清朝末年官场腐败、冤案横生，“杨乃武与小白菜”案是其中很著名的一件。因为各种文艺作品的渲染，“杨乃武与小白菜”案的结局给人一种贪官被惩处，好人沉冤昭雪的感觉，但现实永远没有那么美好。“杨乃武与小白菜”案最终闹到轰动天下，不是因为有冤情，而是因为满清统治者慈禧太后将这件案件当成了对付湘军势力的棋子，最终慈禧太后达到了目的，自然也就不会在乎棋子的死活，杨乃武和小白菜结局很惨。
要理清“杨乃武与小白菜”案的脉络，就要先讲讲太平天国起义后清朝政治形式。1851年至1864年的太平天国起义严重打击清廷统治，东南半壁江山摇摇欲坠，而清朝原有的八旗绿营不堪大用，清朝统治者不得不下放兵权，让地方自行组建团练作战。在这过程中以曾国藩为首的汉族地主武装“湘军”飞速壮大，到1864年7月攻破天京城覆灭太平天国的时候，湘军已经发展成为水陆军齐备、装备洋枪洋炮、兵马十多万的强大力量，湘军领袖曾国藩更是总览东南事物、权势熏天，对清廷形成威胁
原来余杭知县刘锡彤的儿子刘子和早就对俊俏美丽的毕秀姑心动不已，后来用迷药奸污了毕秀姑，又把她丈夫葛品毒死，这和《九品芝麻官》中的剧情颇为相似。作为老爹的刘锡彤自然不愿意让儿子担罪，加之又与杨乃武有私怨，于是移花接木，将杨乃武骗至县衙，严刑逼供，最后判定其与毕秀姑通奸，协助毕秀姑谋杀亲夫，处以死罪。
这样判决，对于杨家人来说显然是不能接受的，于是杨家人多次上诉，前后几十堂，都因刘锡彤上下疏通贿赂，官官相护，依旧判定死罪，后幸得同科举人汪士屏联合士绅上书刑部辨冤，刑部侍郎夏同善驳回详文，并请得谕旨命浙江三大宪会审。当时杨家人求毕秀姑告知实情，为杨乃武作证，毕秀姑也深觉愧疚，当即应允。但是浙江巡抚杨昌浚为保自己面子，依仗拥兵边疆的左宗棠之势，会同藩台等蓄意抗命，不准毕秀姑翻供，仍叛“通奸谋命”。然而这一举动激起了浙江士绅公愤，最后闹到了京城，在慈禧太后的介入下，经过开棺验尸，澄清了案情，杨乃武之冤得雪。
而慈禧为什么相信杨乃武是冤枉的呢？现在看来，慈禧太后之所以要插手杨乃武与小白菜之案，主要是为了政治斗争的需要，缓解朝廷内部的矛盾。当时湘系官员成了一股势力，而以慈禧为代表的统治者有意弹压这股势力。
那个时期，针对此案，朝廷争斗最为激烈的是分为在京籍的“江浙派”和镇守江浙一带的地方湖南籍官吏“两湖派”。“江浙派”等在京官员认为这件案子如果真是有冤情不得平反，不仅是杨乃武、小白菜两条人命的问题，而且是有关整个浙江读书人的面子问题。“两湖派”则以为首，附和的多是两湖籍官员。他们认为不能为了区区两个平头百姓处理这么多官吏。
在当时围绕着这个案件审理中，浙江的一干官员，从县到府到省，全都是曾国藩、左宗堂所统率的湘系军阀的手下，那么也就是说根据当时的历史背景，曾国藩率领自己的湘军打败了太平天国，镇压了太平天国，那么在当时江南一代，各级的官员基本上都是湘系的军阀。
他们没有多少的知识，凭着军功担任这样的职务，他们很少受过严格的审判经验的教育，也没有多少知识，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之间都同处湘系，官员之间相互扶持，相互的贪污、受贿、包庇，那么从而使这个案子迟迟难以翻案。
实际上对于清朝的最高统治者而言，地方势力日渐增长，官员腐败失职，早就欲除之而后快，早就想找到一个契机来弹压湘系军阀的势力，那么杨乃武、小白菜案件的发生给慈禧太后提供了这样一个契机。
杨乃武出狱后，以养蚕种桑为生，民国3年(1914)患疮疽不治而死，年74岁，墓在余杭镇西门外安山村。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵为尼，法名慧定。民国10年(1920)圆寂，年76岁。