急性直肠炎长期不愈，则变为慢性直肠炎。直肠粘膜及其下层肥厚者，为慢性肥大性直肠炎；如直肠内的肠腺及其间质萎缩改变者，称为慢性萎缩性直肠炎。
临床表现：
便秘与腹泻交替，便中含有粘液及血丝，大便时肛门口灼痛。因分泌物刺激，肛门周围表皮脱落，有时成裂口发痒，下腹部胀满不适，食欲不振，体重减轻，全身不适。
诊断方法：
指诊可触到直肠粘膜弹性减弱，粗糙呈颗粒状突起或有疤痕。直肠镜检查可见粘膜水肿、肥厚，色黄白，被覆粘液，擦去粘液，可见粘膜表面不光滑，个别部位有糜烂。细菌培养和活体组织检查，可确定病因诊断。
慢性直肠炎镜检的特点是：粘膜肿胀、肥厚，表面呈粗糙颗粒，有少量粘液，萎缩性直肠炎镜下可见：粘膜干燥、色灰白，粘膜下可见血管网。