全面抗战爆发后，中共中央为开展华南地区的抗日斗争，特别是1939年1月广州失陷后，中共中央确定了开展华南游击战争的战略方针，并把工作重点放在东江、琼崖地区，在这两个地区开展了广泛的游击战争。华南抗日游击队粉碎敌人多次“扫荡”，开辟了多块抗日根据地，在华南敌后给日本侵略者及日伪军以沉重打击。
一、东江、珠江地区抗日游击战争的开展
从1938年开始，东江和珠江地区的各县纷纷建立游击队，不断打击敌人。
在东江地区，1939年底，第4战区第3游击挺进纵队新编大队和第2大队分别在坪山于和乌石岩建立了根据地。1940年10月初，又开创大岭山抗日根据地和阳台山为中心的抗日根据地。1943年1月到11月，东江地区的游击队共作战79次多，歼灭日伪军1000余人，缴获武器500余件，部队发展到4000余人,另有民兵近1000人，对敌占广九铁路运输线构成了威胁。为了进一步发展东江的敌后游击队，1943年12月2日，广东人民抗日游击队改编为东江纵队，尔后，建立了以罗浮山为中心的抗日根据地。
在珠江地区，从1938年以后，广州市郊游击第2支队与南顺特务中队不断打击敌人，威震珠江三角洲。1940年夏，又建立了以西海村为中心的抗日根据地。1943年，珠江地区抗日游击战争得到进一步发展，到年底，珠江指挥部巩固了五桂山抗日根据地，部队和民兵人数都有所增加。
二、海南岛琼崖抗日游击队
活动于琼崖地区的红军在1938年10月接受国民政府改编为“广东民众抗日自卫团第14独立队”，队长为冯白驹。1939年3月，中共琼崖特委将独立队改称为独立总队，发展到1400余人。3月到6月，独立总队连续袭击日军。6月起日军对琼文地区进行了“扫荡”，总队主力一部则插入琼山、海口郊区活动，在琼山第一区建立游击队，打击日军。10月下旬，总队对日军的重要据点那大进行围攻，攻下那大并俘获日伪中队80余人。
1940年1月25日，琼崖特委及独立总队领导机关开始西移，于2月中旬到达美合地区。在该地区积极发动合组织群众，组织“农民抗日救国会”、“青抗会”、“妇救会”等民众团体。又使美合周围各乡100多名青年加入独立总队，还在其他乡村建立自卫队。到1940年冬，独立总队已经发展到3000余人，枪2000余支，活动遍及琼山、文昌、澄迈、临高等11个县，建立了琼文平原根据地、美合山区根据地和六连岭根据地等小块游击根据地。独立总队已经成为琼崖抗日的主要力量。
1943年1月，总结了敌人大规模长时间的扫荡特点，琼崖特委及独立总队作出了“坚持内线，挺进外线”的决策。第1支队向西挺进，在儒万山建立了抗日根据地。第2支队第1大队和琼山基干大队扩大琼东南抗日根据地。后又转战数月，逐渐恢复了琼文抗日根据地，开辟了万宁、陵水、和保亭广大游击区，创建并巩固了绿现山、儒万山抗日根据地，将各抗日游击根据地连成一片，部队也得到发展。