《马关条约》的消息传出后，举国哗然。翰林院八十三人和内阁官员上百人联名上奏反对和约，前线的宋庆、李秉衡等将领也纷纷上书要求拒约再战。此时，京城正好举行会试，各省举人们大为激愤，他们公推康有为上万言书，提出“迁都练兵变法”三策，这就是历史上的“公车上书”，也是维新变法之发端。
据两江总督刘坤一回忆说，在甲午年的惨痛失败下，慈禧与光绪在接见他的过程中也曾母子对泣，并非全无心肝。但是，慈禧太后毕竟执政多年，经历的风浪也多，她做好了吞下这个苦果的准备，而光绪皇帝则在大臣们和举人们的压力下焦灼万状，“徘徊不能决，天颜憔悴”。而在这时，慈禧太后的宠臣孙毓汶却多次拿着和约请求皇帝批准。在海军已覆、陆战不能的情况下，光绪皇帝思前想后，也只能万般无奈之下批准了与日本的和约。
《马关条约》签订后，在俄国、德国和法国的压力下，日本被迫归还了辽东半岛，但需清廷额外支付3000万两“赎辽费”。堂堂大清帝国，竟然沦落到这个地步，这也是慈禧太后所没有想到的，怪不得后来有人写了这样一副对联来讽刺其六十庆典——“万寿无疆普天同庆，三军败绩割地求和！”
(图)北洋水师提督署
(图)甲午战争被日军俘获的镇远号
甲午战争的惨痛失败，这意味着搞了近30年的洋务运动失败了，而这也是慈禧执政30多年的巨大失败。战争结束后，直隶总督、北洋大臣李鸿章作为替罪羊被从权力的顶峰上踢落下来，在其搬到贤良寺暂住的日子里，老李说了这么几句话：“十年以来，文娱武嬉，酝成此变。平日讲求武备，辄以铺张靡费为疑，至以购械购舰悬为厉禁。一旦有事，明知兵力不敌而淆于群哄，轻于一掷，遂至一发不可复收。”
李鸿章的愤懑之语，何尝不是慈禧太后执政多年的写照。在经过一段时间的冷静思考后，李鸿章又苦叹道：
“老夫办了一辈子的事情，一是练兵，二是海军。如今看来，都是些纸糊的老虎，何尝能真正放手办理，不过勉强凃饰，虚有其表。若不揭破，犹可敷衍一时。如一间破屋，由裱糊匠东补西贴，居然成一净室。即有小小风雨，打成几个窟窿，随时补箿，亦可支吾对付，乃必欲爽手扯破，又未预备何种修箿材料，何种改造方式，自然真相破露，不可收拾，但裱糊匠又何术能负其责？”
李鸿章的辉煌正是慈禧太后执政时期的集中体现，可洋务运动搞了近30年，洋枪、洋炮、洋船都买了；洋人也请了；北洋水师也像模像样了，可惜那还是中看不中用的“纸老虎”而已！甲午战争的彻底失败，李鸿章承认自己只是个“裱糊匠”，大清朝也不过是一间“东贴西补”、经不起风吹雨打的 “破屋”罢了。
对此，作为大清帝国总舵手的慈禧太后又怎能不感伤难受。但是，正所谓“结构不变、结果不变”，如果不能从根本体制上着手，即使洋务搞得再好，北洋水师看起来再强大，终究不过的“裱糊”而已。正因为如此，变法图强的呼声也开始在这个古老的帝国迅速兴起了。