“九.一三”事件发生10天之后，9月24日早晨8点30分，周恩来以毛泽东的名义在人民大会堂宣布：黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作暂时离开工作岗位，反省自己的问题。
邱会作被带往北京顺义县卫戍区第3师师部，在那里生活了5年又3个月。开始，每天吃8角钱伙食，后来黄永胜向毛泽东、周恩来写信，提出改善伙食。
毛泽东说：黄、吴、李、邱应该吃好，有资格吃好，也有钱吃好。这样，从1971年11月1日起，邱会作的伙食就有了很大的改善。
1976年12月，邱会作被押解到北京秦城监狱。邱会作说：“除了未用刑罚外，我在各方面已是一位名副其实的囚徒。但是，伙食仍是一天一元钱。冬天，房内有暖气，半个月可以洗一次澡，可以蹲马桶解手，生活上并没有很大困难。”
1979年12月，中央派了一个审查组，重新审查邱会作的案子。审查组负责人说：“我们对中央负责，也对你邱会作本人负责。审查过程中，有任何违反纪律的事，如逼供信，你可以直接报告中央，也可以将信件通过我们转交。”
邱会作说，徒刑16年是从1971年林彪驾机出逃后他被软禁于北京卫戍区开始计算的。他认为，林彪集团的出现及自己追随林彪所犯的罪行，是现代中国存在的一种历史现象，把自己关起来也罢，判刑也罢，都是中央决定的，他的态度是服从。
1980年，由军委总政治部保卫部为关了近10年的黄、吴、李、邱补办了逮捕手续。从这时起，有几个月监狱对他们的伙食降为一般囚徒待遇，不再让他们服安眠药。可是，次年6月起又对他们恢复了每天一元钱的伙食标准，生活挺不错。