在《三国演义》中，董卓最初是边陲西凉的一个大军阀。后来奉大将军何进之命率部进京，旋即掌握了朝中大权。因其嗜杀成性，倒行逆施，祸乱朝廷，引得天下诸侯联合讨伐。但因为董卓有手下大将吕布英勇，加上盟军内部出现分歧，最终没有成功。于是，司徒王允设下“美人计”，并从中挑拨董卓和吕布的关系，才假吕布之手将董卓诛杀。但就是这么一个人人得而诛之的乱臣贼子，在其死后竟然会有人为之痛哭哀悼，这就不能不让人万分费解了。可世上的事情就是这样，再坏的人也会有几个朋友。
却说董卓被杀之后，抛尸街头，直接被军士们点了“天灯”。过往百姓更是纷纷手掷董卓之头，到最后连脑袋都给摔烂了。而整个长安城内外，无论男女老少，皆载歌载舞。即便是那些没有钱的穷人，为了庆贺董卓被诛，典卖了身上的衣服也要去换酒喝。如此的场景，不胜其数，可见国人对董卓之痛恨。当然，那些朝臣们也没闲着，以王允为首的几个大臣也摆下宴席，喝起了庆功酒。就在这时，突然有人来报，说有一个人正伏在董卓身上痛哭呢。王允一听，顿时大怒，立即吩咐武士将此人擒来。
不一会，武士就推着一个人进来了，大家一看，原来是侍中蔡邕。王允一见非常生气，怒斥道：“董卓是国贼，差一点就亡了汉室江山。你身为汉臣，世受重恩，不是同心协力诛杀反贼，反而去为国贼痛悼，是何道理。”蔡邕一听，赶紧谢罪说“我已经知道错了，请给我黥面刖足，让我继修汉史。”别的大臣也认为蔡邕有才，替他求情。但王允此时正在气头上，加上刚刚成就诛杀董卓之功，最后还是将蔡邕下了大狱，并在狱中将其缢死了。
蔡邕之死在演义中的记载（出自三国演义电子辞典）
听说大儒蔡邕死了，认识不认识的人都为之垂泪。很显然，仅凭这么一件事，就将蔡邕杀死，怎么说也都有些过分了。但匪夷所思的是，这么一个学问高深且具有丰富智慧的人，怎么可能与董卓这样一个乱臣贼子走到一起呢。事实就是，蔡邕确实对董卓心存感激，私交也非常密切。而且，蔡邕还是董卓一手提拔起来的。
原来在董卓刚刚进京的时候，在李儒的举荐下，董卓就想让蔡邕出来做事。蔡邕起初也是不肯，就推病不出。但架不住董卓放出狠话，蔡邕吓得赶紧前去拜见。还好，董卓并没有难为蔡邕，反而拜他为祭酒，平日里对蔡邕也是极为敬重，隔三差五就要恩赐一下。这还不算，后来在三天之内，竟然是一路擢升，先补侍御史，又转侍书御史，再升迁为尚书，最后直接做了侍中。
这蔡邕原本是个书呆子，做的也都是书本上的学问，平日里受人尊重不假，政治地位始终有限。今见董卓如此厚待，蔡邕又如何不心存感激呢。但好景不长，董卓却被人诛杀了。想来也是蔡邕感念董卓旧日之恩，才情不自禁地前去痛哭悼念。此本属人之常情，只不过有些不合时宜罢了。
而其实，蔡邕伏尸痛哭一节也只是小说家的杜撰，本意是为了表现蔡邕的迂腐或是为司徒王允推卸责任。想那董卓已被兵士点了“天灯”，膏流遍地，蔡邕又如何能伏尸痛哭呢。据《三国志》载，蔡邕也不过就是与王允等大臣一起吃饭的时候，不由自主地表现出了些许的感伤而已。而王允此时正志得意满的时候，自然不肯原谅。先是大声斥责，接着就令廷尉审问。之所以《三国演义》的作者要为王允辩解，就是因为蔡邕被下了大狱之后，王允在众人的一再劝说下突然就后悔了，让人赶紧释放。但到了监狱，蔡邕已经被缢死了。或许就是王允曾经有过的这一丝悔意，作者才把这一节改为了蔡邕伏尸痛悼。
尽管如此，像蔡邕这么一个集史学、文学、音乐、书画于一身的大学问家，仅仅因为董卓被诛表现出来的一丝丝伤感，就被王允要了性命，怎么说也都有些草率和不近人情了。
董卓被诛，王允功不可没。蔡邕之死，王允同样难辞其咎。