崇祯十七年，李自成起义军攻破北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢后，留都南京的明朝于五月拥立福王朱由崧为帝，建立弘光政权。然而不到一年，弘光元年五月南京城破，弘光帝被捕遇害，前后不到一年的时间，弘光政权即宣告灭亡。为什么南明如此短命，这件事情的背后究竟是什么原因，使得拥有半壁南明的中国正统，却短暂消亡呢?
无主——红光王朝立主之争
这件事要从崇祯时代说起，崇祯末期，面对日益困顿的朝局，崇祯萌生了南迁的想法，召见了附马都尉巩永固讨论南迁事宜，巩永固也极力表示赞同随后，左中允李明睿也上书皇帝“南迁”，但是遭到内阁首辅陈演，兵科给事中光时亨的极力反对。此后都察御使李邦华是支持李明睿的，他写给皇帝的秘密奏疏，提出折中方案，派遣太子“南迁”，把南京作为陪都，留下一条退路，维系民众的希望。但是内阁首辅陈演坚决反对“南迁”的，他故意向外透露了这个消息，并且鼓动言官猛烈抨击“南迁”的主张。
言官的猛烈抨击让崇祯皇帝受到了巨大的压力，最终让崇祯放弃了南迁的计划，当初朱棣迁都北京之时就将祖宗陵寝放置在北京北方，可以说如果北京失守，陵寝先丢。宗庙社稷怎么办?陵寝怎么办?京师百万生灵怎么办?国君与社稷同生死，就道义的正统。而让太子去南京监国的方案也被崇祯否决。他认为太子太小不足于服众，更重要的是他害怕太子效法唐肃宗灵武兵变，突然自己登基将崇祯变成太上皇，于是在南迁上举棋不定。最终使得崇祯和太子都断送在了北京。
这导致南京的朝臣群龙无首，此时南京大员大多在东林党的手中，加之明末的复社运动，复社声势浩大，声援东林，可以说南京东林党为大，由于太子与崇祯都已经殒命，立谁为帝王就成了一团乱麻，此时最合适的人选就是万历皇帝的三儿子朱常洵的后人福王朱由崧。但是东林党早年在争国本时反对福王继承大统，尤其对于朱由崧即位极为反对，朱由崧为朱常洵长子，身在南京附近的淮安，因此在崇祯太子及定、永二王无法至南京继位的情况下，福王本为第一顺位。然而东林党人却持相反意见，以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，主张立明神宗之侄潞王朱常淓。史可法并称福王“在藩不忠不孝，恐难主天下”。
潞王朱常淓血统偏远，自然缺乏继立的理由。当时政治以内阁负责，即使皇帝昏庸，负责的臣下仍可以维持政治机构的正常运转。以局势而论，留都诸臣需要的只是一个形式上的精神领袖。而并不一定非要雄才大略的贤君不可。
陈寅恪先生在《柳如是别传》中认为东林党实际上是李太后的后党，潞王是李太后那一脉的嫡系，而福王一直为东林党不喜，曾经一直主张祖制的东林党一改初衷，鼓旗立贤，导致相持不下，作为首辅的史可法本可力挽狂澜，可是史可法却执意和稀泥，装聋作哑，招致灭顶大祸。
此时南京城内拥立福王者为齐楚余党领袖阮大铖与凤阳总督马士英，马士英早年就有意与东林党和解，无奈东林党素来秉持清名，对于马士英根本不予以正眼相看，招致马士英忌恨，马士英老于官场，见自己部将窝里反，想来争也没用。连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。史可法一开始还蒙在鼓里，指手画脚的不服，又在写给马士英的信中痛骂朱由崧昏聩糊涂。没想到却成为落在别人手中的把柄。随即马士英便带领大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。大势已定，满心悔恨的史可法和东林党人也只好接受这个现实了。
此时清军已经南下，南明朝廷还在为谁主天下打成一锅粥，不亡都怪。
南明三案——政权紊乱之际的权利碾轧
朱由崧登基为帝，自然厚待马士英、阮大铖而忌恨东林党，此时作为东林党领袖的钱谦益已经去职，史可法自请出镇扬州，大局更加紊乱，在南京朝堂之上，党争进一步激化，朱由崧求助于三镇军阀拥立，对以后的局势变化产生了重大影响。最直接的作用即是使他自己得偿心愿，顺利地登上了至尊的宝座。而间接影响，则是江北诸镇以“天子恩人”，“从龙元勋”自居，南京从皇帝到重臣再没有人可以控制这支飞扬跋扈的军队。从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。
此时崇祯一朝的弊病逐一显现，军队冗兵不断，国库入不敷出。地方大将拥兵自重又无大才，南明初建，能打的将领几乎凤毛麟角，皆在崇祯一朝被铲除殆尽。除了左良玉外，南明几乎无可用之将，最主要的军事力量江北四镇官兵有各个心怀鬼胎，不过匹夫之流。
就在此时，南京又接连爆出三大案件，成为党争白热化的象征。
大悲案
崇祯十七年十二月，忽然有个和尚来到南京，自称是明朝亲王，从兵乱中逃出做了和尚。弘光帝派官员审讯他的来历，大悲起初信口开河说崇祯时封他为齐王，他没有接受，又改封吴王。声称“潞王恩施百姓，人人服之，该与他作正位”。弘光君臣见他语无伦次，将大悲处斩。
太子案
同年十二月，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，结伴而行。晚上就寝时发现少年内衣织有龙纹，惊问其身分，少年自称是皇太子朱慈烺。高梦箕不得已密奏朝廷，弘光帝派遣内官持御札宣召。
1645三月初一日，这个少年从浙江金华到了南京，被交付锦衣卫冯可宗处看管。大学士王铎曾经担任东宫教官三年，自然熟悉太子的模样，一眼就看出是奸人王之明假冒。
王铎会同群臣审视后的奏疏是相当可信的。弘光帝“又命旧东宫伴读太监丘执中往认。之明见执中，亦不识也。于是群疑稍解”。然而此时北京又冒出一个太子，南北两太子谁真谁假成为历史谜团，至今无人知真相。
但从现存史料中可以看出当时在弘光朝廷上的官员都知道北来“太子”纯属假冒，但这事一直闹到清军占领南京，方告平息。
童妃案
弘光元年，河南有一个姓童的妇人面见南明河南巡抚越其杰，自称是朱由崧的继妃，乱离中与朱由崧失散。越其杰和广昌伯刘良佐深信不疑，一面奏报，一面派人护送来南京。朱由崧立即否认，宣布童氏为假冒。三月初一日，童氏送抵南京，下诏狱由锦衣卫审讯。童氏自述“年三十六岁。十七岁入宫，册封为曹内监。时有东宫黄氏，西宫李氏。李生子玉哥，寇乱不知所在。氏于崇祯十四年生一子，曰金哥，啮臂为记，今在宁家庄”。朱由崧批驳道：“朕前后早夭，继妃李殉难，俱经追谥。且朕先为郡王，何有东、西二宫?”这是符合实际情况的，按明朝典制，亲郡王立妃由朝廷派员行册封礼。故而童妃也为假。
明末三案各有一词，不过可以明确看出来，第一案件为阉党阮大铖之流的构陷，后两案为东林党反制所为。究其根源，正在于东林—复社中的一些骨干分子视“门户”、“声气”重于国家、社稷，他们爱走极端，甚至惟恐天下不乱。在这些人看来，福藩继统等于万历以来自己在党争中最大的失败，因此一遇风吹草动，不管真相如何，抓住“把柄”大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯罢休。国家糜烂至此，弘光灭亡不远也。
错误政策——联虏灭寇
弘光帝的基本国策以“联虏平寇”为主。弘光朝廷建立的时候，正值吴三桂降清，联兵击败大顺军，占领北京。弘光君臣由于情报不明，对吴三桂同清朝的关系并不清楚，以为是吴三桂借清兵击败了“闯贼”，收复神京，一个个兴高采烈，称之为“功在社稷”的“义举”。五月二十七日，大学士马士英疏“陈恢复大计”说：“吴三桂宜速行接济，在海有粟可挽，有金声桓可使;而又可因三桂以款虏。原任知县马绍愉、陈新甲曾使款奴。昔下策，今上策也。当咨送督辅以备驱使。”次日，弘光朝廷即决定“封关门总兵平西伯吴三桂为蓟国公，给诰券、禄米，发银五万两、漕米十万石，差官赍送”。
四月二十四日，清军以红衣大炮攻城。入夜扬州城破，史可法自刎，被众将拦住。为清军所俘被杀，清军占领扬州以后，多铎以不听招降为由，下令屠杀扬州百姓。屠杀延续了十天，死亡逾八十万人，史称“扬州十日”。尸骨堆积如山，史可法遗体难以辨认，不知下落，一年后，其义子史德威以袍笏招魂，将其衣冠葬于扬州城天甯门外梅花岭。后来全祖望曾写《梅花岭记》与王秀楚《扬州十日记》清晰描述此事。扬州十日屠城之惨烈，亘古未见，《扬州十日记》清军残忍无比，将妇女手脚钉在门板上强暴，将婴孩儿仍在路上用马踏烂。惨绝人寰的屠杀导致扬州血流成河。
史可法殒命后，弘光王朝乱作一团，扬州为南明钱粮要冲，扬州丢失后，金陵被围，五月初八日，清军乘大雾夜渡长江，次日克镇江。南明沿江守军皆溃。总兵郑鸿逵、郑彩部水师东遁入海，退回福建。十四日，清军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下。弘光元年(1645)五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,清军占领南京。不足一年的弘光王朝宣告灭亡。
南明立国之初，比起南宋，东晋条件要好很多，但是崇祯时期留下的积弊和南明无尽的党争招致了灭亡。就东晋有王谢大家拥护、南宋太宗仅留赵构一脉，可以说不存在权力过分松懈的情况，而南明时没有的，南明的灭亡可以说是东林党争延续的结果，国有大难之际，各有心怀鬼胎之人，自然国不存。