1908年，光绪三十四年，农历十月二十一日下午五点到七点左右，皇帝爱新觉罗·载湉驾崩。仅仅隔了一天，第二天的下午一点到三点左右，慈禧太后也病逝了。不到二十个小时，清王朝的两个最高统治者相继去世，引发了空前的政治和社会震动。此时，八国联军占领北京的奇耻大辱刚刚过去八年，中国备受侵略者的欺凌和侮辱，国将不国，民生凋敝，偌大的清王朝就如同一艘千疮百孔的破船在惊涛骇浪中穿行，掌舵的死了，前途堪忧。
光绪和慈禧在政治上的矛盾和尖锐对立早在戊戌变法时就已经初步显现。戊戌政变后，慈禧再度从幕后走到台前，将光绪皇帝囚禁于瀛台，此后，又因为袁世凯告诉荣禄，维新派曾找他发动政变，要发兵围困颐和园，并对慈禧太后不利，消息经由李鸿章的姻亲杨崇伊上奏慈禧，令其大为震惊。恼羞成怒的慈禧决定废黜光绪，另立新君取而代之。无奈朝廷内外舆论哗然，先是荣禄在废立的问题上模棱两可，不置可否，继而两江总督刘坤一直接表明态度：“君臣之分已定，中外之口难防”。
慈禧也不能不顾及废掉光绪的后果，一步分为两步，一方面渲染光绪病重，一方面另立端王载漪之子为大阿哥，先看看态势再说。各国驻华公使对大阿哥的册立置若罔闻，对光绪的病异常关心，联合派出欧洲最有名的医生为光绪诊治。这种态度令慈禧大为光火，迁怒于洋人，以为外国人干涉皇室家务，是可忍孰不可忍，在载漪为首的顽固派怂恿之下，支持义和团盲目排外，引发外交奇变，最后演变为八国联军侵华，慈禧带着光绪皇帝匆忙逃往西安。从此，废立之事作罢，帝后之间，更加是矛盾重重。
好不容易签了《辛丑条约》，慈禧太后发誓要“量中华之物力，结与国之欢心”，外交上重开一全新局面，西方势力进一步渗透侵略中国，清政府的统治名存实亡，不得不假意改革笼络人心，极力挽回摇摇欲坠的法权，无奈已是江河日下，一去不返了。最后的希望就是以改革著称的光绪皇帝在手握大权后改弦更张，成为了很多人最后的希望。结果，光绪与慈禧先后辞世，一个38岁的壮年，一个74岁的老人，一对政治上的仇敌，这难道只是巧合吗?逃亡海外心系光绪的保皇党人为光绪吊丧，并指责慈禧和袁世凯合谋杀害了光绪，一时之间，舆论上流言纷纷，狐疑满腹。宫廷秘事，烛影斧声。清廷大举出动，悬赏缉拿造谣煽惑之徒，不明真相之人，只能闭口不言。
光绪皇帝活着的时候，慈禧太后从来不曾为其选择“万年吉地”，所以，在他死后，由宣统皇帝下旨派大臣勘定吉地，为光绪寻找最后的安葬之地。勘定吉地的大臣拿着罗盘在河北易县西偏北约四十余里的太平峪找到了一个丛山环抱、面阳背阴，约五里见方、比较平坦的山谷。先找一块祥瑞的土地，谓之“点穴”，然后在穴位上掘出一个磨盘大小的圆坑，叫做“破土”，“破土”时的圆坑称之为“金井”。在金井上盖上一个斛形的木箱，派专人看管，绝对不能让“金井”见日月星三光，等待开土动工。这就是后来的崇陵。
可怜的光绪皇帝，生前在慈禧的控制下度过了悲惨的一生，死了也不得安宁。就在他死后三十年，一伙身份不明的军队盗掘了他的坟墓，令他的悲剧再度蒙上了一层阴影。1980年春天，一位清西陵的工作人员在雍正皇帝的泰陵月牙城照壁前右下角发现了一个盗洞，洞内填满烂砖碎瓦和垃圾。盗洞被发现后，引发了文物工作者的猜测，大家认为雍正皇帝的墓已经被盗，就要开始进行保护性质的抢救挖掘。一时之间，清西陵的很多工作人员对发掘雍正墓表示了极大的兴趣。因为有传闻说雍正死后，首级不见了，继位的乾隆皇帝为掩人耳目，封锁死因，用纯金制作了一个头颅与雍正尸首合葬于泰陵。这次挖掘有可能证实这一传闻，大家都很激动。
泰陵的抢救挖掘很快就得到了审批，当地驻军帮忙动手，花了三天时间，挖到了地宫前面的第一道屏障金刚墙。就在这个时候，盗洞也消失了。这说明这个盗洞没有打通，也就意味着墓室内的文物没有受到威胁，而所谓的抢救挖掘也就不成立。大家都有些灰心丧气的回填了泰陵地宫的挖掘痕迹。
泰陵没有被盗的消息传出之后，国家文物局局长任质斌和副局长孙逸仙带着众多专家来到了清西陵，考察了西陵清帝的各个陵寝。孙逸仙副局长提醒清西陵工作人员：“如果有被盗的陵，你们也可以试探性地挖掘一下，如果真被盗了，给国家文物局写一个请示，经过专家现场查看后，就可以正式挖掘了!”这一下就让大家想到了崇陵，光绪皇帝的崇陵被盗传闻已久，盗洞就在那摆着。于是，就在1980年6月至7月，河北文物部门和清西陵工作人员对崇陵盗洞进行了实测，并通过盗洞进入了地宫。崇陵被盗的传闻终于被证实了，而被盗后的光绪皇帝的尸身惨状也暴露在了大家眼前：穿过地宫四道石门，大家来到了金券内，看到了宝床上光绪棺椁。墓室内东西二侧的木箱七零八落，破砖满地，有的稍微还能看出箱子的形状。光绪的棺椁被凿了洞;隆裕太后的棺椁已经揭开了盖子。
光绪的棺椁是被盗墓者用锤斧凿开的，死者头朝北。盗洞是从位于死者的脚部的棺椁挡板上打开的。洞的东西长1.10米，高0.85米。光绪的脚被盗墓者拉出，落在了棺床上，鞋子没有了，只是死者身上穿的一件龙纹图案的衣服还能看得比较清楚，贴身穿的衣服因烂得不成样子，不好辨认。光绪的尸体被盗墓者翻过来，趴着面朝下，身上佩戴的装饰被全部盗走，只是在光绪的左手内还紧紧握着一件翡翠套环和莲花玉石。
在光绪的身下垫有六厘米后的檀香木料，檀香木料下有4公分厚的青灰色的粉面，可能是一种香料。光绪的发辫残留两节，一节编有十花，一节编有三花。
这次整理被盗的崇陵，对光绪皇帝的遗骨进行了简单地检测，当时缺乏先进仪器，认为是既无外伤痕迹，也没有中毒迹象，得出了依脉案断定光绪为正常死亡。直到进入本世纪，具备了最先进的技术，采用了最精密的仪器，对光绪遗体的头发、遗骨和衣服以及墓内外环境样品进行反复检验和缜密的分析研究，终于证实：光绪皇帝是被砒霜毒害而死。