朱元璋建朝初期，为了巩固自己的政权，设立了锦衣卫这样的特务机构。锦衣卫不但对付大臣，还会按照皇帝的意思私下打探军情民意，凡是有一点对皇帝不利的言论都逃不过他们的耳目。封建社会自秦朝立国以来，历朝历代都在用着各种手法维护着统治者的利益，他们目标是一致的，只是方法不同而已。秦朝以暴治国，信奉武力至上，结果二世而亡。汉唐尊儒而教，但外戚、宦官污秽于朝，仍摆脱不了历史的轮回。到了明朝的朱元璋，又发展了一个统治人民的利器，那就是特务统治。有明一代，特务的兴旺是中国历朝历代所不能比拟的，相互告发，人人自危，成为明朝时期统治的一大特色。
朱元璋是由平民出身打天下的，中国封建社会有一个怪圈，凡是由哥们一起打天下的，曾经在一个被窝睡觉的，打下天下后都不得善终。最后掌握皇权者或是为了保持自己的权威，或是为了利于下一代接班，都要对年轻时摸头拍背的哥们功臣进行诛杀，以防他们功高震主。对此朱元璋有一句最精辟的信奉：“卧榻之侧，岂容他人酣睡。”
明朝建立以后，朱元璋比历朝皇帝犯的疑心病还重，对身边的战友越有能力的越不放心。宋朝的赵匡胤也是对功臣不放心，但他采取的办法还是有些人情味，就是对功臣给你好吃好喝，交出权力，回家离休。这些人跟着赵匡胤打天下时没有能力是绝不能用的，不能养吃闲饭的呀。但等打下天下后，能力就成了功臣的负担，每个人不能再同朕一样还考虑天下大事，今后只能想着自己的老婆、孩子、热炕头。后来大臣们在赵匡胤面前都千方百计的表现出自己对金钱的追求，对财产的贪婪，对前途目光的短视，而且都得了一个共同的健忘症，就是忘记了国家还有朝廷这样一个办事机构，从不过问朝廷政事，赵匡胤这样处理带来的好处是君臣相安无事。
朱元璋反其道而行之，他主要是怕祸及其子，不利于今后的传宗接代，于是在洪武二年成立了锦衣卫的特务组织。并赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动，且不经司法部门而成为一个我行我素的独立部门。朱元璋首先拿丞相胡惟庸是问，并于洪武十二年开刀问斩，胡惟庸一案株连多达万人，最后连太师李善长也受牵连，77岁时李善长全家被杀。接着十三年后朱元璋又以莫须有的罪名杀掉了功臣蓝玉。蓝玉对于朱元璋那是够赤胆忠心的，蓝玉被诛天下喊冤，但蓝玉案还是又株连一万多人，蓝玉案后明朝功臣凋零。这样的诛杀大臣连太子朱标都看不下去，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”
锦衣卫不但对付大臣，还按照皇帝的意思私下打探军情民意，凡是有一点对皇帝不利的言论都逃不过他们的耳目，当地的官吏也不敢随便过问他们的事情。只要流露出对他们的不满，都有可能被抓去受刑，而一旦被特务们抓去，那就是九死一生，最轻也要落个残疾的下场。朱元璋将锦衣卫派到各地，事无巨细，他都要听，包括大臣家晚上请的什么客，作的什么诗，第二天上朝有时朱元璋还装出无意的样子当面提醒酒宴中的细事，群臣无不惊骇，在朝廷上战战兢兢，而朱元璋恰恰要的就是这种效果。据明史记载，锦衣卫常用的刑具有十八套，什么夹棍、脑箍、拦马棍、钉指等等都包括其内。其中有一项刑罚叫做“杖刑”，特务对于“杖刑”的执行非常有讲究，对一般的犯人行刑官只说“打着问”，意思是不必太重；当犯人不配合，要求打重一些的，就说“好生打着问”；当庭审官被激怒，不想让你活时就说“好生着实打着问”，那时犯人就只有进气没有出气了。从封建王朝历史上看，明朝是特务组织最恐怖的一个王朝，而他的由来也是有其原因的。
在明朝前代的元朝，蒙古人是以武力统一的中国，对反抗的城市经常采取屠城政策。忽必烈即位，为了长久统治中国，开始学习前朝，遵行“汉法”，命手下重臣制定法律，企图缓解政局的矛盾。但是当时投降的汉臣皆精于儒术而不熟悉法术，崇尚人治而不喜欢法治，所以在制定法律时产生较大的困难。他们只好上学汉唐，下学金朝，照葫芦画瓢，从儒家角度提出了一些宏观的条律，制订新的法律也往往只是原则性的。虽然这些新法律有利于国家建设，但因为过于简略，根本就没有落实到基层，下层官员由于贪污受贿等原因，往往还是用原来的暴力来解决存在的矛盾。另一个重要差别是元朝原来制定的有“南北差异”的法律，蒙古人和汉人在法律制定上开始就是不平等的。如；汉族人同蒙古族斗殴，汉人打死蒙古人要处死，而汉人被打死，蒙古人只需充军出征，这只能增加民族仇恨和反抗的怒火。
因此元朝在中原的政策形成了两层皮，表面的法律和实际的暴力，加上元朝统治只有八十年，时间过短，使之民族不能融合，这直接导致了汉族在基层以各种方式酝酿反抗，政治谣言、私下串联比比皆是。蒙古贵族为了防止反抗，甚至有规定几家共用一把菜刀的荒唐事情，但越是这样民族反抗的决心越大，民间的隐蔽议事越多，有元一代，民族起义就没有断过。朱元璋是以布衣起家，他对民间的活动了如指掌，知道民间力量的强大，并且朱元璋就是以此兴业的，所以投鼠忌器，很害怕在他执政时期也由于民间的反抗而翻船。在朱元璋自身的经历中，在郭子兴军中由于多次险遭暗害，使朱元璋的警惕性和疑心，随着权力成正比增加。而他的布衣出身，证实了古来“将相宁有种乎？”的正确性。自己是从平民爬到皇位，那别人在理论上也有机遇爬到自己的位子，出身的自卑、担心朝臣的出卖、危险的无处不在以及皇权的巨大诱惑，这一切使朱元璋从消极的一面接受了元朝的教训，不择手段的残酷镇压可能的任何反叛力量。
明朝建立以后，明朝的政治制度开始时沿袭元朝旧制，中央设置中书省，左右丞相。但朱元璋由于接受消极教训，感到元制的中书省权力过大，洪武九年废中书省，设立分置的布政司，执行权还归布政司，而决策权收归朱元璋。在政治上继续集权的同时，朱元璋军事上开始分权，改原来的一个大都督府为后来的五个大都督府，军队分而治之而形不成反抗力量。同时建立一套特务机构，直接归朱元璋统辖，在军政两套系统之外又建立了第三套监视机构，使军、政、特相互监视，相互制约，欲至天下人于股掌之中。因为吸收了各个朝代灭亡的经验教训，所以朱元璋设立锦衣卫这个机构，专门搜集各种情报，力求保住自己的位置。