据《明史》记载，崇祯有七位皇子，分别是太子慈烺 ;次子慈(火+亘);三子慈炯;四子慈炤;五子慈焕;六子(名字未详);七子(名字未详)
崇祯皇帝几位皇子的下落，说起来令人感叹。
北京城破，崇祯皇帝让三个儿子出宫躲藏，指定皇太子去成国公的府上，定王去嘉定侯府，永王去田皇亲府。崇祯皇帝的这个安排和他的许多命令一样不靠谱，此时北京城里已经是一片混乱，道路难行，最终永王和定王一起跑进了嘉定侯府。皇太子离开皇宫的时间更晚一些，外面的形势更混乱，也没能按计划赶到成国公府，结果藏身于民间。
三月十九日，李自成进入北京，下令搜寻崇祯皇帝和皇太子。嘉定侯周奎把永王和定王送到李自成手里。李自成亲自接待二位，有人命令两位皇子给李自成跪下，二人不从，只是向上做了一个长揖。李自成对他们的态度还不错，此时他还不知道崇祯皇帝已死，所以开口就问皇帝在哪里：“你们的父亲躲到哪里去了?怎么不出来与我相见?我绝不会杀他的。”
永王说：“父亲并没有躲起来，他不想忍受你们的羞辱，已经在宫中自缢而死。”
李自成不太相信，换了一个话题，问两个人吃早饭了没有。永王回答说还没有，李自成就命令传饭，让两位皇子和自己一起吃饭。
到了中午，李自成得到确切的消息，证明崇祯皇帝确实自尽。这个结果出乎李自成的预料，感觉很遗憾，对两位皇子说：“你们的父皇何苦自尽呢?他活着，我不会杀他，让自己背负杀君之名，我会与他分治天下。现在他自尽而死，不是我杀的。你们也不必伤心，不必害怕，等天下的形势安定下来，我会给你们每人一块封地。”
此后，李自成把永王和定王送往刘宗敏的府上，让他善待二王。李自成对两位皇子比较客气，曾经公开宣布说他将厚待他们。
两位皇子出入宫廷，可以骑坐骡子。四月九日二人入朝，永王依然不肯跪拜李自成，还问李自成为什么不杀了他。李自成说：“汝无罪，姑免。”
四月十三日，李自成带领二十万大军从北京出发，迎战吴三桂的军队。文献中提到了皇太子朱慈烺，“自成绒帽蓝布箭衣东出，太子、二王各一兵抱持马上。东宫衣绿，二王衣玄。见者皆为陨涕。”
李自成不知出于何种考虑，出征时一定要带上皇太子、永王和定王，最大的可能是对他们不放心。
另一种版本的说法中没有皇太子，只有永王、定王各由一位军士抱在马上，京城百姓听说之后，拥到路旁围观。大队人马走到通州时，路边的百姓向着二位皇子叩头，定王的一只鞋子被挤掉，百姓拣起鞋子，过来替他穿上。又说，两位皇子坐在一辆装粮食的大车上，车上有黄盖盖着。两位皇子忍受不了饥饿，向路边的人索要食物。
当时一起随军出发的，还有明朝宗室晋王。李自成与吴三桂的军队在山海关一带展开混战，晋王在阵前纵马跑入吴三桂的阵营，并且留在那里。吴三桂与清军联手，最终李自成的军队惨败，仓惶退回到北京，然后再弃城而去，匆匆离开北京。
那是一个混乱的时期，没有人会顾得上两位幼小的皇子，在李自成的军中找不到永王和定王。吴三桂的军队随后而至，他的阵营之中也没有永王和定王的身影，更没有什么皇太子。有一种传言说，定王在北京城南一处空园子里被害，永王和皇太子则不知下落。
传言在扩散的过程中变形，到最后民间都认为皇太子也在李自成的军中。皇子们平时居住在深宫之中，北京的百姓平时根本没有机会见到他们。就算他们出宫，要么骑马，要么乘轿，前呼后拥，警卫森严，寻常百姓哪里看得清楚?所以，李自成军队中一旦出现衣衫华丽、面目俊秀的小公子，都容易被大家误认为是皇子。
清军进占北京，到了这一年的十一月，嘉定侯周奎的府上突然来了一个男子，身边有人陪同。男子自称为“皇太子”，看上去模样也与皇太子很像。周奎却假装不认识此人，让侄子周铎带着来人去见长平公主。
长平公主见到来人，上前与他抱头痛哭。周奎这才带着全家人一齐向来人行了臣子之礼，然后请皇太子吃饭。吃饭中间，周奎问起皇太子这几个月的经历。皇太子说，当初北京城破之日，他从皇宫里出来，躲在东厂门一带，夜里出来，在东华门附近遇到一家豆腐店。
店里的小伙计拿来一身破衣服，让皇太子换上，装扮成店里的伙计，守在火炉旁边。如此在店里躲了五天。豆腐店终归是在闹市当中，人来人往，小伙计担心被人发现，自己受连累，又把皇太子送到崇文门外的一处尼姑庵中。
尼姑们以为皇太子只是平常的贫家子弟，起初并不怀疑。半个月之后，皇太子的随从太监被尼姑碰到，这才开始怀疑皇太子的身份。再留在尼姑庵中，难免走漏消息。于是皇太子和随从离开那里，躲到一处密室当中。现在听说长平公主的下落，才赶过来相会。
天晚之后，皇太子哭着与长平公主道别，回到藏身之地。几天之后皇太子再次过来，长平公主认为这样不安全，送给他一件锦袍，告诉他说：“上次周府里上上下下对着你恭敬施礼，已经引起别人的注意。你躲到别处去，千万不要再来了。”