刘备夺取成都后，自称汉中王，命诸葛亮、法正、刘巴、李严、伊籍五人制订《蜀科》。
在讨论中，法正对“刑法峻急，刻剥百姓”，并造成“自君子小人常怀怨叹”的恶果予以谴责，指出：“昔汉高入关，约法三章，秦民知德。今君假借威力，跨据一州，初有其国，未垂惠抚，且客主之义，宜相降下。愿缓刑弥禁，以慰其望。”
诸葛亮反驳道：“君知其一，未知其二。秦以无道，政苛民怨，匹夫大呼，天下土崩。高祖因之，可以弘济。刘璋暗弱，自焉以来有累世之恩，文法羁縻，互相奉承，德政不举，威刑不肃。蜀土人士，专权自恣，君臣之道，渐以陵替。宠之以位，位极则贱；顺之以恩，恩竭则慢。所以致弊，实由于此。吾今威之以法，法行则知恩；限之以爵，爵加则知荣；恩威并济，上下有节。为治之要，于斯而著。”（见《三国志·诸葛亮传》注释《蜀记》）
这里有几个问题需弄清楚。
其一，秦王朝灭亡的原因是什么？诸葛亮没有说错，是“政苛民怨”。在统一六国后，秦王朝大兴土木，仅阿房宫、骊山陵、通往全国的驰道、万里长城等全国性工程，就占去全国50%的成年男子，地方性工程尚不计算。如此残暴的苛政，自然会引起民众的强烈不满。需要进一步思考的是，如此苛政靠什么保证？当然不是靠说教，靠号召，而是靠严刑峻法！秦王朝还在偏居西北边陲一隅时，就由法家代表人物商鞅制定了《秦律》；统一中国后，更将之推广全国。“秦法密如牛毛，动辄得咎”是其显著特点。没有严刑峻法，无道的兵役、徭役、赋税，以及权势者对民众人身的侵凌，不可能得以实现，连政府也难以存在，更别说养尊处优，穷奢极欲了。
陈胜、吴广等900多人服徭役走到大泽乡时，适逢大雨，道路不通，自知已经不能按期到达预定地点。按照秦律，不能按期到达的，不问青红皂白都要斩首。求生是人的本能，陷之死地而还有自由选择的时候，必然有困兽之斗。故而陈胜、吴广商议：“今亡（逃亡）亦死，举大计亦死，等死，死国可乎？”这就是这次农民大起义的直接原因！
显然，不是繁重的徭役引起反抗（即政苛民怨），而是严刑峻法逼迫他们铤而走险。诸葛亮熟悉这段历史，历政多年，无视严刑峻法不应是无意疏忽。
秦王朝在短短的15年中，迅速由强盛走向灭亡的根本原因，是“暴政”。“暴政”的主要组成部分，是韩非、商鞅、李斯这些法家们主张的“严刑峻法”。随着暴秦的灭亡，随着著名法家均死于非命，法家遭到朝野唾弃，被淡化出主流政治。遗憾的是，诸葛亮在这里偷换概念，把苛政从严刑峻法保证下剥离出来，留下了光秃秃的、苍白无力的苛政。
其二，刘焉、刘璋是疏于治理，还是法律过宽？刘焉父子并没有制定另一套法律，而是沿用着西汉以来的《九章律》。《九章律》制定于汉高祖初年。当初，刘邦入关时，曾同关中父老约法三章：“杀人者死，伤人及盗抵罪。”但是刘邦并没有因为秦王朝法律过严过猛而反其道行之，没有制定矫枉过正的秋千法律，三章约法只是临时性措施。待汉王朝正式成立，立即令萧何等在《秦律》基础上制定《九章律》（即盗、贼、囚、捕、杂、具、兴、厩、户律），以后又相继增加了越宫、朝、金布、田、钱等律条；东汉时，又补充律60余篇，令300余篇，比900余卷，死刑610条，耐罪1698条，赎罪以下2681条，形成了以律、令、科、比为主的法律体系（见《后汉书·陈宠传》）。所谓的律即基本法律；令是为了解决某一具体问题，以皇帝名义颁布的诏令，与法律具有同等效力；科也称科条，是法律条文中应科以刑罚的部分，本来是量刑标准，后来发展为独立的法律形式；比也称为决事比，指那些经过朝廷批准，具有法律效力的判案成例。
刘焉父子治蜀失败的原因之一，不是法律宽松，是司法腐败，疏于执行，有法不依，法律论为一纸具文的结果。那么，对症下药，就不是重新制定严刑峻法，而是严格执行已有的法律。遗憾的是，诸葛亮在这里再一次偷换概念，打着纠正刘焉父子错误的旗号，真正纠正的，却是《九章律》的“宽松”（姑且这么说），重新把法家治国思想搬上政治舞台，这是法家思想的死灰复燃。
其三，“威之以法，法行则知恩”是正论还是诡辩？诸葛亮在总结刘焉父子教训时，指出其所犯的错误是：“自焉以来有累世之恩，文法羁縻，互相奉承，德政不举，威刑不肃。蜀土人士，专权自恣，君臣之道，渐以陵替。宠之以位，位极则贱；顺之以恩，恩竭则慢。所以致弊，实由于此。”即是说，益州贵族豪门荣受刘焉父子两代之恩，以至于不受法律约束；互相吹捧，互相包庇，已经形成了一个凌驾于法律之上的利益集团；当遭受权势、豪门侵凌时，民众难以受到法律保护，使得法纪靡坏；益州大族豪门与官员、精英文化人结成帮派，各自为政，致使君臣关系颠倒过来，不是蜀地豪门服从主上，而是主上看着豪门的眼色行事。
诸葛亮进而归纳说，以爵位拉拢，爵位总有到头的时候，封赏的多了，爵位也就不值钱。顺着他们的心思给以恩宠，恩宠一旦到了头，他们就会疏远惰慢。从刘焉父子处理同益州豪族的关系看，诸葛亮总结的相当精辟，可谓入木三分。
正常情况下，对症下药是政治家治国的基本策略，既然过去在处理同益州豪门大姓的关系中出了偏差，应纠正的，就是以法律严加约束。在政权更替之后，这种纠正比较容易，因为新的统治集团内，同益州豪族没有太多的渊源关系，刘焉曾有过非常有益的经验可以借鉴。他去益州赴任时，益州正混乱不堪，黄巾起义军余部马相、赵祗部万余人刚被镇压，社会需要安抚；州中豪强横行不法，刘焉借故将其代表人物王咸、李权等十余人抓捕正法，使得整个益州为之震慑；犍为郡太守任岐及贾龙率兵向刘焉进攻，刘焉将这次政变彻底粉碎，将任岐、贾龙击毙……至此之后，益州社会秩序迅速稳定。
遗憾的是，诸葛亮又一次偷换概念，名为处理益州豪门贵族的贪婪骄横和目无纲纪，实质却是将严刑峻法加在全体民众的头上。深具讽刺意味的是，诸葛亮强调要限定爵位，但终西蜀灭亡，94万人口中，却有四万多官吏，民官比例为23。5∶1，创造了古今中外纪录之最！东汉时期，民官比例为7461∶1，诸葛亮将官民比例迅速提高了318倍！显然，“限之以爵”只不过是一种借口。
在严刑峻法的威逼下，必然会造成万马齐喑、道路以目的黑暗统治。这种政治局面下，别说巷谈，就连腹议尚且不敢，怕稍有不慎而流露心声，会招来杀身甚至于灭门之祸！严刑峻法实行的结果，根本不可能令民众知恩，只能使民众畏惧而三箴其口。
由以上观之，诸葛亮治蜀的法理，没有能够站住脚的。虽然无理，但适应了外来者刘备的需要，刘备需要靠高压巩固自己的统治。更重要的是，刘备知道，自己夺取天下的目标任重道远，巩固偏安一隅的局面，也得有军队支持。每一步战争，需要太多的人力、物力，没有严刑峻法作保证，一切都会成为泡影，仅有的弹丸之地也难以巩固。所以，在刘备的支持下，《蜀科》得以通过并迅速实行。