公元2005年国庆，海纳带着远从上海而来的网友夜雨流星前往仙境蓬莱游玩，蓬莱是每一位外地人来烟台的必游之地。在蓬莱博物馆的古代沉船展区，海纳的心情忽然有些异样，一个奇怪的念头一闪，却没有把握。
出了博物馆的后门，见一处类似工地样的铁皮帷帐，海纳不禁好奇问正要进入其中的一位工人，这是在建什么?工人答到：这是在为一艘刚出土的古代沉船清淤。海纳终于想起了刚才在心中一闪的疑惑，蓬莱的沉船不是在远海甚至不是近海打捞的，而是在古代的港内。
这些船大多为明代的战船，用上好的木料，经数百年浸泡于海水而不腐，船体结构科学严密，而为什么会沉于港内?是什么原因呢?海纳将这个疑惑存于心底。一日傍晚，一阵清风吹拂起了书桌上的一册明史的书页，海纳一瞥间见到了登州… 兵变…样的文字。细读下，竟然发现了一段鲜为人知的历史，也似乎揭开了港内沉船的疑惑… …
万历四十四年，建州女真首领，明朝的一品大员龙虎将军努尔哈赤称帝，建国后金，一个新的民族满族从此崛起，并成为一支不可遏止的政治力量，明在辽东的势力被不断削弱，然而由于万历皇帝不理朝政，一直到到万历四十六年四月，努尔哈赤一举攻陷辽东重镇抚顺。
明廷震惊，方意识到“辽左覆军陨将，虏势益张，边事危急。”四十七年正月，明廷任命杨镐为兵部侍郎经略辽东，兵发四路，讨伐后金，但是明廷对辽东的形势缺乏正确判断，过高地估计自己的力量，小看了后金的力量，以为努尔哈赤像蒙古部和云贵土司的叛乱一样，只要明军大兵压境，势必土崩瓦解。
也的确，明朝的经济发达gdp水平在世界上首屈一指，万历一朝已经历经了三次大的征伐，包括在朝鲜与日本大战，皆以胜利告终，还有，明军的火器使用率已达到了三分之一，并有完备的车营编制，而此次出征的将领有“东李西刘” 等著名的总兵官，士兵很多是参加过抗倭援朝的老兵，堪称一支“银河舰队”，因此他们对胜利信心爆棚，叫嚣着“旬日即可破敌”，然而仅仅在五天之内，就被努尔哈赤各个击破，损兵四万，火器丢失两万余件，名将杜松、刘挺、麻岩等战死，史称萨尔浒之战。
明朝自此由战略进攻转入战略防御，由此任命了稳健的主守派熊廷弼经略辽东，虽然熊廷弼将辽东的防御体系搞得已初见成效，但防御工程耗资巨大，迫使明廷增加了辽饷，更令民众苦不堪言，加上这一时期努尔哈赤的后金此时正在征伐女真的叶赫部及其他蒙古部，无暇南顾，明金没有大的战事，而熊廷弼本人性格暴躁，心胸狭窄，盛气凌人，在朝中树敌众多，终被罢免。
接任的经略袁应泰上任伊始，天启三年，明金战事又起，连续攻陷沈阳和辽东经略府所在的辽阳，特别是当援辽的浙江军团，这支传统意义上的戚家军，明军中最训练有素凶猛顽强的部队在大浑河畔全军覆没，浙军副总兵戚金(戚继光的侄子)战死时，明军便开始的患上了 “恐金症”。
朝廷重新任命了熊廷弼为经略，熊廷弼抛出了一个“三方节制”的战略，以辽东兵马主力在广宁牵制后金的主力，以天津、登州莱州的海军在辽南抢滩登陆，并沿鸭绿江入海口深入辽东袭扰，朝鲜为策应，让后金军队疲于奔命，同时和它相持，从军事经济两个方面拖垮后金。
但是，一方面辽东巡抚王化贞与其不和，另一方面朝廷希望他能拿出一个快速解决辽东问题的办法，明朝也拖不下去了，战略目的终未能实现，王化贞仓皇出击，遭到大败广宁又陷落，熊廷弼因此也获罪被斩，人头被传九边示众。接任者是明朝当时最出色的军事理论家孙承宗，孙承宗以一筑城、二驻防、三屯田的计略，使关外防务大为起色，史称：“自承宗出镇、关门息警、中朝宴然，不复以边事为虑也。”
天启五年，宁锦防线正式形成，此后明朝正是倚靠这条防线展开了帝国防御战，与满清进行着旷日持久的对抗。可好景不长，生性耿直的孙承宗不愿与阉党魏忠贤同流合污，终被罢免，由无能之辈高第接替经略，就在明朝的边事愈加混乱之时，辽东战局却又出现了几处亮点… …
天启六年，努尔哈赤亲率十三万后金军进攻明朝，高第下令放弃山海关以东的所有城池，退守山海关，孙承宗曾经最得力助手、宁前道袁崇焕凭借自己苦心经营多年的坚固城防，利用天启初年朝廷从澳门葡萄牙人手中购买的11门先进的火炮，以一万兵力打退了后金的疯狂进攻，不仅打破了明军屡战屡败的梦魇和后金不可战胜的神话，并使努尔哈赤负伤，后来努尔哈赤之死于这次兵败负伤有很大关系，更重要的是明朝发现了克敌制胜的正确方法---凭坚城用利炮。
坚城---不同于中国传统的城墙，而是既坚固又可发挥火炮最大效能的铳城，它的炮台可以有效的保护火炮，反过来火炮的作用又能保护城墙，即所谓的“以台护炮，以炮护城，以城护民”。利炮----这次战役中使用的大炮其实只是葡萄牙人从打沉的英国战船上缴获的战利品，但这种被中国人称为红夷大炮的新式火炮，长在3米左右，口径110毫米～130毫米，重量在2吨以上。
与此相比，明朝的火铳真是“小巫见大巫”了。红夷大炮的炮管长，管壁很厚，而且是从炮口到炮尾逐渐加粗，符合火药燃烧时膛压由高到低的原理，杀伤力增强，不易炸膛。最突出的优点是射程，一般三千斤的红夷大炮可以轻松打到七八里外，史籍记载最远可达十里。中国火炮的炮身上下一样粗，当时最先进的火炮只能打到3里。而且此炮威力巨大 “每炮所中，糜烂可数里”，正是手中拥有如此的“神兵利器”，才能坚定袁崇焕守城必胜决心。
但是武器都是人运用的，武器操作人的水平是极为关键的，而操作火炮的竟然都是一批师从葡萄牙的明朝军官，他们曾经在京城和登州跟随葡萄牙军人、传教士系统学习了操炮技术，中国传统的操炮术，毫无技术含量，全凭着炮手个人的感觉和经验，而西方在文艺复兴中发展起来的现代数学、几何学、物理学，运用于军事上，形成了一门新的军事科学---弹道学，进而演变成了火炮的瞄准技术，炮手开炮前，运用千里镜(望远镜)、矩度和铳规，可对射击目标进行精确的距离测量和角度定位，迅速实测敌人阵地的远近高低，可以打得准，且打得狠。
西方先进的军事科技的运用，当时著名的科学家、政治家徐光启功不可没，海纳认为，徐光启才是中国真正意义上“睁眼看世界的第一人”，无论从对西学的研究、传播，还是对西方的认识、态度，他远比后世的林则徐要高明的许多。
他坚持不懈向皇帝进谏、乃至自费购买火器捐赠前线部队，并以天主教徒的身份恳求邀请西方的技术军人来华传授火炮技术，使得明朝辽东前线的武器装备、军队的素质开始发生变化，而在辽东前线，他的门生孙元化就是他的代言人，帮助前线指挥官切实贯彻、实践他以火器取胜的战略思想。
不久，刚继承汗位的皇太极，带着复仇的口号卷土重来，在宁远和锦州被明军再次以凭城用炮的战术打退。袁崇焕也因此宁锦大捷之功，受到了明朝新继位的崇祯皇帝的赏识，受命以兵部尚书的身份全权经略节制整个辽东战事。同时，徐光启的门生孙元化，在战斗中调度、指挥炮火得力，凭此战功也受到了嘉奖。
与此同时，在几年前援辽被打散的一支军队，在其总兵毛文龙的带领下，团结辽东的原住汉人和朝鲜国，以中朝边境的铁山和鸭绿江口的皮岛为敌后根据地，成立东江镇，不仅凭借海军打退了后金的进剿，而且不断的攻袭骚扰后金的侧翼，并促使大批辽人在辽东起义抗击后金，还收复金州，打通了登州与辽东前线的水路通道，取得一系列的胜利。自此，正面防御战场的胜利和敌后根据地的开辟与稳固，使明朝的辽东战局为之一振。
然而，好景不长，袁崇焕想独揽辽东指挥大权，可毛文龙不听指挥不受节制，袁崇焕便以通敌的罪名，设计将其斩杀，因为毛文龙经营东江镇多年，门生部旧众多，尤其是他曾亲自招募了大批辽人为部众。
为了能使部下在复杂的敌后形势下忠心于己，毛文龙以拜干亲的形式，将一批强悍的部将收为义子，这其中以号称“山东三矿徒”的尚可喜、耿仲明、孔有德三个亡命徒最为出名(前两人正是本文的主角)，因为这些人只听毛文龙的号令，唯其马首是瞻，所以毛文龙一死，敌后东江镇出现了树倒猢狲散的局面，新任总兵黄龙根本无法控制部下，原毛文龙的部将不是已经叛乱哗变，就是在准备叛乱哗变。
袁崇焕杀毛文龙是先斩后奏，而毛文龙也曾极受崇祯皇帝的倚重，崇祯帝闻听此事后，先是惊愕，但木已成舟他也不得不接受这个事实，由于袁崇焕提出了五年平辽的战略口号，崇祯帝出于用人不疑的思路，承认了袁崇焕杀毛文龙的正确性，但崇祯帝对袁崇焕的怨恨也由此结下了。
而皇太极此时一定大喜过望，令他寝食难安的东江镇肘腋之患，竟然被明朝自己的内乱消除了。几个月后，皇太极亲率十万八旗劲旅，绕过袁崇焕的宁锦防线，借道蒙古，从长城最薄弱命门--喜峰口攻入关内，兵临北京城下，袁崇焕率九千关宁铁骑回师救驾勤王，皇太极施展“反间计”，使积怨以久的崇祯皇帝将袁崇焕处以极刑“凌迟”。
自此，袁崇焕擅杀毛文龙，无意中帮助了敌人，削弱了自己，并使皇帝生怨,从而为自己留下了祸根，而崇祯帝自毁长城杀袁崇焕，亲手砍掉了将自己腐朽的王朝的最后一根栋梁。
而此时有一个人却似乎十分春风得意，这个人就是孙元化，他已被任命为登莱巡抚，此时的登莱两州不仅下辖辽东的锦州等地，还担负着光复辽东的重任，同时也是辽东前线的后勤、练兵基地，巡抚一职非出类拔萃的人不能担任。