建文元年（1399年）七月，燕王朱棣在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名举兵起事，从而拉开了长达4年的叔侄战争，史称“靖难之役”。
建文四年（1402年）六月，燕军渡过长江，呈现势如破竹之势，一直打到南京城下。叔叔已经打到朝廷了，建文帝该怎么办，是逃还是降？在《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝本想出来迎接燕王，却觉得很羞愧，说道：“我何面目相见耶！”于是他选择了与皇后一起闭宫自焚。
当朱棣来到时，看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。只能从灰烬中找到建文帝烧焦的尸体，根本就没有办法辨别是否是建文帝。但朱棣还是假意痛哭不已，说他只是前来帮助皇帝学善，又何必自寻死路呢？事后，朱棣礼葬建文帝，遣官致祭，辍朝三日。
朱棣见到的那具面目全非的焦尸真的是建文帝吗？建文帝是否有可能活着？如果活着的话，他又逃到了哪里？对于这一系列的问题，后世史家和民间传说众说纷纭。
首先，《太宗实录》本身的可靠性有待于考究。朱棣为了美化自己的篡位行为，曾三次修改了《太宗实录》，所以对于其所记载的建文帝自焚一事，有待考证。其次，被烧焦的尸体面目全非，没人能回答是否是建文帝。如果建文帝活着，他去了哪里呢？明代中后期，就有人提出了建文帝“出逃为僧”说。
另外，万历二年（1574年）十月，12岁的神宗向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见，张居正倾向“出逃为僧”的说法。明末南京礼部尚书钱谦益针对上述说法，说道：假如建文帝没死，离开南京后很可能重新组织军队来推翻朱棣的统治，但朱棣即位后，没有出现任何这类活动的迹象。但是，这些都只是一家之言，没有确切的记载和资料考证，不足为信。我们暂且先将这一问题放下。假设建文帝有可能逊国逃亡，那他去了哪里呢？
综合起来，有如下几种说法：有学者指出，建文帝出逃之后，削发为僧，云游四方，最后回到了江苏吴县穹隆山皇驾庵，并一直生活在这里，直到1423年病逝于此。
最近，对中国古文字深有研究的学者林国恩指出，写于贵州山谷之间的“红崖天书”，实际上就是建文帝逃亡后所写的一份讨伐朱棣的檄文，目的是号召臣民支持他重登帝位。（“红崖天书”写在贵州省安顺地区晒甲山的一面山崖上，字形似文似图，若篆若隶，因字条红色，又无人能破译，故称此名）以上是两个比较有影响的说法，
除此之外，还有泛舟海外说、隐居四川说等。
历史留下的悬疑使我们有很大的想象空间。《明史》中记载，郑和下西洋除“耀兵异域”外，另一个目的就是奉朱棣之命，在海外秘密寻找建文帝下落。看来，朱棣对于民间的传说还是半信半疑的，他自己也不敢轻视，也许他的一生都要生活在这个阴影下。