中国国民党和南方的地方势力是黎元洪的依托，研究系、进步党和北洋督军是段祺瑞的基础。双方在国会制宪等问题上分歧严重。黎元洪一派主张扩大国会权限，以抵制段祺瑞的专断独行，研究系则反对省制入宪，主张缩小国会权利，改两院为一院，以迎合皖系军阀专制的私利。由于中国国民党议员在国会人多势众，研究系的议案屡遭否决。在国会表决中(国会议场在今西城境内)，皖系军阀首领便策动北洋各省督军，粗暴干涉国会，恣意打击中国国民党人。
1917年美国参加对德作战，要求中国与之采取一致行动对德宣战，并答应借给军费，黎元洪表示同意。而日本支持段祺瑞参战，答应借巨款给段祺瑞，以扩充其势力。因日本支持段祺瑞，中国若参战必有利于日本，美国遂指使黎元洪伙同国会反对参战。段祺瑞召集亲信召开督军会议，决定参战，并要挟黎元洪和国会同意参战案，但未能得逞，于是要求黎元洪下令解散国会。黎元洪利用人们反段要求，在国会的支持和美国公使"允为后盾"的情况下，下令免去段祺瑞国务总理职务。段祺瑞被罢职后，离京赴津，以天津为基地，组织脱离北京政府的各省督军在天津成立"军务总参谋处"，扬言另组临时政府，段黎矛盾白热化。黎元洪在段祺瑞的压力下内外交困，只好同意张勋入京"调停国事"，后演为张勋率辫子军入京复辟。
各省督军原本不少人反对宣战，因为他们害怕让他们派兵作战，损害自己的实力。
段祺瑞明白他们的心思，于是就明确告诉他们，宣战无须出兵，中国派遣劳工去欧洲即可。
各省督军一听，心上的石头落了地，于是纷纷表示服从总理的意志。
4月25日，督军会议在京召开。
各省督军和代表一致赞成段内阁外交政策，并在写有"赞成总理外交政策"的纸上签了名，给黎元洪施压。
5月1日，内阁举行会议，督军团居然要求参加。
有人说军人干政，傅良佐却辩解道:"军人也是国民的一员，对国事发表意见，怎能说是干政?大总统这么害怕军人的意见，难道是心中有鬼不成?"参加内阁会议的阁员可怜只有3人:海军总长程璧光、司法总长张耀曾、农商总长谷钟秀，军人倒有一大班，于是，宣战案顺利通过。
段祺瑞便想趁热打铁，利用督军团使国会和总统屈服。
黎元洪这里顺利通过了，但国会却出了问题，本来国会通过宣战案问题并不大，汤化龙、梁启超早就在议员中活动支持段祺瑞，但国会傅良佐却帮了倒忙。
5月8日，段祺瑞到国会解释对德政策并接受质询，他矢口否认中国参战背后有着中日幕后交易，声称宣战是本着正义的需要。
当两院即将讨论宣战案的时候，各地人民团体纷纷来电支持宣战，北京城中也有一些"自发"的群众的代表强烈要求对德宣战，段祺瑞闻之十分满意。
一些外地人民团体的电报实际上都是傅良佐派人从北京电报局发出的。
5月10日下午，成群的"自发公民"包围了众院大楼，他们或摇旗呐喊，或散发"请愿书"，有的甚至闯进议长办公室，要求汤化龙允许公民代表列席讨论。
"公民团"的行径引起了众议员的义愤，大家集体罢会，以示抗议，并准备离开会场，于是一场骚乱发生了。
傅良佐急于求成，结果弄巧成拙，反而使段祺瑞的宣战案中途告吹，内阁总长纷纷辞职，只剩下一个光杆总理。
段祺瑞决定坚持下去，他一面酝酿新的阁员，一面授意滞京的部分督军和代表们，继续对国会施压，企图重开议会通过宣战案。
然而，一个毁灭性的新闻给段祺瑞致命的打击，英文《京报》披露中日秘密签订了一亿元的军事借款。
段祺瑞在国会所作关于中日之间绝无秘密外交的证词完全是一个谎言!令人意外的是，一向软弱可欺的黎元洪突然挺直了腰杆，下令免去了段祺瑞国务总理和陆军总长的职务。
5月23日，张国淦听说黎元洪要免段，刚想开口劝说，站在旁边的金水炎冲了过去，拔出手枪对准张国淦:"不许开口!开口我就打死你!"段祺瑞气得鼻子又歪了。
冯国璋任总统后，与国务总理段祺瑞，在西南军阀及广东护法军政府的政策上，产生了矛盾。段祺瑞主张"武力统一"，借此扩充皖系势力;冯国璋主张"和平统一"，借此讨好西南军阀，保护直系的利益。
1917年8月，段派傅良佐为湖南督军，调北洋第八、第二十两师入湖南，拉开了南北战争(护法战争)的序幕。11月，正当湖南战事扩大时，直系北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然发出通电，主张停战议和。紧接着直系长江三督和直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。段提出辞职。冯于11月25日下令准免，先以外交总长汪大燮代理国务过理，后又请出王士珍署理国务总理兼陆军总长。
12月2日，段策动北方十督:曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等在天津举行督军团会议。12月6日，联名电请冯国璋明令讨伐西南。冯只得表示让步。又任命段为参战督办，段芝贵为陆军总长，以消解皖系的不满。此时，西南军阀陆荣廷提出恢复国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统，作为取消两广独立的条件。冯发出停战布告，责成南北两军停止敌对行动。
12月31日，北方十督曹锟等发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，企图"合法倒冯"。冯声称要亲自出征讨伐西南，率拱卫军一旅，乘专车沿津浦路南下，想回到直系大本营南京。不料车到蚌埠，被皖系安徽督军倪嗣冲拦截，迫使冯回京。同时，奉军入关"兵谏"。皖奉联合，冯不得已，请出段再次出任国务总理。
1918年9月4日，安福国会选举徐世昌为新任大总统。冯国璋、段祺瑞同时下野。
"三造共和"后，段祺瑞并没有迎回落难总统黎元洪，而是力捧副总统冯国璋继任总统。而在此之前，黎元洪放下了面子，以国家大局为重，重新任命段祺瑞为国务总理，并令他挂帅讨贼。只此一点，便可看出府院之争的主要症结。
当时，一直在努力调解府院之争的张国淦力劝段祺瑞迎黎元洪复位，他说:"相对而言，和黎元洪共事其实比较容易，因为他手中无兵，而且刚经受过挫折，会吸取教训;而冯国璋既有兵权，又是新官上任，遇事必然逞强好胜，因此更难对付。"张国淦的分析入情入理，完全是出于对段祺瑞的一片爱护之忱。如果段祺瑞能够接受，学古人将相和，也许可以开创一个双赢的新局面，可惜他对黎元洪罢免自己耿耿于怀，终于因私而废公，挟愤而忘义，拒绝了这个建议。
所谓"府院之争"，"府"即总统府，"院"指国务院，"府院之争"即总统和总理之争。北洋时期的府院之争有两次，一次是黎元洪总统和段祺瑞总理之争，另一次是冯国璋总统与段祺瑞总理之争，两次的当事人都有段祺瑞。可见段的性格缺陷是府院之争的一大动因。
但是，府院之争的渊薮却决不止如此之浅，而是有其历史背景的。中国实行了几千年的帝制，民主共和是新鲜的舶来品，因此民国肇立之初，需要借鉴西方的政治和行政制度。而西方的共和体制大体可以分为两种:一种是美国式的总统制，另一种是法国式的内阁制。于是，有关总统制还是内阁制的争论，在政客们争权夺利的心理作用下，一时甚嚣尘上。即便以袁世凯的神武雄健，欲加强总统的权力，也一度面临着宋教仁政党内阁计划的挑战。孙中山让位给袁世凯时，革命党人同时修改了《临时约法》，将政治体制从总统制更改为内阁制，用以约束袁世凯。宋教仁更在此基础上，重组国民党，要成立政党内阁，从而在实际行动上迈进了一大步。袁世凯及其北洋派不愿放弃权力，乃卑鄙地暗杀了宋教仁，激起了国民党"二次革命"，然后再借此驱逐了国会中占大多数的国民党员。总统制与内阁制的理论之争，最终引发了流血和战争，使民国成为一个乱世。