康熙在三次亲征当中，不计“万乘之尊”，与士兵们同甘苦、共患难的精神，“日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，使清军士兵们非常感动，这也是三次征战清军都能获胜的原因之一。清朝时，蒙古分为漠西、漠南和漠北三部分。准噶尔是漠西蒙古的一支，自从噶尔丹统治准噶尔部以后，由于他有想要建立一个统一的蒙古国的野心，所以先后兼并了漠西及漠北。漠北蒙古有数十万人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙便派遣使者与噶尔丹交涉，但噶尔丹不但不退兵，反而大举进攻漠南。
噶尔丹生于1645年，是蒙古准噶尔部首领巴图尔浑台吉的第七个儿子。噶尔丹从小就被送去学习当喇嘛，但他喜好舞枪弄棒，却不喜欢念经。长大后，他在达赖喇嘛的支持下，回到准噶尔部落，消灭了政敌，从此，噶尔丹还俗，成为准噶尔部首领。
他执政之后，对四周发动多次战争，尤其对东部的喀尔喀蒙古及西边的新疆，更是屡次掠夺其居民、牲畜，侵占其牧地。喀尔喀蒙古因此多次向清朝求救，康熙曾派大臣与噶尔丹谈判，但噶尔丹都不予理睬。
清朝在此时无法出兵，因为国内先后有吴三桂等的三藩之乱、南蒙古察哈尔部落的纷争，对西北噶尔丹一事只好采取忍让政策。噶尔丹看清朝如此软弱，气焰更加嚣张。他不但杀害了康熙派去的使臣马迪等人，还要求康熙把女儿嫁给他为妻;甚至提出康熙“君南方”，而由他“长北方”-成立蒙古汗国的想法。
康熙的隐忍作风，到噶尔丹于1688年再犯喀尔喀时，终于有了转变。喀尔喀因噶尔丹入侵而向清朝求救，此时，清朝国内的政局已经稳固，各地叛乱已平，康熙于是召集群臣，决定御驾亲征。
第一次亲征
康熙二十九年(1690年)，康熙下诏亲征。他兵分两路：左路出古北口，由抚远大将军福全率领;右路出喜峰口，由安北大将军常宁率领，康熙亲自率兵在后督军。刚开始时并不是很顺利。噶尔丹屯兵于树丛中，前有河流阻挡，后有树林掩蔽。噶尔丹设“驼城”，把上万只骆驼，绑住其脚躺在地上，驼背上加上箱子，形成一个长长的“驼城”。噶尔丹军就在那箱垛中放射枪箭，以阻止清军进攻。在这种前有驼城、后有伏兵的情况下，清都统佟国纲率兵前进时，中鸟枪阵亡。后来，清军改变战略，以火炮火枪猛攻驼城的其中一段，驼城终于被打开了缺口。清步兵、骑兵齐冲杀过去，福全又令士兵绕到山后，夹击敌军，敌军被打得落花流水，狼狈而逃。
八月一日，清军与噶尔丹再战，清军使用强大的炮兵，加上噶尔丹部众染天花，死伤甚多。噶尔丹为了逃命，立刻派达赖喇嘛的使臣济隆前来乞降。济隆来往于噶尔丹和清军之间，假谈判之名，行缓兵之实，让噶尔丹有时间逃脱。康熙知其诡计，遂命令“速进兵，毋堕贼计”(快进军追击!别中了贼人的诡计!)，果然，噶尔丹不等回覆，就已经连夜北逃。
清军本可乘胜追击敌军，但狡诈的噶尔丹为了使康熙见信并停止追击，假意跪于威灵佛前，发誓：“永不犯中华皇帝属下喀尔喀以及众民”、“佛在此，敢不自服乎?圣上即佛也，乞终宠宥我!”康熙知道噶尔丹发了重誓，就暂时停止追击，给他一次改过自新的机会，他写了赦谕给噶尔丹:“今尔以誓书来请罪求和…不得擅犯我属下部落喀尔喀一人一畜，…尔倘有窘迫，奏闻于朕，朕必如前抚养，断不念尔旧愆。”尽管如此，康熙对噶尔丹的野心还是很清楚的，他对臣下说:“此虏不足信也”，“噶尔丹乃奸穷莫测之人，因今力薄难支，故尔远伏，倘彼势少张，又复生事悖乱，彰彰明志。”也就是说噶尔丹的叛乱乃其天性，不会更改。
果然，噶尔丹回到漠北，表面上对清朝表示臣服，实际上却在暗中招兵买马。康熙三十三年(1694年)，康熙约见噶尔丹，打算订立盟约，遭到噶尔丹拒绝。噶尔丹不但不来，连派去的使臣也被杀害。同时，噶尔丹还派人到漠南造谣煽动叛乱。康熙帝知噶尔丹毫无悔改之意，便出一计，密令科尔沁土谢图亲王等人，假装投降噶尔丹，承诺作为夹攻清军时的内应，以此诱噶尔丹出兵。康熙三十四年，噶尔丹果然亲率三万骑兵出征，结果被清军一举歼灭。
第二次亲征
康熙三十五年，康熙帝再次帅八旗劲旅出征。兵分三路，康熙帝自率中路军，往瀚海以北前进，三路军约期夹攻。途中有传言沙俄要助噶尔丹出兵，许多大臣惊慌，建议康熙停止进军，大学士伊桑阿等力主回师。惟抚远大将军费扬古力主御敌。康熙决定独排众议，坚持进击噶尔丹，并警告大臣们：“不奋勇前往逡巡退后，朕必诛之。”又说：“朕祭告天地宗庙出征，不见贼而返，何以对天下?且大军退，则贼尽锐往西路，西路军不其殆乎?”
康熙一方面“手绘阵图，指示方略”，另一方面派遣使者去告诉噶尔丹，说康熙帝已经御驾亲征的消息。噶尔丹闻讯不敢置信，登山遥望，果然有御营黄幄龙纛，知道确实是康熙亲征，且军容整齐浩大，顿时丧胆，当下拔营遁逃。隔天，清军赶到克鲁伦河时，对岸已不见噶尔丹踪迹。康熙亲率追赶三天，也没追上，于是只好通知西路军大将费扬古，要他们在途中截击噶尔丹。
噶尔丹带兵逃奔五天五夜，到了昭莫多，与清西路军费扬古相遇，遭埋伏，兵败。昭莫多一战，噶尔丹几乎全军覆没，被歼万余人，最后噶尔丹只得“引数骑逃去”，此后便一撅不振。六月，康熙驾还京师。
第三次亲征
由于噶尔丹暴虐好战，所以很多部众都背叛他。以致其到处流窜，无安身之处。康熙三十六年，康熙决定第三次亲征，给予残存的噶尔丹势力彻底结束。噶尔丹残部一听清康熙皇帝再度亲征，纷纷自动前去投降，甚至还领路追捕噶尔丹。噶尔丹在众叛亲离的情况下，只好选择服毒自杀，结束其好斗喜战的一生。清朝与噶尔丹之间的战争，持续了八年，终于宣告结束。
康熙在三次亲征当中，不计“万乘之尊”，与士兵们同甘苦、共患难的精神，“日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，使清军士兵们非常感动，这也是三次征战清军都能获胜的原因之一。康熙明智的决策，加上英勇有胆识，统帅大军三次出塞，消灭了边境的侵扰，使清朝国土的巩固有了良好的基础。康熙不仅胆识、远见、气魄，无人能出其右，甚至在平定噶尔丹以后，对准噶尔部仍采取宽大、仁爱的政策，在历代帝王中，其胸襟无人能比。同时也由于康熙对准噶尔部的种种仁爱措施，使准噶尔部对清朝保持密切且稳定的关系。