社会上流行一种新的说法：唐继尧才是真正的护国军总司令。
笔者遍查历史资料，没有发现唐继尧担任过护国军总司令这个职务。
云南护国首义之后，护国军分为三个军：第一军总司令蔡锷、第二军总司令李烈钧、第三军总司令唐继尧。1916年元旦，唐继尧宣布就职云南护国军都督，从行政上统领护国三军。
护国战争后期，肇庆军务院成立，唐继尧领衔抚军长职务。
可能以上这两个职务，就是民间传说唐继尧当过护国军总司令的依据了。
那么云南都督和抚军长究竟是什么样的职务呢?
当时护国军三个军在作战上其实是各管一方，云南都督虽然是三军的行政领导，但在军事上，唐继尧并没有实际指挥过作战。从我们目前可以查阅到的电文来看，护国战争期间，前线指挥官发给云南都督府的电文，绝大多数是通报战果、催要粮草、弹药、援兵之类，直接讨论作战方案的电文几乎没有。
护国军战场主力是蔡锷亲自指挥的第一军，出兵四川方向，战斗异常惨烈;李烈钧指挥的第二军出兵两广比蔡锷稍晚，没有碰到特别艰苦的战斗，很快广西的陆荣廷就通电反袁，截断了龙靓光的后路;唐继尧自己的部队镇守云南，除了平定滇南土司叛乱，基本上没有打过仗。
唐继尧虽然是护国军名义上的最高领导人，但蔡锷、李烈钧辛亥革命时期的地位、资望均在唐继尧之上，他指挥不了资格比他老的蔡锷和李烈钧，事实上也没有去指挥。唐继尧的实际军事指挥权局限于他自己的第三军;蔡、李两军以云南作为护国北伐的根据地，自然要倚重在云南掌有实权的唐继尧，而唐继尧作为三军领导，当时主要的作用是巩固后方，保障护国军的后勤。
唐继尧这一时期作为护国军的最高军事领导人，并不是一个在军事上有实权的总司令，不能说唐继尧发动了护国战争;也不能说这场战争是唐继尧指挥的。
护国战争到了后期，为了统一全国反袁军事力量，肇庆军务院成立，蔡锷当时已经患病，唐继尧领衔抚军长，协调全国军事(这个职务一听就知道是个安慰性质的官职，并不是可以号令天下的最高统帅)。更何况唐继尧当时正在云南，根本没有到广东去履职，军务院主要由副抚军长岑春煊主持、梁启超、李根源襄助。而岑春煊在二次革命时就是南方革命军挂名总司令，资格更老!绝不可能听命于唐继尧。
一定要把护国战争说成是唐继尧指挥的，恐怕是在徒慕虚名，而后又给他徒添虚名，云南人所能得到的无非虚荣耳!