对于李莲英，民间至今还流传着形色各异的传说，其中更有一些匪夷所思的未解谜团，譬如关于他的墓地，就一直有着不同所指，而关于他的死因的争论，从1966年砸挖李莲英位于北京恩济庄的墓地发现他身首异处，到1985年的文章《李莲英死因之谜》至今，一直不绝于耳。
李莲英墓在当年占地有二十多亩，有祠堂、配殿，墓地石牌坊横额上写着“钦赐大总管事公之墓”。后来随着时代的变迁，李莲英墓逐渐被荒废，成了一个在杂草丛中的大土堆。
当时，上级单位向“六一”学校教师赵广智等人传达指示，要求响应“破四旧”号召，砸毁李莲英墓。接到指示后，赵广智带着几个人立即前去“动工”。可让人没想到的是，这个看上去破败的土堆，下面却是固若金汤。赵广智等人挖掘了一个多星期，尝试了各种方法，却始终无法打开李莲英的墓室。
后来，在附近一位老人的指导下，赵广智他们终于找到了李莲英墓的墓道，通过墓道挖掘，才顺利打开了李莲英的墓室。
墓室里面整齐有序，里面的陪葬品有五十多件。由此可见，李莲英墓没有被盗墓贼光顾过。可是，当大家打开李莲英的棺椁后，众人全都惊呆了!原来，在棺椁中只有一个枯瘦的头颅和一双鞋底，身躯却不见踪影。李莲英死于1911年，到此时也不过50多年时间，即便是尸体腐烂，也不至于什么都没有，李莲英的躯体去哪儿了?
不过，当时参与挖墓的人也没过多考虑。在惊讶之余，很快就重新投入了“工作”。经过几天清理，李莲英墓被彻底摧毁，李莲英那颗头颅也被随意弃置，后来不见了踪影。墓中的随葬品则全部上交。
李莲英墓被挖掘一事，到此就告一段落了。不过，关于李莲英死亡之谜的讨论却刚刚开始。根据许多史料记载，李莲英是因病去世的。可是如果是病死，这么会在棺椁中只有一个头颅呢?有人猜测，李莲英在宫里当了50多年太监，权倾一时，肯定得罪了不少人，所以在晚年退休之后，被仇家所杀，身首异处。这种说法听起来好像是那么回事，可仔细琢磨却经不起推敲。李莲英和历史上许多大权在握的太监不同，他并不是那种作威作福的人。李莲英在宫中当差的时候，下面的太监、宫女如果不小心犯了什么错，他还会在慈禧面前给这些人求情。在平时的处事上，李莲英也是谨小慎微，从不仗势欺人。因此，宫里上上下下的人对李莲英的口碑都很好。这样的人，一般不会有血海深仇的仇家。
还有种猜测，说李莲英是死于革命党人之手，这种说法也不太靠谱。因为，当时李莲英已经从宫里退休了，对朝政已毫无影响力。革命党人根本没必要去杀死一个风烛残年的老人。
此外，也有传言说李莲英是在去清东陵拜谒慈禧后，回程中遭遇土匪被杀的。但虽说遇到土匪被杀是有可能，不过土匪杀人没必要砍下他的脑袋吧!
李莲英过继的孙女李乐正对外宣称说祖父死于痢疾，可李莲英死于1911年3月4日，正是初春季节，而痢疾多是在夏秋季节才会发作的。所以，这一说法很可能是想隐瞒什么事情。
那些史料中模糊的记载，那些散布于民间的传闻，以及李莲英后人言语中的破绽，都已经暗示了李莲英之死的种种蹊跷，而其棺木中身首异处的事实，更被看作是李莲英死于非命的铁证。李莲英之死的谜底或许有全部揭开的一天，或许，将会继续尘封下去。