朱棣率军攻入南京城之时，皇宫发生了大火，朱棣派出去的救火队员在废墟中找了三天，也不见建文帝的踪影，俗话说的好“国不可一日无君”，朱棣这才能名正言顺的登基当了皇帝，之后官方才发布消息称建文帝是“阖宫自焚”了。
关于建文帝自焚而死的情况，《明太宗实录》中有详细的记载：
“上(指朱棣)望见宫中烟起，急遣中使往救，至，已不及，中使出其尸于火中，还白上”。
这段话的意思很明确，造反头子朱老四刚刚进入南京城，就看见皇宫中火光冲天，于是赶紧命令自己的亲兵前去救火(主要还是寻找建文帝)，可是亲兵赶到现场之后，发现大火已经把皇宫烧成了灰烬。亲兵只在废墟中找到了一具尸体，就拿到了朱棣面前交差。
文中并没有明确说道尸体是建文帝，只是说“其尸”，这就是说，当时连朱棣自己都搞不清楚那具尸体到底是不是建文帝。但为了顺利登上皇位，朱棣还是宣布建文帝已经被烧死了。那他就必须面对一个棘手的问题，建文帝的尸体该按什么标准下葬?
正史中明确记载，朱棣当时发愁不知道该用什么礼节安葬烧死的建文帝。首先，朱棣是不承认建文帝的皇位的，所以肯定不想用天子的礼仪安葬。但是建文帝又是明太祖朱元璋钦定的皇帝，如果用藩王规格下葬，就等于否定了自己的父亲朱元璋。
犹豫不定的朱棣叫来了翰林院侍讲王景，问他对此事有什么看法，王景很肯定的告诉朱棣，应该用天子的礼仪下葬建文帝。朱棣听到这个回答后，沉思了很久，最后勉强听了王景的建议。
聪明的朱棣知道，下葬死去的侄子将是拉拢建文帝遗臣的好机会。要知道，在朱棣刚刚进入南京的时候，并不受官员们的欢迎。在进城当天就遭到了不明身份人员的刺杀，还好朱棣命大躲过了一劫。当时南京95%的大臣都曾表示不承认朱棣的皇位，建文帝大臣景清甚至在朝堂之上公然刺杀朱棣。所有这些事情，让朱棣明白，不仅仅是军事上的征服，还要从心理上使那些不肯投降与观望的人们臣服，所以他要用下葬建文帝的机会，向人们表演一出大戏。
但此后的600多年时间里，无数历史学家对朱棣用天子礼下葬建文帝的事实提出了质疑。因为如果当年朱棣真的用天子礼下葬了建文帝，那么建文帝的陵寝应该是很有规模的，那么这个很有规模的建文帝陵寝会在哪里呢?既然朱棣以天子礼仪下葬了侄儿，总该给侄儿立个像样的碑，如是，那御制碑又在何处呢?
其实在明朝末年，历史学家谈迁就对此事做过调查，他在自己的书中记载到：“金陵故老，无能指建文帝葬处……”。也就是说，明朝南京的大明遗老遗少压根儿就不知道建文帝葬在何处!
著名明史学家孟森对此给出了一个比较公正的说法，他认为当时朱棣确实是用天子礼下葬了建文帝，但不一定就建造很大规模的陵墓。这种做法也比较符合当时朱棣心里的想法，既不想承认建文帝的皇位，又想以此拉拢反对自己的大臣。正因为这样，所谓的建文帝封冢在当时肯定就不大，官方也许都没有明确记载，大明帝国的太常寺也不会认真按时祭扫，时间一长，所谓的坟茔就湮没不显了。