《三国志》记载和历代史家给予孙策的评价往往是：一则为人“轻佻果躁”；二则施政多行严厉镇压，杀戮立威，无所宽贷。如《三国志·吴书·吴主传》注引《傅子》，说孙策“转斗千里，尽有江南之地，诛其名豪，威行邻国”。《三国志·魏书·郭嘉传》也提到：“策新并江东，所诛皆英豪雄杰能得人死力者也。”
这些评价共同的指向是，由于孙策处理东吴内部矛盾时采取了高压政策，才导致“陨身致败”。这样的定论对孙策未免有失公平！
一、较之曹操刘备孙策的政治杀戮并不为过
从二十一岁立基江东，到二十六岁遇刺身死，这短短五年期间，年轻的孙策给予敌对势力一定打击，是维持江东政权的稳定、统一的需要。政治杀戮事件在历史上是最惨无人道也是最屡见不鲜的罪恶行径，其实施者罪不当恕。但与曹操、刘备在拥有各自统治根基后的所做所为相比，孙策的“诛戮名豪”似乎并不为过。
曹操在历史上以残暴好杀、崇权弄术闻名。在军事上，曹操常以屠城示威，曾屠徐州、屠柳城、坑袁绍降卒七万。政治上多行报复打击，刑害张让、孔融、崔琰、杨修等，渐接逼死张绣、荀彧等，这些都给他的名誉和政权稳定造成极大打击。
刘备在立基之前，四处飘泊寄寓，以宽厚仁义被广为传颂。而立基益州后，却对反对者打击严峻。比如，益州名士彭羕，在刘备面前“形色骄傲”，又在马超面前指责刘备“老革荒悖”，刘备便将其入狱诛死。而加强彭羕“谋反”罪名的证据，仅仅是于彭羕对马超说的一句话：“卿为其外，我为其内，天下不足定也。” 再如，蜀臣张裕反对刘备出兵汉中，刘备不从，出兵果然无功，加上张裕取笑刘备无须，刘备便将其斩首弃市。对此，刘备本人的说辞是，“芳兰生门，不得不锄”。刘备的这种心态，反映出流民阶层出身（虽然名义上是汉室宗亲）和多年的“老革”生涯造成一定的偏狭性。
而孙策，虽以弱冠之龄立业，与上述两人相比，却表现出与年龄不相符的成熟，以及仁政政治家的风格。
《三国志·吴书·孙策传》注引《江表传》记载了孙策初渡江时，军纪严明绝无扰民的情形：
“策时年少，虽有位号，而士民皆呼为孙郎。百姓闻孙郎至，皆失魂魄；长吏委城郭，窜伏山草。及至，军士奉令，不敢虏略，鸡犬菜茹，一无所犯，民乃大悦，竞以牛酒诣军。刘繇既走，策入曲阿劳赐将士，遣将陈宝诣阜陵迎母及弟。发恩布令，告诸县：‘其刘繇、笮融等故乡部曲来降首者，一无所问；乐从军者，一身行，复除门户；不乐者，勿强也。’旬日之间，四面云集，得见兵二万馀人，马千馀匹，威震江东，形势转盛。”
能得到百姓如此拥护和崇敬的攻城掠地之师，不仅在三国时代，历代历朝都很少有。孙策在行仁义于百姓的基础上，面对境内错综复杂的各种敌对势力，恩威并施，慎行杀戮，在极艰难的条件下，维护了孙氏政权的早期成长。
二、东吴早期的复杂形势与孙策的纳贤施恩政策
孙策以“仿佛孙吴”的军事才能，迅速统一江东各地，而各种反对势力却不肯屈服。
一则江东原有割据势力不甘失败。其中又有两类，一是汉朝廷正式认命的州郡官，如扬州牧刘繇、吴郡太守许贡、会稽太守王朗等。二是无数分散于山区的山越势力，其中不乏严白虎、邹他、钱铜这类拥众数万或万余的豪强。而两者又经常联合勾结起来，共对抵抗孙策的军事进攻。
二则江东士族不服孙氏统治。江东境内，吴郡与会稽郡相当于战国时的吴越两国，两郡大族历来不和。会稽士族对孙策的敌意非常严重，孙策名义上的官职是会稽太守，但他通常呆在吴郡的吴县，把会稽的太小事务都交给郡功曹虞翻。吴郡士族们对孙策相对拥护，因为他们想借孙策压制会稽人，暗中却不并诚心归服。孙家虽然是吴郡富春人，但孙坚发迹于淮泗，孙策重用之臣多为江北士族，因为吴会两郡视孙家为淮泗帮。
三则流寓江东的北方士族因反对袁术而排斥孙策。孙策东渡时，名义上是袁术的部下，直到建安二年袁术称帝，才与其断绝关系。不少从中原逃到江东避南的士族名流，在孙策入侵江东时选择了继续南逃。比如从《三国志·蜀书·许靖传》的记载可得知，许靖就是一直逃到了交趾。许靖后来在写给曹操的信中写道，“正礼师退，术兵前进，会稽倾覆，景兴失据，三江五湖，皆为虏庭。”可知，许靖之辈名士习惯上将孙策的军队称作“术兵”。
四则有孙氏的家仇旧恨。比如会稽周氏兄弟，便是孙家的老仇人。兄周昕，曾任丹杨太守，是曹操老朋友，曹操起义兵伐董卓时曾助其募兵。小弟周遇，被袁绍表为豫州刺史，而当时孙坚是袁术所表豫州刺史，二人曾交战与鲁阳。二弟周昂，袁绍表其为九江太守，被受袁术派遣的孙策舅父吴景和堂兄孙贲击败驱走。当年孙坚听命袁术，被袁绍同盟刘表的部下黄祖所杀，成为袁氏兄弟相斗的牺牲品。而这种矛盾一直延续到孙策时代。
孙策面对的，是一个四境皆敌、危机四伏的江东，无数人欲致孙策于死地。对此，孙策采取的方式是恩施四境，礼贤下士，招募英俊为其所用。他一方面倚重江北英杰张昭、周瑜、吕范、太史慈等，另一方面又启用张纮为正议校尉、朱治为吴郡太守、全柔为吴郡都尉，安抚笼络江东士族。虽然孙策临死前对孙杈说，举贤任能“我不如卿”，但实际上，孙吴政权的中坚人才，多数在孙策时代已经为孙家效命。
而对侍被自己打败的前任地方官员，孙策也多有安抚善待：
前会稽王朗被孙策俘虏后，孙策“以儒雅，诘让而不害。”（见《三国志·魏书·王朗传》）孙策还很想重用王朗，屡次派张昭等人招辟。但王朗不肯从命，孙策不仅不报复，反而将他“完璧归赵”送回许都曹操处。
豫章庆守华歆不战而降，孙策“以其长者，待以上宾之礼。”（见《三国志·魏书·华歆传》）
前吴郡太守许贡，最初也受到优待。《孙策传》对孙策死因有多种记载，其中最正统的记载是，由于孙策杀了许贡，被许贡的门客报复杀害。同时，《孙策传》又提到，许贡曾上疏朝廷，建议诏孙策入京为官。能够上疏中央和蓄养门客，说明这些前太守们有足够的人身自由，并受到优待。
前扬州牧刘繇被孙策击败流亡，后来病死在豫章，孙策征江夏回师路上，入敛刘繇棺柩，收养刘繇十四的儿子刘基，刘基后来则成为孙权的爱臣。当时王朗闻刘繇死，写信劝孙策对刘繇“德以报怨，收骨育孤”。非孙策，当时当世，又何人能“德以报怨”？
三、细说孙策所施刑诛
孙策究竟刑杀了多少人？有据可考的仅有：前吴郡太守许贡、吴郡名儒高岱、术士于吉、乌程聚众首领（邹他、钱铜等）。此外，还有前吴郡太守盛宪，孙策在世时已将其下狱，而真正诛杀其人的是孙权，所以不能完全算在孙策的头上。这数人中，唯高岱一人可称君子，也只有高岱的被诛称得上孙策的失误。现细述如下：
1、乌程聚众首领群
对于曾在乌程聚众、又做了孙策手下败将的的邹他、钱铜、王晟等人，孙策下手是最狠毒的，为的是斩草除根。除王晟因与孙坚有旧，又由吴太夫人求请，终得以活命外，其余人都诛族。相比起来，前面说过孙策对投降的江东故吏多怀善抚，尤其对王朗、华歆这样的有君子之称的名儒，绝不加害，为得是不失四海之心。而对乌程聚众首领们，孙策杀他们不会引起江北名士不满。这说明孙策最器重的还是以张昭、周瑜为首的江北名士，毕竟当时的政治与舆论的中心都在江北，孙策的志向也不限于江东一隅。而在江北名士们眼中，这些人本来是就是割据一方的山匪。孙策的老辣权谋，令人为之一噤！
2、术士于吉
《三国演义》将于吉神秘化，把孙策的死描写为于吉阴魂的报复。而考察历史，历代封建政权往往用宗教维护统治，而政权的反对者往往利用邪教、会道门兴事，所以邪教、会道门也往往成为封建政权镇压的对象。孙策杀于吉，反映了孙氏早期统治已经具备了封建政权的特性。于吉是否与黄巾有关，历史上无明确记载，但这种清理术士的行动，极可能是孙策向中央政府表明忠心的举动。
3、名儒高岱
高岱确实死得很冤——四方礼贤的孙策听说了高岱大名，特召来见，还事先温习《左传》，预备与高岱谈论痛快。而人有挑拨离间，先对孙策说，“高岱以将军但英武而已，无文学之才，若与论传而或云不知者，则某言符矣。”又对高岱说，“孙将军为人，恶胜己者，若每问，当言不知，乃合意耳。如皆辨义，此必危殆。”高岱信以为真，见了孙策，果然一问三不知。孙策惹火了，将高岱下狱。不想又引来名士们静坐示威，孙策更怒不可遏，最后结果了高岱。
在这个事件中，造谣兴事者是一步步将孙策的火气挑唆起来。孙策这边先复习功课了，那边马上就有人告诉高岱，说孙策反感别人在学问在上超过自己，足见这是个有密谋的事件。孙策毕竟年轻，稍不慎着了造谣者的道。而造谣者的目的，与其说是加害高岱，不如说是加害孙策。
4、许贡
从《三国志》记载上看，许贡不仅品行不佳，而且对孙策早有害意。许贡早先在吴郡太守盛宪手下任都尉，后来，为自己谋得太守一职，竟要拿自己原来的上司盛宪开刀。幸亏上文提到的高岱将盛宪藏匿在余杭大族许昭家中，盛宪才保住一条命。周昂被吴景、孙贲打败逃到吴郡，许贡却不明不白地杀了他。不仅如此，许贡身为太守，却一向与境内匪首严白虎关系不清不白。
孙策入袭吴郡，先派部将朱治打败许贡，许贡只得投奔严白虎。后来严白虎也为孙策打败，许贡与严白虎一起投奔余杭许昭。程普请孙策发兵攻打许昭，孙策却说：“许昭有义於旧君，有诚於故友，此丈夫之志也。”（裴松之在此处解释道：许昭有义於旧君，谓济盛宪也，事见后注。有诚於故友，则受严白虎也。《三国志·吴书·孙策传》）
孙策放弃用兵，改用招降的方法，不久许昭连带许贡、盛宪、严白虎不得已全部投降。许贡名为归附，却密谋推翻孙策，他悄悄上奏皇帝（实际上看奏章是曹操）说“孙策骁雄，与项籍相似，宜加贵宠，召还京邑。若被诏不得不还，若放於外必作世患。”（《三国志·吴书·孙策传》）奏章不慎落到孙策手里，于是孙策只得令人将许贡绞死。
许贡的计谋很阴险，名义上是让孙策入京做官，实际上，曹操早视孙策为眼中钉，只是一时无暇东顾而已。这上奏要是真曹操批准了，孙策不赴京就是叛逆，赴京则早晚为曹操所害。孙策这时杀许贡，纯属许贡的刀已经先架在自己脖子上了。 而盛宪被孙策系狱，史书虽无明言，但可以推测，盛宪也有筹划除掉孙策的作为。
四、重新评价孙策
由此可见，权势斗争的黑暗与残酷，确实孙策身上有所体现，但孙策施政绝非“滥杀无辜”，为人更非“轻佻”。上述四组人物，除高岱是有人阴谋陷暗造成的冤假错案，其他多属剿匪除暴，有利于江东的稳定和百姓的安居乐业。史实证明，孙策将四分五裂的江东统一集权，有利于江南经济的开发，也为当时的人们提供一难得的乱世避难之所，孙策在历史贡献远大于过失。
孙策以弱冠之龄，面对江东错综复杂的形势，恩威并施，深明大义。在施政的刚峻与和缓之间，得体而巧妙地把握着其中的“度”。正如晋代大文豪陆机所言，“诛叛柔服而江外厎定，饬法修师而威德翕赫。”孙策绝非仅仅是善战的骁将，而兼有开国政治家英明果断的素质，更堪称一代贤明人主。
《三国志》 等史书中孙策的评价，恰恰说明江东士族对孙氏政权的不服，形成的舆论影响波及了后世的史家。甚至很多史家据此下结论，说是孙策治吴多施镇压，而孙权为政较和缓，对江东大族以笼络为主。这种说法荒谬误人。其实，正是因为孙策恩威得度，才为孙权后来的统治垫定了良好的基础，也为孙权后来的统治清除了各种不安定因素！
而孙策遇刺身死，则留下千古话柄。因为古往今来但凡遇刺之人，必然有过失。但比照曹操、刘备，两人都是好几些险些丢了脑袋。要是两人各自早二十年得一立基之所，结果不知道会是什么？如果非给孙策强加一条过失的话，孙策唯一的过失就是太年轻了！