兴平元年，公元194年，汉献帝13岁，此前因董卓之乱、李傕郭汜之乱，已经颠沛流离几年。李傕郭汜打败了王允吕布，掌握朝政。
李傕郭汜占领长安时，关中三辅地区尚有百姓数十万户，李傕等人纵兵抢劫，百姓困苦不堪，相互残杀，人口大量减员，长安城内盗贼猖獗。在治安上，李傕、郭汜、樊稠各管三分之一，根本不可能管好，他们的部下、子弟横行长安，无恶不作。这一年，长安四个月没下一滴雨，粮价飞涨，长安城出现人吃人的惨剧。
汉献帝年仅十三岁，他一方面在大殿求雨，一方面命人重新审理囚犯，还赦免了部分罪责较轻的囚犯。汉献帝命侍御史侯汶拿出太仓的米豆给百姓熬粥，几天过去以后，饿死的人仍然不计其数。汉献帝怀疑官员们作弊可口克扣，命侍中刘艾取米、豆各五升在御座前实验，熬得三满盆，于是，汉献帝派刘艾责问说：“五升米豆就熬得三盆，可百姓们仍然饥饿，这是为何?”尚书令以下官员全都前来认错，并建议将侯汶交由廷尉治罪。汉献帝不忍对侯汶依法惩处，只打五十大棍算了。此后，很多百姓因此得以存活。
在李傕手上，年轻的汉献帝进行了一些抗争，但作用很小。迁都长安时，宫女们衣服都很少，汉献帝想用朝廷仓库里的布帛给宫女们做衣服，李傕拒绝道：“宫中有衣服，何必再做?”
汉献帝下诏将一百多匹宫廷马匹卖掉，再拿出宫廷仓库里价值相当的布帛，相当于汉献帝把自己的马卖给国家，来换等值的布匹，再由汉献帝赏给文武百官以及百姓们，李傕却说：“我的军官们布匹也不够用。”就强行把两万多匹布帛拉到自己的军营。当时的贾诩可能已经心向朝廷，对李傕说：“皇上的决定，不可违抗。”但李傕不听。
可以说，在李傕手上那段时间，是汉献帝最为困苦的时期，受了无数的委屈苦难。但是，他小小年纪表现出的聪明、善良、顽强，又让心向大汉的人们没有丧失希望。