在孙中山看来，辛亥、癸丑两次革命之所以失败，在于“当时之党未尝以统一号令、服从党魁为条件”(《致南洋各埠洪门同志函》)。辛亥、癸丑两次革命失败，虽然与同盟会、国民党的组织涣散、意见纷歧、步骤凌乱有着密切关系，但主要原因却在于敌强我弱和革命党战略失误。党员不“服从党魁”固然不利于“统一号令”，但强制党员“服从党魁”就能够“统一号令”么?
何况作为党魁的孙中山，在某些历史转折关头，也并非总是站在正确方面。比如，1912年同盟会停止武装斗争、将政权拱手让给袁世凯的这种“巨大的政治错误”(《复苏联外交委员齐契林书》)，最后决策者正是“党魁”孙中山。他对袁氏及其政府“深信不疑”，甚至举杯高呼“袁大总统万岁”。
在孙中山看来，同盟会、国民党之所以不能“统一号令，服从党魁”，是因为“当时立党徒眩于自由平等之说”(《致陈新政及南洋同志书》)。历史喜欢捉弄人，昔日“自由平等之说”的倡导者，如今却一变而为党员“自由平等”权利的剥夺者。
早在1912年孙中山的自由观就发生了微妙变化，强调“共和与自由，全为人民全体而讲”，官吏、军人不能享有自由平等。官吏“为国民公仆，受人民供应，又安能自由!”军人的天职是“牺牲个人之自由，个人之平等”，以为“四万万同胞谋自由平等，使四万万同胞得享自由平等之幸福”。
及至1914年，孙中山把剥夺自由平等权利的对象，又从官吏、军人扩大到党员。党员既“以救国救民为己任，则当先牺牲一己之自由平等，为国民谋自由平等”(《致陈新政及南洋同志书》)。诚然，遵守国法、军纪、党纪，为全国人民争取自由平等，无疑是官吏、军人、党员的天职，但绝不应以此为藉口，剥夺他们在国法、军纪、党纪允许的范围内所应享有的自由平等权利。官吏、军人和党员倘若丧失这些自由平等权利，就必将沦为任人指使的驯服工具，泯灭个性和首创精神，还怎么能够为全体人民争取自由平等呢!
在孙中山心目中，他是革命的“唯一(崇高伟大)之领袖”、“革命之导师”、“共和”和“民主”的象征，党员若想“再举革命”，就必须“绝对服从”甚至“盲从”他，“如众星之拱北辰”，“如江汉之宗东海”(《陈其美致黄兴书》)，按照他的指挥棒跳舞。孙中山既把自己神圣化，错估了自己在革命进程中的历史定位，又低估了党员群众创造历史的自觉性，企图把个人权威建立在强制党员绝对服从甚至盲从之上。殊不知革命固然需要杰出的领袖人物，但领袖人物倘若不信任和依靠党员群众，而以贵族态度对待他们，就必将一事无成。
对于孙中山的这种态度和做法，黄兴等一批革命元勋进行了坚决抵制。
黄兴认为孙中山要求党员宣誓愿“牺牲一己之生命自由权利，附从孙先生再举革命”，并在署名下加印指模，是不合时宜的，“前者不够平等，后者迹近侮辱。”(《陈其美致黄兴书》)黄兴在写给孙中山和刘承烈的信中，阐明了自己的立场：
弟自抵日以来，外察国势，内顾党情，鉴失败之主因，思方来之艰巨，以为此次乃正义为金钱、权力一时所摧毁，非真正之失败。试翻中外之历史，推天演之公例，未有正义不伸者，是最后之胜利，终归之吾党，今吾党既握有此胜算，若从根本上做去，本吾党素来所抱之主义发挥而光大之，不为小暴动以求急功，不作不近情言以骇流俗，披心剖腹，将前之所是者是之，非者非之，尽披露于国民之前，庶吾党之信用渐次可以恢复。又宜宽宏其量，受壤纳流，使异党之有爱国心者有所归向。夫然后合吾党坚毅不拔之士，学识优秀之才，历百变而不渝者，组织干部，计画久远，分道进行，事有不统一者，未之有也。若徒以人为治，慕袁氏之所为，窃恐功未成而人已攻其后，况更以权利相号召者乎?数月来，弟之不能赞成先生者以此。……弟自闻先生组织会时，即日希望先生日加改良，不愿先生反对自己所提倡之平等自由主义。(《复孙中山书》)
惟兴素性迂拙，主义所在，不敢变换手段以苟同。虽以人之如何毁伤，亦不稍为之动。诚如来示所谓“人生以精神贯注而立，大事一线到底而成”，此堪自慰者。至于欲反对自己十余年所提倡之平等自由主义，不惜以权利相号召，效袁氏之所为，虽爱我如兄，兴亦不敢从兄之后。(《复刘承烈书》)
黄兴断言二次革命“乃正义为金钱、权力一时所摧毁，非真正之失败”，国民党只要总结经验教训，发扬光大“素来所抱之主义”，依靠本党骨干，团结“异党之有爱国心者”，“计画久远，分道进行”，必将取得最后的胜利。黄兴还表示，“主义所在，不敢变换手段以苟同”，坚持“平等自由主义”，反对袁世凯式的专制独裁。
黄兴信奉卢梭的《民约论》，赞赏其关于权威和自由民主的关系的论述。卢梭认为强力并不构成权利，而人们只是对合法的权力才有服从的义务。真正合法的权威只有一种，即建立在人们自由之上的权威。自由意味着民主。民主的制度是惟一可以既建立权威又不丧失自由的制度。黄兴所坚持的正是这样的民主制度，而孙中山却抛弃了民主原则，企图在剥夺党员自由平等权利、实行专制独裁的基础之上树立个人权威，结果不仅侵害了党员的平等自由权利，导致党的分裂，而且损害了个人声誉和革命事业。正如黄兴所说：由于“此不妥之章程”，使“吾党中分裂，于孙先生名誉有碍，党务亦因而不能统一，于国家前途亦有莫大关系”(《与梅培的谈话》)。
由此可见，孙黄关于中华革命党组党原则之争，实质上是修正和坚持他们曾经共同倡导的“平等自由主义”之争。