与日本刀一碰即断。
相对来说，使用弓箭的蒙古人损失小一些，在他们看来，日本人的弓箭虽威力强大，但射程很短，不能跟蒙古角弓相比。
这里再简单介绍一下日本的战刀：当时日本的冶炼和刀具制作技术世界一流，日本战刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。古代最优良的钢按性能排列依次为大马士革钢(铸造花纹钢)，日本钢(暗光花纹钢)，马来钢(焊接花纹钢)。
中国最好的钢(镔铁)其实也是一种焊接花纹钢，不过性能没有马来钢那样出色，中国最好的刀剑一般由进口的马来钢制造。大马士革钢为高级合金钢，冶炼技术复杂，成本高昂，具体制造技术已失传。在古代，大马士革钢刀一般只有贵族才能拥有。最顶级的大马士革钢刀为乌兹钢刀，产于印度，其次为斯切尔弯刀，产于波斯。斯切尔弯刀的做工和装饰极尽精致奢华，是蒙古贵族的爱物。
相比之下，日本钢其实并无太大特色，日本战刀的优良性能主要来自其独特的后期淬火工艺。大马士革钢刀性能固然卓越，但日本刀制造成本低廉，日本的普通民兵都可拥有一把好刀。
平心而论：若论吃苦耐劳，当时的蒙古战士无人可敌，必要时他们可以靠吃生马肉，喝马血维持生命。蒙古人作战时机动性第一，一般只带很少的给养，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区的平民解决。可这次战争中蒙古人偏偏无法发挥自己的特长，他们一直未能突入内地居民区，自不可能有平民供他们掠夺。因此日本人的战术可谓十分高明，当然这也需要日
本军队的战斗力做后盾。
第二次海上入侵
第一次侵日战争结束后，忽必烈认为日本人已领教了蒙古人的威力，遂再次派使者去日本要求臣服，但日本人很干脆地将蒙古使者斩首。忽必烈自然不会忍气吞声，在统一中国之后，他便着手准备第二次海上入侵。军队由中国各地，蒙古和高丽招集至沿海地区接受登陆作战训练，远征军的粮秣补给也源源不断从全国各地征集，同时高丽和中国东南沿海的造船厂也昼
夜赶工，制造大小战舰和运兵船。
如此大规模的远征准备自然无法保密，日本人严密侦视元
帝国的动向，对即将到来的第二次“蒙古来袭”做了充足的战争准备。此时日本政局稳定，北条时宗对镰仓幕府和日本各藩的控制远胜以往，因此日本人能够动用更多的人力物力抗击入侵。幕府在九州征用民夫于博多湾一带敌人最有可能登陆的地区沿海滩构筑了一道石墙，用以阻碍蒙古骑兵。当敌人进攻日期临近时，北条宗盛和北条宗政分别率精锐武士军开往本州和九州沿海地区布防，北条宗政的镇西军后来成为战斗的主力。同时九州各藩开始动员民兵，日本其他地区的武士也赶来参战。
公元1281年，元帝国庞大的远征军由江浙和朝鲜两地同时出发。此次出征的军容十分壮观，共有大小船舶近五千艘，军队约二十万，其中蒙古人四万五千，高丽人五万多，汉人约十万，其中汉人大半为新附军(收编的南宋军)，远征军中蒙古人自然是作战的中坚。北方出海的舰队于五月底如日本人所料抵达博多湾，在等待南方舰队期间，蒙古人轻易攻占了博多湾的几个岛屿，岛上的居民全部遭屠杀，岛上的建筑物也被尽被毁坏焚毁。六月上旬，南方舰队抵达，两支庞大舰队在九州外海会合，之后元军开始登陆作战，登陆地点九龙山距上次战争主力部队登陆的地点不远。
这次远征军遇到了更顽强更有效的抵抗，日本军队以石墙为掩护，不断击退元军的进攻，还伺机组织反冲锋。日本人最成功的一次反击击溃了高丽军主力，高丽军统帅洪茶丘被俘杀，几名蒙古高级指挥官也相继阵亡。激烈的战斗持续了一个多月，远征军的损失已超过三分之一，但依然不能突破石墙。到七月下旬，元军的粮草和箭已基本告罄，此时无论蒙古人还是日本人大概都以为这次战争的结局将和上
次相同，会以元军的撤退收场。
元军损失惨重
八月一日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风，风暴持续四天，元军南方舰队的舰船基本被毁，北方舰队的舰船也损失大半。北方舰队剩余的舰船搭载指挥官以及部分蒙古军和高丽军逃离战场驶返高丽。南方军的指挥官和部分高级官员眼看回天无术，也只得丢下大部队，乘南方舰队残存的几艘船逃离。此时九龙山的海滩上尚留有近十万元军，这些人失去了补给和退路，又无力突破日军的防线，现在只得等死。三天后，日本人开始反攻，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区，然后纵兵攻击。
元军大部被杀，剩余的两万多人作了俘虏。日本人按照蒙古人的标准把俘虏分四等，前三等，即蒙古人，色目人，女真人，高丽人和北方汉人全部被处死，四等的唐人(南方汉人)免死后成为部民(贱民)。今天的博多湾还有一座名为“元冠冢”的小山，据说是当年元军将士的集体墓地。
在这次惨败中，南方军只有三名士兵逃脱，他们拼凑了一艘小船，幸运地漂回中国。忽必烈透过这三位幸存者终于知道了战败的真相，此次战争的副统帅范文虎被斩首，其他官员也
受到不同程度的处罚。
日本史称第二次蒙古入侵为“弘安之役”，此次战争日本人投入的军队论质量和数量都远胜过“文永之役”，蒙古人在战术上没有丝毫的优势。按照日本人的说法，蒙古人的战斗力并不像想象的那样强大，日本武士在各方面都胜过他们，尤其在装备和战技方面。
日本人装备的优势不仅在于战刀，也在于武士的铁甲，据说只要距离稍远，蒙古弓箭就无力穿透武士的盔甲。日本武士完全脱产，自小开始接受严格的军事训练，他们的战技胜过蒙古人毫不奇怪。蒙古人的记载称日本人擅长单打独斗，这可以和日本人的说法相印证。
日本人对元军中的汉人评价最低，在他们看来，汉军贪生怕死，士气低落，是标准的鱼腩部队。不过汉人打仗不行，做奴隶倒合适，因此日本人最后赦免了部分汉人。