东汉末年战乱频仍，但徐州琅邪郡因滨临海疆，却是比较安定之地。公元184年，以张角为领导的黄巾大起义爆发后，“徐州黄巾”也聚众响应。汉廷乃调原幽州刺史陶谦为徐州刺史，率兵击败之，战火没有波及琅邪。后来董卓肇乱，州郡起兵，受破坏最严重的地区，为东京洛阳及西京长安一带，生灵涂炭，庐舍为墟。可是徐州全境却比较安定。再加上陶谦“性刚直，有大节”，“在官清白”，注意保境安民。因而在烽烟弥漫、战斗激烈的黄河中下游地区，徐州算得上是一块乐土了。“是时，徐州百姓殷盛，谷米丰赡，流民多归之”。上文提到曹操之父曹嵩，即避乱于琅邪。
徐州真正受到的浩劫是来自曹操的屠戮。如前所述，曹操借口为父报仇，先后两次由兖州兴兵南下，无辜百姓大量被杀。未死者，只好扶老携幼被迫流徙他乡。当时江南地区比较安定，距离徐州又近，因而“徐方士民，皆避难扬土”。
其中如彭城人张昭，就是在这一动乱时期南渡长江投奔孙策的，后来终于成为东吴建国时的重要谋臣。
诸葛亮的家乡琅，为曹操大兵南下的必经之地，因而所受战争破坏也极为严重。公元194年夏，曹操第二次南攻徐州，“略地至东海、琅邪”，焚烧杀掠，“所过残破”，几乎人烟断绝。诸葛玄见到战火日益蔓延，全家老弱俱受到战乱的严重威胁，惶恐焦灼日夜筹思，决计离家远走另觅栖身之所。恰好这时雄踞于淮南的扬州刺史袁术派人来请玄出任豫章太守（治所在今江西省南昌）。袁术出身于“四世三公”的名门巨族，鹰扬虎视野心勃勃。他敦请诸葛玄出任郡守要职，不仅说明他们之间的旧交深厚，也说明诸葛玄的才能为袁术所器重。
由于豫章郡远在江南，战乱较少，诸葛玄决定携家南下。但是阳都故里的田园庐墓不能无人照管。于是，他留下已届及冠之年的诸葛瑾及其继母照料一切。献帝兴平元年（194年），诸葛玄带着亮、均两个侄儿和已达及笄之年的两个侄女兼程南下，这时诸葛亮已经十四岁了。连绵不绝的战乱给千千万万的人民带来背井离乡、生离死别的种种苦难悲酸，也使本书传主的生活环境发生剧烈的变化。
从此之后，他就再也没有机会回到生于斯长于斯的美丽故园阳都，开始踏上流徙生活的征途。从阳都出发到豫章（今南昌），关山修阻，约有千余里之遥。在那个兵荒马乱的年代，沿途难民络绎于道，饿莩载野，大地疮痍。诸葛亮所见所闻无一不是凄惨景象与悲号之声。封建时代所流行的“宁为太平犬，勿为乱世民”的谚语在东汉末年是非常恰当的。因此，他伤时感世，怀念西汉时期“文景之治”的太平盛世，就是很自然的了。而造成兵连禍结千里萧条的原因又在哪里？追本溯源，自不能不归咎于桓灵二帝的重用阉党了。
诸葛玄到豫章上任后没有多久，就发生了东汉朝廷选派朱皓来代替他的事件。豫章郡虽然属于扬州刺史管辖，但袁术大约没有奏准汉廷，就直接委派诸葛玄去担任郡守要职，这是当时的制度所不允许的。袁术之所以如此专擅，一是因为汉室衰微，名存实亡，他根本不把汉献帝这样的小皇帝放在眼里；二是他自恃实力强大，是一个政治野心很大的军阀，一直在蓄谋称帝。早在献帝初平二年（192年），他就公然扣留汉廷前来寿春进行宣抚的太尉马日?，并夺去其所持汉节，以致日?因“失节屈辱，忧恚而死”三是袁术委派诸葛玄出任豫章太守，固然有器重其才能之意，但更主要的则是为了植党营私来扩大自己的势力。诸葛玄却是一位忠于汉室的人，他在汉廷委派的正式太守朱皓来到之后，就交卸了印篆，带着侄儿侄女们又辗转流徙前往荆州，去投奔他的旧交荆州牧刘表了。
然而，由于史籍记载歧异，对诸葛玄出任豫章太守之事也有不同的看法。据袁暐《献帝春秋》云：“初，豫章太守周术病卒。刘表上诸葛玄为豫章太守，治南昌。汉朝闻周术死，遣朱皓代玄。皓从扬州太守刘繇求兵击玄，玄退屯西城，皓入南昌。建安二年正月，西城民反，杀玄，送首诣繇。”
有的研究者根据这则材料，断定：1.诸葛玄是被刘表推荐担任豫章太守的，而不是袁术。2.汉廷正式委派朱皓为豫章太守后，诸葛玄不肯接受朝命，以致朱皓向刘繇借兵才将玄击走。3.诸葛玄是在建安二年（公元197年）为反叛的百姓所杀，并非死在荆州。可是，如依此说，至少有两个矛盾问题难以解决。其一，豫章郡归扬州刺史管辖，不属于荆州围。刘表如何能够越俎代庖？其二，退一步讲，即使刘表上奏推荐诸葛玄出任豫章太守是实，但何以刚上任不久，汉廷忽然又出尔反尔任命朱皓前来代替他？这在情理上是难以说得通的。
另外，还有一个不容忽视的重要问题，就是诸葛玄此次南下的主要目的，是带领侄儿侄女们找一个比较安全的地方躲避战乱，如果他因贪恋太守职位抗拒朝廷命令而被杀的话，那么年甫十余岁的诸葛亮兄弟姊妹们又将何以安身？论者或谓诸葛玄是先到荆州安顿好亮、均等人后，才奉刘表之命前往豫章就职的。笔者认为这只能是想当然之词，不一定符合实际。因为当时战乱最频繁的地方是中原地区（主要是在今河南省），如果由琅邪西去荆州的首府襄阳，就必然要冒许多难以预测的风险，诸葛玄带着一群细男弱女能够出此下策吗？
可是，由琅邪经彭城（今徐州市）前往江南，在魏晋之际是有水路可通的，比由陆路西行，相对来说，是要安全得多。因此，诸葛玄接受委派先往豫章就职，汉廷派朱皓前来接篆后，他又带着眷属去投奔刘表是比较合情合理的。
为了弄清问题的真象，我们还是来看看陈寿在《三国志?诸葛亮传》中的一段叙述吧：
亮早孤，从父玄为袁术所署豫章太守，玄将亮及弟均之官。会汉朝更选朱皓代玄。玄素与荆州牧刘表有旧，往依之。
这段记载的可靠性，在于：1.陈寿以蜀国人修蜀史，不会摭拾显然有悖于诸葛亮生平事迹之事入史的。2.诸葛孔明乃蜀汉丞相，德业勋绩，蜀汉人民皆耳熟能详。他是如何由琅邪阳都到达荆州襄阳的，也无任何隐讳的必要。3.陈寿说:诸葛玄“为袁术所署豫章太守”，其中的“署”字为关键性之字。因为“署”是代理或暂时担任的意思，诸葛玄出任豫章太守，大约只是出自袁术的私意，而没有获得汉廷的正式任命，故陈寿用“署”字来说明其情况。正是由于是“署理”(代理）性质，所以汉廷正式任命的太守朱皓一来，诸葛玄立即办理移交手续。4.陈寿说诸葛玄是先带着诸葛亮姐弟们去上任的，然后再去投奔荆州牧刘表，核其情节是比较符合实情的。陈寿在《进诸葛亮集表》中也说：亮“遭汉末扰乱，随叔父玄避难荆州”，与《三国志》本传所述精神是一致的。根据上面所分析的情况，笔者认为陈寿的记载是可信的。至于《献帝春秋》所述情况，只能是姑备一说而已。
在诸葛亮离开阳都故里后，整个徐州仍然是战火横飞民无宁日的地区。
汉献帝兴平元年（194年）十月，徐州牧陶谦病死，由刘备继任其职。建安元年（196年），袁术来攻徐州，与刘备鏖战于盱眙、淮阴一带。这时吕布乘虚攻下徐州，刘备退走海西（今江苏连云港市海州境内），旋投曹操。“曹公厚遇之，以为豫州牧”。建安三年（198年），曹操派夏侯惇助刘备进攻吕布，为布所败。同年九月，曹操率兵亲征吕布，“冬十月，屠彭城”，吕布退守下邳（在今江苏睢宁县西北；一说在邳县之东）。曹操久攻不下，遂决泗河、沂河之水灌城，淹死无数百姓，田庐尽没，吕布被擒杀。建安四年，刘备又叛离曹操重据徐州。这时曹操与袁绍为了争夺中原地区正相持于官渡，曹操考虑“刘备人杰也，今不击必为后患”，遂于建安五年（200年），亲率大军征讨刘备，破下邳，掳其妻子，部将关羽投降。刘备北逃青州（治所在今山东临淄县北），投奔袁绍。当时的徐州就在军阀混战的情况下，琅邪、东海等郡都被弄得十室九空，一片荒凉，人民所受苦难罄竹难书。
上述有关战乱的记载，远非其全部。因此，自从诸葛亮离开故乡的五六年间（195—200年），整个徐州地区的形势是进一步恶化了。死者长已矣！未死者又大量流徙他乡。诸葛瑾在此生死存亡的关头，不得不辞别先人田庐茔墓，奉继母、携妻子于建安五年南下江东避难。这时恰值孙策病卒，孙权的姐丈弘咨见诸葛瑾仪表不俗、才学出众，遂向孙权推荐，深得信任。诸葛瑾向孙权陈述自己离开徐州琅邪郡的原因时说:自董卓肇乱之后，“遭本州（指徐州）倾覆，生类殄尽，弃坟墓，携老弱，披草莱，……在流隶之中”。其中“生类殄尽”一语是何等沉痛！不久，诸葛亮也得知母、兄均安抵江东的消息，悬念之情为之冰释。至此，他的全家已无人在故里了。