乾隆南巡声势浩大，花费颇多，不可能所有银两都由国库支出。乾隆南巡的主要财政支柱是两淮的盐商，两淮盐运使司公署就设在扬州城内，八大商总也住在扬州城内。
乾隆十四年十一月，两淮盐政吉庆上奏《奏为圣驾南巡两淮商人程可正等公捐百万银两事》，奏折中提到“江省幸蒙恩允南巡，万姓欢腾，淮商倍切所需费用久愿公捐，其踊跃难形情状”，由此就可见当时为迎接乾隆首次南巡，盐商积极踊跃、抛金撒银的巨大手笔。
贾丽琴说，乾隆南巡，扬州是“驻跸之地”，为迎接圣驾，必然要对道路、桥梁、码头、行宫名胜甚至是附近上山道路进行修整。《清宫扬州御档》中，江苏巡抚雅尔哈善就有一道题为《奏为江都县瓜洲渡江马船大修所需工料请动支给办事》的奏折。南巡路线中，乾隆从扬州游览结束后，必然要从瓜洲过江至镇江。而瓜洲渡江大马船自乾隆九年小修，至此已经过了5年，船身已经腐朽，雅尔哈善这道奏折正是请旨希望从司库存公银内支取大修所需工料造价。
对于南巡事宜的开支报销，乾隆做出了动用官项和淮商捐资分别报销的谕旨。根据乾隆的指示，两江总督黄廷桂、两淮盐政吉庆也拟定了相关规定，要求专款专用，如道路、桥梁、码头、营尖、茶棚等类动用藩库银两，行宫、名胜及附近上山道路、铺垫、陈设等类动支两淮盐运银库的商捐银两，各项支出分别登记造册。
乾隆南巡涉及地方较多，对于各地及官项、商捐项花费的平衡，考虑到地方官员需要办理的事项较多，又从商捐项下拨银十五万两，交与藩库帮助地方官员办理事务。具体为，拨银五万两给江宁藩库，十万两给苏州藩库，由他们根据各自实际情况酌情动用。专门拨给河库两万两，办理相关事务。