清顺治初年，远在江南抗清的张煌言写了一首名为《建夷宫词》的诗，里面有这样的诗句：“上寿觞为合卺樽，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”大意是：慈宁宫成了太后大婚的新房，礼部尚书制订了隆重的大婚典礼。典礼非常隆重，到慈宁宫敬酒祝贺的人非常之多，把门槛都给踩烂了。诗文所记，即是清初著名的历史谜案之一“太后下嫁”——皇太极遗孀孝庄太后“下嫁”给小叔子多尔衮。
当时南方的抗清势力还在与清军鏖战，如果说这首诗有可能是张苍水出于反清需要故意“炒作”的，那么顺治五年(1648年)十一月清廷自己发布的一份诏书，却似把诗的内容坐实了——诏书宣布，将多尔衮的称号由原来的“皇叔父摄政王”进封为“皇父摄政王”。这一称号的变化颇耐人寻味。虽然之前多尔衮的称号也变过，由“叔父摄政王”改为“皇叔父摄政王”，但由“皇叔父”到“皇父”，性质就完全不同了：多尔衮是顺治帝的叔父，称“皇叔父”很正常，而“皇父”呢?——如果不是父亲，如何能称“皇父”?除非多尔衮已经成了顺治帝的“父亲”(继父)，也就是说，顺治帝的生母孝庄太后“下嫁”给了多尔衮。
关于“太后下嫁”之说还有一些旁证。比如顺治帝在多尔衮死后不久就开始大规模的“报复行动”，包括追责其罪，削其爵号，撤其庙享，黜其宗室，籍其财产，没其府第，毁其陵墓，在列举的多尔衮几大罪状中，就有“亲到皇宫内院”一条。多尔衮“亲到皇宫内院”，虽未必确指他已与太后成婚，但很容易让人猜测，二人之间或有暧昧关系或同居关系。而顺治帝的报复行动本身也透露出一些信息——多尔衮对福临既有“拥立”之功，又是清军入关的第一功臣，假如没有类似“哈姆雷特式”的仇恨，为什么要报复得如此决绝呢?
此外，还有一个疑似证据——孝庄太后死后并没有回到关外与丈夫皇太极合葬，反而葬在了河北遵化清东陵的风水墙外。传说这是因为孝庄太后觉得自己下嫁给多尔衮，无颜到地下去见皇太极，所以才遗命不与皇太极合葬，而“罚”自己为子孙后代看守“东陵”。诸多说法和“证据”，使得“太后下嫁”成了清史上著名的谜案之一。那么，事实果真如此吗?