华佗是东汉末年著名的医学家，与董奉、张仲景并称为“建安三神医”。少时曾在外游学，行医足迹遍及安徽、河南、山东、江苏等地，钻研医术而不求仕途。他医术全面，尤其擅长外科，精于手术。并精通内、妇、儿、针灸各科。晚年因遭曹操怀疑，下狱被拷问致死。
华佗死于非命，这是大家都知道的。他的死因很多人归咎于曹操的多疑，曹操为了修造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，追求良医，均不见效。后来，华歆向曹操举荐了华佗。华佗的大名，曹操早已听说过，知道他是“江东医周泰者”；华佗的神奇医术，曹操也听华歆介绍过，于是立马差人星夜将华佗请来为他看病。
华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻沸汤”，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，华佗所著的《青囊书》也因此失传。曹操自己也最终送了命。这个故事经由罗贯中的小说《三国演义》的传播，流传得很广，以致“曹操杀华佗”几乎成了“多疑”并“自作自受”的代名词。
这个故事中的破绽很多，剖开脑袋来取“风涎”，是个比“刮骨疗毒”更大的外科手术。奇怪的是，华佗却并没有像在关羽面前那样，多注意一点病人的心理承受能力。关羽要治伤，华佗的第一句话便是：“某自有治法但恐君侯惧耳。”在关羽表示“吾视死如归，有何惧哉”后，华佗介绍了他刮骨疗毒的手术方案，末了再强调遍：“但恐君侯惧耳。”此话激起了关羽的雄心，干脆连柱环也不要，演出了“帐上帐下见者，皆掩面失色。公饮酒食肉，谈笑奔棋，全无痛苦之色”的悲壮一幕。
可是，将要对曹操施行的这个听起来相当可怕的手术，华佗却和盘托出，并无一句话能让曹操有个心理准备。尽管华歆已经向曹操介绍过华佗“医术之妙，世所罕有”，并特别介绍人患“五脏六腑之疾”时，华佗会“以麻沸汤饮之，令病者如醉死，却用尖刀划开其腹，以药汤洗其脏腑，病人略无疼痛。洗毕，然后以药线缝ロ，用药敷之;或一月，或二十日，即平复矣”。但此时，曹操早已忘得一干二净，出于害怕，他脱口而出说：“汝要杀孤耶!”
华佗满可以向曹操陈述下自己只有医人之心，而无杀人之意，但他却不说，只答道：“大王曾闻关公中毒箭，伤其右臂，某刮骨疗毒，关公略无惧色;今大王小可之疾、何多疑焉?”砍开脑袋与划开手臂相比，怎么会是“小可之疾”呢?这个回答也未免太不合情理了。所以曹操说：“臂痛可刮、脑袋安可砍开?”而且华佗应该知道关羽和曹操的特殊关系，在这种情况下提到关羽也是不合适的。曹操很自然想到“汝必与关公情熟，趁此机会，欲报仇耳!”于是呼左右把华佗拿下狱中，拷问其情。一代神医就此屈死狱中。
很显然，小说作者罗贯中在这里是要让曹操的怯儒多疑和关羽的英雄气概形成一个对比，同时也想通过华佗对两人的不同态度显示出他的爱憎，但这样来，神医华佗就成了一个只精通医道而不懂得病人心理的大夫，死得有点冤枉。历史上，华佗的确死在曹操手里，但却不是因为曹操的多疑，而是由于华佗自身的原因。
据《三国志》记载，华佗曾多次医好过曹操的头疼，但后来却不从征召。曹操多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，可华佗就是不肯回来。我们可以想见曹操在头疼欲裂时的愤怒。他派人将华佗拘捕押送回来，交付许县监狱，审讯后本人认罪。荀彧替华佗向曹操求情，曹操不理，将华佗给处死了。华佗这样死去，大部分人觉得这是他有骨气的表现，也有学者认为，华佗的死是由于他性格乖戾，而性格乖戾的直接原因，是他强烈的仕进愿望。
就社会的大背景而言，华佗所生活的东汉时期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术考，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽然上至帝王、下至百姓都需要，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高，名医弃医从政的例子很多。
这种社会风尚不能不对华佗有所影响，就华佗个人的情况而言，据《三国志・魏书・方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，“兼通数经”，“本作士人，以医见业，意常自悔”。也就是说，他对自己走上行医这条道路有后悔之心。再加上他医术高明名气大，前来请他看病的高官权贵越来越多。在跟这些人的接触过程中，他的失落感更加强烈性格也变得乖戾了。
范晔《后汉书・方术列传》说他“为人性恶，难得意”。曹操认为，华佗明明治得了自己的病，却故意拒绝，分明是一种要挟，说：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重。”曹操岂是一个受得了要挟的人?当然不愿满足华佗希望获得官爵的要求。华佗覆水难收，越闹越僵，直至曹操依照汉律，以“欺骗罪”和不从征召罪”将他判处死刑。这样的说法当然不无道理，不过还是分析的成分居多。要说事实，那就是华佗确有“不从征召”的事，至于到底为什么“不从征召”，那恐怕只有九泉之下的华佗自己才明白了。
华佗被杀另有原因一一两度要挟曹操意图求取官爵据《三国志·魏书・方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，是个“兼通数经”的读书人。同当时大多数读书人一样，人仕做官也是华佗的人生目标，从医只是他的“业余爱好”。但是，该书还记载，沛国相陈珪荐举华佗为孝廉，太尉黄琬征辟他做官，他都不去。这又是为什么呢?
这可能有两个原因：一是华佗才气大，颇自负，认为陈珪、黄琬荐举的官职都不大，不肯为之。二是他已经迷恋上医学，不愿为此小官而抛弃所喜好的医学。走上从医道路后，华佗深以为耻，经常后悔，时刻等待入仕为官的机遇。《三国志》的作者陈寿在该书的《方技传》中写道，“然本作士人，以医见业，意常自悔”，语道破了华佗走上从医道路以后的心态。在行医的过程中，华佗深深地感到医生地位的低下。他的医术是高明的，名气越来越大，前来请他看病的高官权贵越来越多。
在跟这些高官权贵的接触过程中，华佗的失落感更加强烈，性格也变得乖戾了，难以与人相处，因此，范晔在《后汉书方术列传》中毫不客气地说他“为人性恶，难得意”。在后悔和自责的同时，他在等待入仕为官的机遇的再度降临。利用为曹操治病的机会，两度要挟，意图求取官爵。曹操请华佗为他治疗“头风”顽症，华佗用针扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，《三国志》对此的记载是，“佗针鬲，随手而差。”
后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的“头风”病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是说，你的病在短期内很难彻底根治，即使长期治疗，也只能荀延岁月。曹操的病果真那么严重了吗?据中医界人士讲，“头风”病确实比较顽固，在古代的医疗条件下，想要彻底治愈确实很困难，华佗虽为神医，也未必有治愈的良策。但若说即使“恒事攻治”，也只能荀延岁月，死期将近，就未免危言耸听了，很明显有要挟的成分在内。
华佗正是想利用为曹操治病的机会，以医术为手段，要挟曹操给他官爵。曹操后来说，“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重”，意思是说，华佗能治好这病，他为我治病，想借此拾高自己的身价。这说明曹操当时是明白华佗的言外之意的。但是他并没有立即满足华佗的要求。于是，华佗便以收到家书，想回家小住几天为借口，请假回家，到家后又托辞妻子有病直不回，对曹操进行再度要挟。曹操依照汉律，以“欺骗罪”和“不从征召罪”判处华佗死刑，华佗服罪伏诛。
据《三国志》记载，华佗回家后，曹操曾经多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗还是不肯回来。曹操大怒，派人前去査看如果华佗的妻子果真病了，就赐给四十斛小豆，并放宽期限;如果华佗说谎，就拘捕押送他回来。于是华佗就被交付许县监狱，审讯后本人认罪。荀彧替华佗向曹操求情，曹操不理，将华佗给处死了。
曹操杀华佗是不是一时意气用事呢?判处华佗死刑有法律依据吗?
曹操是当时著名的政治家，在历史上以“动以王法从事”著称。无论是理政还是治军乃至齐家、诫子，曹操都以汉律为基本准则。依照汉律的规定，华佗犯了两宗罪：一是欺骗罪，二是不从征召罪。主要是后者。汉律中有“大不敬”罪，对“亏礼废节”之犯者要处以重刑，《汉书·申屠嘉传》便载有人“通小臣，戏殿上，大不敬，当斩”的案例。“大不敬”的具体内容较多，其中“征召不到大不敬”适用于华佗所犯之罪。