众所周知，汉武帝是中华历史上一位雄才大略的皇帝。但是在位后期穷兵黩武，又造成了巫蛊之祸，因此留下负面影响。
汉武帝一生沉迷女色，后宫有多位佳人先后失宠，为重新获得帝王的恩宠，后宫诸位多邀请女巫入宫，试图以巫术达到目标，同时对其所嫉妒者便施以巫蛊之术，一时间后宫迷乱，时有发生因后宫的巫蛊之事而牵连朝中大臣的事件。同时夹杂着宫廷斗争与太子皇后继承权，于是皇太子刘据就成了牺牲品。
江充构陷太子起兵
汉武帝产生疑心以后，有一次，在白天小睡，梦见有好几千木头人手持棍棒想要袭击他，霍然惊醒，从此感到身体不舒服，精神恍惚，记忆力大减。江充自以为与太子刘据、卫皇后有嫌隙，见汉武帝年纪已老，害怕汉武帝去世后被刘据诛杀，便定下奸谋，说汉武帝的病是因为有巫术蛊作祟造成的。于是汉武帝派江充为使者，负责查出巫蛊案。
江充率领胡人巫师到各处掘地寻找木头人，并逮捕了那些用巫术害人，夜间守祷祝及自称能见到鬼魂的人，又命人事先在一些地方洒上血污，然后对被捕之人进行审讯，将那些染上血污的地方指为他们以邪术害人之处，并施以铁钳烧灼之刑，强迫他们认罪。于是百姓们相互诬指对方用巫蛊害人;官吏则每每参劾别人为大逆不道。从京师长安、三辅地区到各郡、国，因此而死的先后共有数万人。
江充先从后宫中汉武帝已很少理会的妃嫔的房间着手，然后依次搜寻，一直搜到皇后宫和太子宫中，各处的地面都被纵横翻起，以致太子和皇后连放床的地方都没有了。江充扬言：“在太子宫中找出的木头人最多，还有写在丝帛上的文字，内容大逆不道，应当奏闻陛下。”刘据非常害怕，问少傅石德应当怎么办。石德害怕因为自己是太子的老师而受牵连被杀，便让刘据假传圣旨，将江充等人逮捕下狱，彻底追究其奸谋。刘据本打算亲自前往甘泉宫，但江充却抓住刘据之事逼迫甚急，刘据想不出别的办法，于是按着石德的计策行事。刘据亲自监杀江充，又将江充手下的胡人巫师烧死在上林苑中。
长安大乱武帝震怒
刘据派侍从门客无且携带符节乘夜进入未央宫长秋门，通过长御女官倚华将一切报告卫皇后，然后调发皇家马的马车运载射手，打开武器库拿出武器，又调发长乐宫的卫卒。长安城中一片混乱，纷纷传言：“太子造反”。苏文得以逃出长安，来到甘泉宫，向汉武帝报告说太子很不像话。汉武帝大怒，于是给丞相颁赐印有玺印的诏书，命令他捕杀太子等叛逆者。
刘据带人将长安四市的市民约数万人强行武装起来，到长乐宫西门外，正遇到丞相刘屈氂率领的军队，双方会战五天，死亡数万人，鲜血像水一样留入街边的水沟。民间都说“太子谋反”，所以人们不依附太子，而丞相一边的兵力却不断加强。后来，刘据兵败，南逃到长安城覆盎门。司直田仁正率兵把守城门，因觉得刘据与汉武帝是父子关系，不愿逼迫太急，所以使刘据得以逃出城外。汉武帝听说后大发雷霆，将暴胜之逮捕治罪，暴胜之惶恐不安，自杀而死。汉武帝下诏派宗正刘长、执金吾刘敢携带皇帝下达的谕旨收回皇后的印玺和绶带，卫皇后自杀。
太子自杀皇帝醒悟
汉武帝愤怒异常，群臣感到忧虑和恐惧，不知如何是好。壶关三老令孤茂上书汉武帝，晓之以理，动之以情。果真奏章递上去，汉武帝见到后受到感动而醒悟，但还没有公开颁布赦免。刘据隐藏在泉鸠里，有一位以前相识的人住在湖县，听说很富有，刘据派人去叫他，于是消息泄露。八月辛亥，地方官围捕刘据。刘据自己估计难以逃脱，便回到屋中，紧闭房门，自缢而死。
征和三年，官吏和百姓以巫蛊害人罪相互告发的，经过调查发现多为有不实。此时汉武帝也颇知太子刘据是因被江充逼迫，惶恐不安，才起兵诛杀江充，并无他意。汉武帝怜惜刘据无辜遭害，便特修一座思子宫，又在湖县建了一座归来望思之台，天下人听说这件事后，都很悲伤。
水落石出国本动摇
事情水落石出后，汉武帝追悔莫及，便转手报复当初参与谋害刘据的人，丞相刘屈氂等相关人物被以各种理由被杀或自杀，被诛杀牵连甚广，皇亲国戚以及显要官员，震荡当时西汉政权的高层几乎每一个人物，国本动摇。征和三年，内侍郭穰密告丞相刘屈氂夫人诅咒汉武帝，并与贰师将军李广利共祷祠，欲令昌邑王为帝。后刘屈氂被腰斩于东市，其妻则是枭首华阳街，李广利妻子被捕。李广利当时正在前线打仗，得知消息后仓促出击匈奴，兵败后投降，后来在卫律的运作下被杀。汉武帝死后，幼子刘弗陵登基，是为汉昭帝。汉昭帝早逝无子，霍光等人于是立汉武帝之孙刘贺，刘贺登基不久因为品行恶劣又被霍光废掉。然后，霍光立了戾太子刘据唯一幸存的孙子刘病已为帝，汉朝帝位回到刘据的后裔手上。
大量上层人物被杀，国本动摇，有学者认为巫蛊之祸实为西汉由盛转衰的转折点。巫蛊之乱发生与国都，前后将近四十万人收到牵连，一时人人自危，统治者的权威和信任大大受到挑战。戾太子刘据的自杀让汉武帝多年培养的接班人计划落空，刘氏接班人大量受牵连，朝中大臣也多受诛连，导致后来的霍光专权。巫蛊之祸后不久，汉武帝下达轮台罪己诏，开始反思挑战其执政策略，减少军事行动而将注意力更多转向“富民”。