民国初年，云波诡谲，过客匆匆，开国大都督与两任大总统黎元洪，占据了重要一页。可是，长期以来，黎氏却盖棺难定论，评价两极。这里仅就黎元洪任命蔡元培为北大校长的台前幕后，说一说这位人们印象中的“武人”对教育、对文人的态度。
外国记者笔下的“儒将”
史书论及黎元洪，大多将其划归武人一类。从近年来发现的大量中外原始资料看，黎氏是一个徒有武人外形的文人雅士。他学贯中西、手不释卷，他的书法作品，尤其是他重用文人与尊师重教，令人称道。
1920年，他捐资3万银元创办了湖北黄陂第一所中学——私立前川中学。接着，他出资10万元拟建江汉大学，并准备让哥伦比亚大学毕业的长女主持。只因时局动荡未果，后改建武汉大学宋卿体育馆。他还不拘一格地让入伍的秀才因材得职，并推动选拔人才走出国门，使当时湖北的留学人数约占全国总数的四分之一。
黎任清廷湖北新军旅长(协统)时，时军中正在教唱张之洞填词的军歌，颂扬清朝“仁政”。投笔从戎的知识青年潘康时，竟将歌词中的“大清深仁厚泽十余朝，列圣相承无异舜与尧”，修改为“大清篡窃已历十余朝，列代相承无异金与辽”。这在当时可是杀头的大罪，可是被告发到了黎大人那里，居然逢凶化吉：不仅未给他加罪，反而认为人才难得，调到身边当文书。后逐步提拔为排长和连长。接下来，潘成为辛亥革命中湖北队官(连长)革命第一人。
德、法军事观察家来汉考察，黎以一口流利的英语与之交流，洋人在张之洞面前称赞黎为“知兵之将”。英国记者埃德温·丁格尔采访他后写道：“黎元洪将军具有中国人特有的儒雅，用英语跟我谈话……他具有深邃的洞察力，这是一般军人所无法企及的。”(《CHINAS REVOLUTION ：1911-1912》，中译为《中国革命记：1911-1912》，1912年英文伦敦版)
黎元洪乐当北大伯乐
蔡元培是武昌首义后才听说黎元洪的名字。他们两人的名字联在一起，是在武昌首义阳夏之战结束、南北停战议和开始之时。此间，南方民军的首脑机关，出现了中央军政府设鄂、临时议会设沪的“双包案”。据《蔡元培日记》披露，1911年11月28日，蔡元培应陈其美之邀，从德国返回上海。12月2日南京光复后，同盟会与各省在沪代表蕴酿推举大元帅，负责筹组临时政府。
返国几日，党人告诉蔡元培，黎乃被迫起义，又正在与北洋军妥协，认为黎当大元帅不妥。于是，蔡在开会前一天找到立宪派大佬、浙江军政府都督汤寿潜，建议推举黄兴为大元帅，在场的章太炎也表赞同。次日，蔡元培提名黄兴后，各省代表一致通过，于是大元帅一职顺利定下。正在这时，章太炎站起来，垂泣而立称，黎元洪是首难的人物，不可辜负他，应举黎为副元帅。即获通过。
当时，身在武昌前线的中央军政府大都督黎元洪得知后，立即通电反对。因为早在阳夏之战设坛拜将时，就已经向世人宣示：黎是刘邦，黄是项羽。现在岂能本末倒置。后来虽然改任黎为大元帅，黄副之，但黄兴已经掌握了组阁权，武昌集团被排斥在外。此时黎氏的失落心情，可想而知。
不过，黎就任大总统后，表现得很大度，他打破党同伐异的用人陈规，拟任蔡元培为浙江省长(未果)，意在组成“全民政府”。
1916年7月12日，黎元洪将教育总长孙洪伊改任内务总长，由范源廉长教育部。这时，社会名流纷纷呼吁整顿北京大学。黎首先想到的蔡元培任教育总长期间，主持制定了中国第一个西方化的新学制(史称“壬子癸丑学制”)，以及将京师大学堂改为北京大学的惊世之举。觉得蔡氏堪当大任。
这年9月的一天，范向黎报告：北京大学校长胡仁源做不下去了，汤尔和与马叙伦建议将蔡元培请回来掌管。黎顿时眉开眼笑地说：“很好，正合吾意。”于是，先由范源廉致电蔡：
“国事渐平，教育宜急。现以首都最高学府，万顿大贤主宰，师表群俭。海内人士，咸深景仰。用特专电敦请我公担任北京大学校长一席，务祈鉴允，早日归国，以慰瞻望。”(高平叔：《蔡元培年谱》，中华书局，1980年版第29页)
而后，黎沿用蔡元培当年改革北京大学的任命程序：由黎大总统签署“中华民国五年十二月二十六日简字第七百九十二号”命令：“任命蔡元培为北京大学校长”。并经国务总理段祺瑞与教育总长范源廉附署生效。
蔡元培应召回国，经沪抵京。他在《我在北京大学的经历》中回忆说：
“初到上海，友人中劝不必就职的颇多，说北大太腐败，进去了，若不能整顿，反于自己的声名有碍，这当然是出于爱我的意思。但也有少数的说，既然知道他腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心;这也是爱人以德的说法。我到底服从后说，进北京。”(《东方杂志》第31卷第1号，1934年1月1日)
蔡元培走马上任后，面对教育经费困难，黎氏首先从自己做起，不惜压缩总统府预算，自减薪水，即由袁世凯规定的191.5万元/年，减为57.465万元/年。挤出资金扶植教育。
黎与蔡讨论女子应该参政问题时，黎说，有人以妇女程度不够为由反对。蔡反驳道：只问妇女参政该不该，不能问她们程度够不够，纵然不够，也可用教育补足不能剥夺其权利(姚全兴：《蔡元培的男女平等思想》见《历史知识》1981年第4期)。得到黎氏点头后，北大开始招收女旁听生。
在黎的大力支持下，以及陈独秀等的襄助下，蔡对北大进行了大刀阔斧的改革，谱写了北大的现代传奇。
蔡元培欢迎黎复位
蔡元培就任北大校长半年后，因发生张勋复辟，黎元洪下野，蔡也宣布辞职。不过，在复辟闹剧流产后，蔡于当月重返北大。
时隔五年后的1922年夏，举国上下响起了一片要求徐世昌下野，欢迎黎黄陂出山的声浪。
这年5月13日，由知名学者胡适起草，经蔡元培、李大钊、王宠惠、罗文干、汤尔和等16人联合签署的题为《我们的政治主张》的提议，在胡适主编的《努力》周刊第二期上发表。提出了政治改革的基本要求：
“第一、我们要求一个‘宪政的政府’;第二、我们要求一个‘公开的政府’;第三、我们要求一种‘有计划的政治’。”
黎氏鉴于第一次当国的前车之鉴，正式发出通电，提出了“裁兵废督”的主张，声称各省督军“先行解职”之时就是他复位之日。
黎电发出后，就连控制局势的直系军阀头目曹锟与吴佩孚，也表示臣服。各地军阀亦纷纷效尤。
时任北京大学校长的蔡元培获悉后，觉得该是“好人政府”法统重光的时候了。当胡适建议他不要发电催促黎元洪莅京时，蔡仍坚持己见，表示“西南方反对旧国会，揭一黎以与孙对待而开议和，似亦未为不可”。于是，他于6月8日联袂王家驹、李建勋、毛邦伟等10人，代表教育界发表通电，欢迎黎氏北上。电文云:
天津黎大总统钧鉴：
中央政府负责之人，考量事实，非公莫属。务恳俯顺舆情，维持大局。事关国脉，万乞即日莅京，勉任艰巨，无任祈祷之至。(《民国日报》，1922年6月10 日)
这年6月11日早上8时，黎就登上了赴京复职的专列，在王家襄、吴景濂以及直系各省代表陪同下，自天津赴北京，于11时抵达北京，北京火车站与沿途街道彩旗飘舞，仪仗队鸣枪欢迎。下午在幕僚和各界名流的前呼后拥下，黎前往中南海怀仁堂参加总统就职典礼。
黎氏重作冯妇后，北京城内出现了一些开明气象。黎有意任蔡元培为教育总长，李大钊为次席(《世界日报》，1927年4月10日)。蔡李皆不就，遂改蔡的好友汤尔和就任。此时的蔡元培前所未有地关心政治，他和林长民等名流一样，知道黎元洪和他的好人政府来之不易，又发动北京86个团体，于“双十节”国庆这天，在天安门前召开了声势浩大的国民裁兵大会。那天他亲自担任大会主席，还请出黎大总统当场发表同意裁兵的演说。广场上彩旗招展，五六万人的口号声，响彻天空。
黎任命的“好人内阁”粉墨登台果然不负重望，汤尔和一出任教育总长，就按黎氏的旨意，从罗文干手里弄来了一笔钱，缓解燃眉之急。因为当时北大的教职员工，已经五个月没发薪水了。经蔡元培斡旋，教育部先拨给北大两个月的工资。这真好似久旱逢雨，“北大派”一下来了劲，蔡元培和胡适、丁文江等“努力会”成员，似乎看到了法统重光的一线希望。
蔡元培挂印而去
不久，因罗文干卷入曹锟与吴佩孚的内斗，罗文干成为牺牲品。导致蔡元培于1923年1月17日第六次辞职。
罗文干时任财政总长，曾经在北大任教。罗因金佛郎案被逮捕后，司法机关查无证据将罗放了。不料，教育总长彭允彝竟然在国务院会议上，提案将罗再抓起来。蔡元培了解罗的人格和清白，为了抗议行政干预司法，不与违背法治的北洋政府为伍，他正式向黎元洪和教育部提出辞职，并公开在《北京大学日刊》发表辞职声明。还写了一篇《关于不合作宣言》，发表在上海《申报》上。
1月19日下午，为众议员对阁员的票时间。北京大学等校的数千名学生前往众议院请愿，他们手执“驱逐教育界败类彭允彝”的小旗子，在队伍前举着一杆大旗，上书“警告国会”四个大字。可是，当队伍游行到众议院门口时，吴景濂竟指使警察毒打赤手空拳的学生，当场受伤者二百余人。当学生队伍被驱散后，多数议员居然投了彭的同意票。顿时引起全国学界的愤怒。1月20日，北大全体教职员呈黎大总统文，并发表宣言，恳请罢免彭允彝教育总长职务，挽留蔡元培校长。1月24日下午参议员投票时，北大等42所学校五千余学生，前往参议院请愿。要求该院否决众议院对彭的同意案……
到了6月23日，在杭州西湖的蔡还和胡适商定三个稿子，分别是给北京各校教职员联席会议、北大教职员和北大学生会的公开信，继续他和军阀政府的不合作。蔡元培的这次辞职社会反响很大，因迫于舆论的强大压力，彭允彝不得不下台。
蔡元培辞职赴津后，黎元洪和国务院通电挽留，并不予批准，造成蔡辞职不成。但他不再到校，由蒋梦麟代理校务。北洋政府始终没有免蔡元培的职。
1911年11月上旬，宣统三年辛亥年，辛亥革命爆发，在陈其美去电催促下，蔡元培取道西伯利亚回国。
1912年1月4日，民国元年，中华民国临时政府在南京成立，他就任南京临时政府教育总长。教育部在蔡元培之下对公众征求可能的国歌，后来颁布了中华民国临时国歌，由沈恩孚作词、沈彭年谱曲的国歌拟稿，歌名《五旗共和歌》(中华民国国歌)
1月19日，民国元年，他颁布了《普通教育暂行办法》，并主持制定了《大学令》和《中学令》，这是中国的第一个大学和中学校令，他强调要把中学和大学键造成健全国民的学校。
2月，鲁迅被他邀请到教育部任职。
1912年7月，蔡元培因不愿与袁世凯政府合作而辞职。
1913年，民国二年蔡元培46岁时，再次赴法国从事学术研究，在留欧的三年时间里，又编撰了不少哲学美学著作。
1915年6月，民国四年，蔡元培48岁时，他与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，在法国倡勤勤工俭学，希望以次组织帮助更多华人到欧洲求学，后来的周恩来、邓小平等均是通过这个组织的帮助后顺利在法国进行学习的。
1916年夏，黎元洪的北京政府终于明令恢复了民国初年的《临时约法》，孙中山、黄兴等一大批流亡海外的革命党人纷纷相约回国，一些浙江籍议员还发电给远在法国的蔡元培，说是要推选他当浙江省督军。
1916年11月8日，蔡元培与吴玉章一起乘船由马赛回国，抵达上海。
1916年12月26日，民国五年，蔡元培49岁时，受命担任北京大学校长。
1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位。
1917年，蔡元培聘请《新青年》主编陈独秀为文科学长，并聘请李大钊、胡适、钱玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。
1917年，蔡元培邀请著名哲学家梁漱溟到北京大学讲授印度哲学。
1917年，徐悲鸿应蔡元培之邀从日本东京返北京，任北京大学画法研究会导师。
1917年7月，胡适从美国学成回国，被北京大学校长蔡元培聘为教授。
1917年7月3日，蔡元培在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提出辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，那就是抗议张勋复辟。
1917年10月，民国六年，蔡元培50岁时，主持教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满80个单位，一半必修，一半选修(理科酌量减少)，修满即可毕业，不拘年限;预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。
1918年，他更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。