提及沈万三，在不同的史书和文学作品中，都有记载。可谓是大名鼎鼎，影响巨大。《金瓶梅》中的主要角色之一潘金莲，不止一次说过：“南京沈万三，北京枯柳树，人的名儿，树的影儿”，可见沈万三的大名在明代市井中的普及程度;江浙闽皖等地，至今也还有将巨富们喻为“沈万三”的习俗。
《明史》里也有好几处提到沈万三，其中一处在大脚马皇后的传记里，白纸黑字写得明白：吴兴的富民沈秀，也就是沈万三，帮朱元璋修筑了三分之一的南京城，又请求出资犒劳军队。朱元璋发怒说：“匹夫敢犒劳天子的军队，绝对的乱民，该杀。”马皇后进谏说：“你老婆我听说法律这个东西，是用来诛杀不法之徒的，但不是用来诛杀不祥之人。老百姓富可敌国，是老百姓自己不祥，不祥之民，苍天必然会降灾祸给他，陛下又何必再杀他。”朱元璋听了有些解气，饶过沈万三没杀，把他流放到云南去了。从这些记载里，我们似乎可以看到巨富沈万三就是明朝人。但有人曾专门撰文指出，“不过很可惜，传说当不得真，正史说的，也并不见得就一定正确。《明史》为清人编撰，出于政治目的抹黑明朝的文字随处可见，但史实告诉我们：沈万三其实是个地地道道的元朝人，生于元朝，死于元朝。”
这到底是怎么回事呢?该作者提出的佐证史料是乾隆年间编纂的《吴江县志》。据该书记载，“张士诚据吴时万三已死，二子茂、旺秘从海道运米至燕京”。编纂者的史料来源是明代人莫旦撰写的《吴江志》。莫家和沈家是儿女亲家，莫旦说的话，《吴江县志》的编纂者自然不敢怠慢，但钦定的正史已经出版发行，他们也不敢推翻，所以只好在后面加上一段注释：莫旦说张士诚占领吴会的时候沈万三早已经死了，但《明史》里又说沈万三帮高皇帝(朱元璋)修南京城，请求犒劳军队，被高皇帝抄家流放，谁对谁错，我们也搞不清楚。张士诚的军队占领吴会的时间是元朝至正十六年(1356年)，朱元璋1368年才建立明朝。这就等于是说：按照莫旦的说法，朱元璋登基做皇帝的时候，沈万三至少已经死了12个年头，死人既不会从坟墓里爬出来替他修城墙，也不必再担心被他抄家流放。对于这段评论，笔者还是以为比较具有可信度的。理由是，据史料记载，沈万三至少有三个儿子，除了《吴江县志》提到的“二子茂、旺”之外，还有一个儿子叫作沈荣，沈荣又有个儿子叫沈森。
元末明初人王行为沈荣父子撰写过墓志铭，其中明确提到：沈荣死于明朝洪武九年(1376年)秋八月，享年71;沈森与父亲死于同年，享年48。推算下来，可以知道：朱元璋1368年建立明朝的时候，沈万三的儿子沈荣已经62岁，孙子沈森已经39岁，那么沈万三的年龄应当是在80岁上下。我们知道，朱元璋直到洪武十四年(1381年)才正式对云南用兵，次年平定该地，云南正式纳入朱元璋的版图。倘若沈万三此时还活着，而且就在明军平定云南的同年就被充军流放到那里，其年龄至少也已经在100岁上下，这是不可能的奇谈怪论，要知道，在一个以孝为基础、以忠为目的的封建社会，尊老是它最基本的意识形态，假如认为会流放百岁老人，不仅不符情理，也无法令人信服。
另外，我们从沈荣的墓志铭里还可以看到这样的记载：“初，荣父(即沈荣)之先君子(即沈万三)游于故侍讲袁文清之门……”，沈荣洪武九年的时候去世，墓志在提到沈万三时，使用了“先君子”这个称呼，这已足以证明沈万三在洪武九年时早已去世。墓志铭里还提到，沈荣在主持家族事务期间，曾建积善堂用来“承夫先志”，也就是继承先人的遗志，同时以资纪念。“先志”，无疑也意味着沈万三已经去世。沈家积善堂建于元代末年，这就等于说，沈万三在沈荣建造积善堂之前，也就是元末的时候早已去世。从以上分析，我们不难推断出，鉴于沈万三的一个儿子沈荣生于1306年，沈万三大致出生于1286年前后;依据莫旦的记载，和沈荣的墓志铭，可以认定沈万三死于元朝灭亡之前。
一些史料介绍，沈万三是在洪武初年被收杀，家产籍没。还有些史料说是他因“洪武末年坐蓝党籍没家产，父子兄弟俱坐极刑而死。”时间不一，很是矛盾。而据弘治年间莫旦所修《吴江志》与嘉靖四十年徐师曾修《吴江县志》记载，沈家当时以妻族被划为正犯受极刑的人中，列第一名的沈旺是沈万三的儿子，列第二名的沈德全已是沈万三的曾孙，而独无万三之名。试想沈万三如当时尚在人世，这个名单中是不会没有他的。这也反证了沈万三在当时已经作古。透过这些分析的结果，显然是在告诉我们，历来被认为----生是元朝人，死是元朝鬼，传说中被朱元璋流放云南的沈万三，并没做过一天朱元璋的子民，若说沈万三被朱元璋流放就更加不可能了。