1908年11月14日晚，中南海瀛台涵元殿阴森凄凉，经过了漫长十年的幽禁生活，傀儡皇帝光绪终于走到了自己人生的尽头，结束了自己悲凉而充满哀怨的一生。次日，实际统治中国达半个世纪的慈禧太后也死去了，前后只隔了一天。
光绪的死亡充满了无数谜团，因为他与慈禧的死亡时间差太令人生疑了，光绪被慈禧囚禁十年，可以想象他对慈禧和曾经向慈禧告密的袁世凯有多么的恨，当慈禧自己知道时日无多时，但袁世凯知道光绪马上要上台处理自己的时候，难免有可能先下手为强。
光绪去世后葬于河北易县清西陵的崇陵，这个可怜的人死后并未得到安宁，下葬25年后，崇陵地宫被人盗掘，光绪遗体被拖出棺外，身上穿着的衣物已经腐烂得比较严重，身上的随葬装饰物品已被盗窃一空。
1980年，光绪的尸骨重新安置于地宫的棺椁里，但他的发辫、部分遗骨保存在库房中。
为了切实的找出光绪的死因，2003年，光绪帝的两小缕头发被送到中国原子能研究院，接受现代技术的检验。
结果发现他的头发砷含量为2404微克/克，高出葬在他旁边的隆裕皇后的261倍，2008年，历时五年，多个研究机构出具的《清光绪帝死因研究工作报告》出炉，报告中明确指出光绪皇帝系因砒霜中毒死亡，光绪死因这桩百年来的疑案终于得以确认。