孙立人交接新一军军长最后一次阅兵
1947年１１月，孙立人将陆军训练部迁到台湾，并从新一军调去几百名他在税警总团和在缅甸作战时期的亲信，一同前往台湾训练新兵。
１９４９年８月，孙立人任国民党东南军政长官公署副司令长官兼台湾防卫司令。１９５０年３月，任台湾国民党政府陆军总司令兼保安司令。
1949年12月，美国驻台代表斯特朗和前美国驻台北代表克伦兹抵台。他们向孙立人明确表示：如果孙愿意控制“国民政府”，美国将予以全力支持。孙立人婉拒。
因与蒋经国不和，１９５４年６月被蒋介石免去陆军总司令职务，任为“总统府”参军长。图为孙立人陪同蒋介石视察
１９５５年６月，台湾国民党当局以孙立人与其部属少校郭廷亮预谋发动兵变为由，对孙实施看管侦训。１９５５年１０月３１日，孙立人被免去“总统府”参军长职务，软禁于台中，直至１９８８年３月恢复自由。
1988年恢复自由的孙立人与夫人张晶英在台中市向上路寓所
孙立人90大寿时
1990年11月19日，孙立人将军病逝于台中寓所，享年九十岁。