明太祖朱元璋有二十六个儿子，他因自己出身卑微，当上皇帝后，生怕那些开国元勋“尾大不掉”，将长子立为太子，九子、二十六子早死，其余二十三个儿子都封王建藩。燕王朱棣、晋王朱?、宁王朱权等率兵驻守北方，抵御蒙古;周王朱、齐王朱榑等驻于内地各省，监督地方官吏。朱元璋规定，如遇奸臣专权，藩王可以声讨奸臣，甚至可以发兵“清君侧”。他的本意是企图用皇室亲戚来维护皇权，殊不知事与愿违。
皇位理应由朱允炆的父亲朱标继承，朱标作为长子，早就被立为太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡长子继承的原则，把长孙朱允炆立为皇储。
洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝，长孙朱允炆即位。出生于洪武十年(1377年)的朱允炆，此时已是一个英姿勃发的青年了，书生气十足而又温文尔雅，却缺少祖父与叔父们雄才大略的草莽习气。他在位仅仅四年，就被叔父——燕王朱棣赶下台，祸根是他的祖父朱元璋种下的。
朱元璋给儿子们封王建藩，并授予他们“清君侧”特权的做法，同样出身卑微的刘邦也采用过。刘邦建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。出乎意料的是，那些同姓诸侯王野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错的“削藩”主张，引来了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。
历史常有惊人的相似之处。建文帝即位后，那些分封于边疆及内地的藩王们，根本不把这个年轻的侄皇帝放在眼里，他们个个拥兵自重。建文帝时时感受到有着皇叔身份的藩王们的威胁，不得不与亲信大臣齐泰、黄子澄、方孝孺商量削夺藩王的权力。藩王们当然不会坐以待毙，势力最大的燕王朱棣率先发难，其借口就是援引“祖训”：如遇奸臣擅权，藩王可以发兵声讨，以“清君侧”。
于是，建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵，发动了“靖难之役”，借口是“清君侧”，其实是以声讨齐泰、黄子澄为名，矛头直指建文帝。建文四年，燕王朱棣攻下当时的首都南京，建文帝下落不明，一说焚死，一说逃亡，究竟如何，众说纷纭，这就是建文帝生死之谜的由来。
燕王朱棣为了夺取帝位，必须宣称建文帝已经死亡，否则他就不可能称帝。他在装模作样地多次拒绝大臣们的“劝进”之后，终于登上了梦寐以求的皇帝宝座。这样的做法未免有篡位的嫌疑，要摆脱嫌疑，首先必须否定建文帝的合法性。因此他既不给建文帝应有的谥号，也不承认建文的年号，把建文四年改称洪武三十五年，表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝的帝位。就这样，他成为明朝的第三代皇帝——明成祖，第二年(1403年)改元为永乐元年。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，禁止关于这一事件的一切记叙。光有掩盖还不够，必须篡改历史。于是，这场政变被描绘成这样：建文四年六月，“靖难”的军队打到南京金川门，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶!’遂阖宫*”。
史家的春秋笔法已经显露无遗，对朱允炆既不称惠帝，也不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人;因为无脸见人，才畏罪自杀。燕王朱棣则显得高风亮节，捐弃前嫌，立即派遣太监前往救援，无奈来不及，太监把“建文君”的尸体从火中找出，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆?我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，而走上绝路!这分明是史官的粉饰之言。
假如建文帝不“自焚”，也必死无疑。事实上朱棣上台后，对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度可与乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案相媲美。
明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇《建文年谱序》，这样写道：他在史局(国史馆)工作三十余年，博览群书，唯独对于“建文逊国”(官方对于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径)一事，搞不清楚，而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异辞，三是伪史杂出。因此他称赞赵士喆所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再现真相，感人至深，“读未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，始终有人在探求建文帝的生死之谜。