清军收复新疆之战，粉碎了英、俄勾结阿古柏侵占新疆的企图，维护了中国的领土主权，打击了侵略者的嚣张气焰，具有重大历史意义。
这次战争所以取得胜利，除战争的正义性和新疆各族人民积极支援这一根本原因外，还有军事上的原因。首先，清军的战略方针正确。左宗棠根据西北战场具体情况，提出“缓进急战”、“先北后南”的总的方针，把粮饷的采运、保障和武器弹药的供应放在战略位置加以考虑，使战争准备十分充分，体现了因地制宜、打有准备之仗的原则。事实证明，这一方针完全符合新疆战场实际，是十分正确的。
其次，清军的作战指挥灵活机动。左宗棠坐镇肃州，掌握全盘情况，而将前线指挥权赋予刘锦棠。刘锦棠和前敌诸将积极协同，善于抓住有利战机，机断行事，从而在整个收复新疆之战中攻必克，战必胜，势如破竹，锐不可当，充分体现了正义之师的不可战胜。
从敌方来看，阿古柏反动政权的分裂行径遭到了新疆各族人民的一致反对。在清军的强大攻势面前，敌方难以组织起真正坚固的防卫。加上阿古柏对清军的战斗力估计不足，又未能事先占领控制哈密、巴里坤等战略要地，在作战指挥上又执行被动挨打、消极防御的方针，这就难以避免被清军打败的结局。