陕西农民起义正蓬勃兴起的时候，洪承畴来到陕西做官。万历以来，陕西、山西一带灾荒连年，百姓生活处于水深火热之中。史书记述当时秦晋灾情，就有民“食土”的现象。到崇祯初年，由于连年干旱无雨，百姓无以为食，只好争食山间蓬草籽。十月以后，草籽食完，只好剥树皮吃。至年终，树皮也都食光了。不得已只好掘山里一种叫青叶石的东西吃。人吃石头，自然不能消化，不几天就会腹胀而死。有些父母顾不了子女，只好将婴儿丢弃，希望有人去收养。可是，在那种年月，谁又能去收养孩子呢?据记载，在安塞城西的粪场上，每天都有几个小孩在号叫、涕泣，在吃粪。陕北一带还出现了人食人的现象，煮人肉以为食，焚人骨以为薪。面对这种情况，有点血气的农民，自然想到与其坐而等死，不如结伙为“盗”。农民没有办法继续生活下去，只好铤而走险，至少还有一线生机。
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陕西农民起义，一说起于万历末年，一说起于天启七年(1627)。最初是一些被派到辽宁作战的陕西兵丁，在明军溃败之后逃回陕西，于延绥(今陕西榆林)聚众落草。不过，当时朝廷并没有注意，仍然集中力量用兵辽东。可是，陕西的农民起义并不仅在延绥，而是许多州县都有，从几十人到几百人，甚至几千人。有的起义之后，就由陕入川。直接酿成陕西农民大起义的，是天启年间澄城县农民王二的发难。据文秉在《烈皇小识》中记载：
天启丁卯，陕西大旱，澄城知县张斗耀催科甚酷，民不堪其毒。有王二者，阴纠数百人聚集山上，皆以墨涂面。王二高喝曰：“谁敢杀张知县?”众齐声应曰：“我敢杀!”如是者三，遂闯入城。守门者不敢御，直入县杀斗耀。众遂团聚山中。
于是一呼百应，这场本来规模不大的农民起义，像在干枯的草原上燃起一把烈火，很快形成燎原之势。继澄城王二起义之后，有府谷县王嘉胤率杨六、不沾泥聚众起义;清涧县王左挂(即王子顺)，率部于宜川起事;安塞人高迎祥率众起义。此外，还有汉南人王大梁、清涧县书生点灯子、延西的神一元等相继起义。陕西大部分地区的农民都举起义旗。至于起义的直接原因，自是赋税苛重，加上旱灾严重。农民经受不住残酷的盘剥，官逼民反。那时的陕西巡按御史李应期上书说：
慨自边疆多事，征兵征饷，闾阎十室九空。更遇连年凶荒，灾以继灾，至今岁而酷烈异常也。臣自凤汉兴安巡历延庆、平凉以抵西安，但见五月不雨，以致于秋，三伏亢旱，禾苗尽枯，赤野青草断烟，百姓流离，络绎载道。每一经过处所，灾民数百成群，拥道告赈。近且延安之宜、洛等处，西安之韩城等属，报有结连回罗，张旗鸣金，动以百计。白昼
掠，弱肉强食。盖饥迫无聊，铤而走险。与其忍饿待毙，不若抢掠苟活之为愈也。
这种现象在陕西全省，甚至全国普遍存在，各州各县都是一触即发，几个月间，仅陕西一省就有洛川、淳化、三水、略阳、耀州、宜君、韩城，以及石泉、绥德、潼关、阳平关、金锁关等州县，爆发了农民起义。与此同时，又有延安人张献忠纠众起义，号称八大王;米脂人李自成也于此时率部起义，号称为闯将。对明王朝来说，那时在陕西，农民起义已酿成不可收拾的局面。
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最初，陕西地方官不愿正视农民起义的事实。在西安的陕西巡抚胡廷宴，一听到州县来报告农民为盗抢劫，就将来报告的人痛斥一顿，说这些农民本是饥民，明春有吃的自会平息的。后来朝廷下令“查覈匿盗”，各层官吏互相推诿，不愿负责任。据史书记载：
先是二月，兵部以陕西巡抚胡廷宴题全陕大饥，军民盗劫。奉旨查覈匿盗，巡按御史吴焕言秦寇惨掠，古所罕有。陕抚胡廷宴，狃于积弛，束手无措，则举而委之边兵。至延绥巡抚岳和声，讳言边兵为盗，又委之内地。总之，两抚欺世酿患。致奸民悍卒相煽不已，而泾阳、三原、富平、耀、郇、三水、淳化、蒲城、白水、韩城、朝邑等处，皆被盗矣。盗发于白水之七月，则边贼少而土贼多。今年报盗皆骑锐，动至七八千人，则两抚之推诿隐讳，实酿之也。
这段材料说明，明朝地方官对农民起义风起云涌的形势，认识不足，更束手无策，只能互推责任。史书指责由于这些地方官互相推诿，以致酿成大祸。其实并不尽然，当时对待农民起义的办法，无非剿抚两手。从当时农民起义形势来看，无论剿或抚，都无法平息农民起义的接踵而起。
崇祯二年(1629)，明朝任命都察院左副都御史兼兵部右侍郎杨鹤，总督三边军务，全权处理陕西的农民起义。杨鹤一开始见起义农民四处皆是，压不胜压，此伏彼起，官军进剿，收效甚微。同时，他听陕西地方当局报告，农民皆因饥荒而起。他从官方形势来考虑，知道那时明军战斗力极差，剿灭起义军也非易事，而且要调动大量军队，耗费许多军费。他又从农民起义者一方来看，农民起义于各州各县，甚至各乡各村都有，各股武装分散活动，并没有统一的严格组织;他们聚义造反，初起时也没有什么明确目标。官方若用招抚政策，农民对立情绪缓和，比较容易解决问题。所以，主抚也有一定道理。衡量利弊，他决定采取以招抚为主，以剿为辅的政策，得到相当一部分朝臣和地方官的支持。崇祯帝也一度认可。当然，也有一部分朝臣和地方官不同意这种政策。
那时候，陕西由于连年饥荒，农民军起义之后，很难在当地解决粮食问题，像王嘉胤、罗汝才、张献忠、李自成等部在起义之后，就纷纷进入山西。留在陕西势力最大的是神一魁，一度拥众达六七万人，包围了庆阳府城。杨鹤派人对他们招抚，神一魁大约也看到前途艰辛，就答应接受招抚。神一魁被授予守备职务，部众被遣散回乡。为配合招抚，明廷拨十万银两到陕西放赈。不少著名的农民军头目，如点灯子、满天星、上天龙、独行狼、王老虎等都先后就抚。一时陕西形成抚局。然而，明朝的措施并没有解决多少问题，被遣散的起义军战士，实际上得不到多少安家费，生活仍然无着，照样分散剽掠。地主、富户依然受到威胁，为此，他们大多并不赞成“招抚”。加之陕西全省饥荒，起义农民到处都是，发放的赈济款却很有限。不能解决广大农民的生计，农民照旧还得造反。所以，当时许多地区都出现“旋抚旋叛”的局面。大部分地区农民军都是官兵来了，就接受招抚;官兵一走，照样抢掠。农民起义的头目抚而复叛，加之主剿派的杀降，农民军甘心受抚的越来越少。事实证明，杨鹤的“招抚”并不成功。
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崇祯四年(1631)，朱由检看到杨鹤主抚并无实效，遂一改以前的态度，转为主剿，下令革了杨鹤的职，诏令中说：
杨鹤总制全陕，何等事权，乃听流寇披猖，不行扑灭，涂炭生灵，大负委任。著革了职，锦衣卫差的当官旗，扭解来京究问。
杨鹤的被革职，标志着主抚派的破产。而这时候，另一种主张，即洪承畴的主剿已经在部分地区同时进行了。
主剿派的胜利和晋升三边总督
崇祯三年(1630)正月，明朝任洪承畴以都御史巡抚延绥(今陕西榆林)，于是他立即部署兵力，对起义军进行镇压。是年六月，府谷县农民军在王嘉胤的率领下，攻陷黄甫川等要塞，又陷府谷县城。而后他们假称要投降，主动退出县城。当官军来“收复”县城时，他们回戈一击，重又占领县城。洪承畴和总兵杜文焕率部从孤山进剿，一次击杀农民军四百余人。与此同时，明朝山西部队，也剿杀这支农民军达三百余人。王嘉胤被迫转入山谷。
那时，杨鹤尚在职，他虽然主抚，但在局部地区，明军也在发兵进剿农民军。杨鹤的招抚成效不大，早已引起主剿派的不满。他们把农民军形成的燎原之势，归罪于主抚派。而洪承畴和总兵杜文焕等，利用农民军起义初期，缺乏作战经验、各自为战、兵力分散的弱点，采取分割包围，各个击破的办法，剿杀农民军，的确见了成效。各地农民军遭到重大挫折。因此，尽管总督杨鹤主抚，而主剿派并不听其制，照样残酷镇压农民起义军。
在洪承畴的历史上，杀王左挂是个重要事件。王左挂是陕西清涧县人，为陕西最早的起义将领之一。他于崇祯元年(1628)，聚众万余人起兵宜川。后来转战于真宁、三水、耀州等地，曾被洪承畴围于云阳，后乘雷雨逃出。此后又在怀宁河(今槐里河)再败，遂于崇祯三年(1630)春，以一百二十人向总兵杜文焕请降，杜文焕受之。李自成当时就在王左挂部下，他和一些头目对王左挂受降不满，就率众自谋出路。王左挂受降以后，并没有真心事明，暗中谋划再起。洪承畴本是主剿派，对招抚并不热心，看到王左挂三心二意，准备谋叛，就在同年八月同陕西巡按李应期、总兵杜文焕设计，将王左挂等九十八人全部杀害。这是洪承畴杀降的一大例证。洪承畴的杀降，不只这一次。崇祯四年(1631)四月，洪承畴命守备贺人龙，慰劳投降的农民军，设酒宴款待，农民军个个喝得醉醺醺的。乘他们入谢告辞时，事先安排的伏兵四起，一次就斩杀了三百二十人。
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洪承畴和他手下的将领，不择手段地消灭农民军。崇祯四年五月，王嘉胤的队伍进至山西东南的沁水、阳城一带。洪承畴派他手下的悍将曹文诏率部追击。然而，王嘉胤的力量相当大，安塞人高迎祥、延安人张献忠等，都是他的部下，听他号令和调遣。那时在洪承畴手下任延绥副总兵的曹文诏，不能战胜王嘉胤，就采取阴谋手段。曹文诏听说部下士卒张立位的姐姐被王嘉胤强娶为妻，就让张立位去诈降。王嘉胤信以为真，把他当成亲信。六月的一天，张立位同姐姐以及王嘉胤的部将串通一气，乘王嘉胤醉后熟睡时，将他刺死。曹文诏乘机出兵围攻，里应外合，起义军大乱，损失惨重。
洪承畴派出官军追剿陕西、山西的农民军，配合山西明军一起夹剿。崇祯四年(1631)七月，农民起义将领点灯子赵胜，在洪承畴的打击下，于陕西立足不稳，转战至山西。洪承畴和部将曹文诏等亲自追过黄河。九月，点灯子在晋西石楼县遭到明军夜袭，被砍杀。
镇压农民军接连取得一定成效之后，洪承畴得到崇祯帝的赞扬。崇祯帝得知他杀降农民军首领王左挂时，就得意地说：
贼势獗甚，招抚为非，杀之良是。
接着，崇祯四年九月，洪承畴升任陕西三边总督，代替杨鹤的职位，由他主持镇压陕西农民军的事宜。