林丹汗是蒙古帝国第35任大汗，一般认为是蒙古末代大汗。林丹汗试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，同时又面临着新兴的女真族的威胁。1632年，后金汗皇太极讨伐林丹汗，林丹汗远遁青海。1634年，林丹汗因天花死于青海大草滩，终年四十三岁。其子额哲于翌年投降后金，蒙古帝国灭亡。
1603年，蒙古布延薛禅汗去世，次年由他的长孙林丹汗继位。林丹汗即位后，在巴林部境内的阿巴噶哈喇山修建了瓦察尔图察汉浩特(城)作为整个蒙古的政治、军事、经济、文化中心。林丹汗加强了传统的左右翼三万户的地方行政体制，命永谢布部却热斯塔布囊为特命大臣，率领一支军队驻防赵城，管理右翼三万户的蒙古各部，任命乌齐叶特鄂托克锡尔呼纳克洪台吉为管理左翼三万户的特命大臣。察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户，但直属林丹汗。
林丹汗为了有效地控制蒙古各部和巩固汗权，以察哈尔部为基础，直接控制了内喀尔喀巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特等五部，同时也遥控了蒙古其他各部。林丹汗执政前期，漠北喀尔喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都伦汗、阿鲁科尔沁的车根汗、科尔沁奥巴洪台吉、鄂尔多斯土巴济农等，定期前往察汉浩特，朝见林丹汗，并与大汗共同商讨政务大事，参加大汗举行的宴会、围猎等活动。蒙古各部汗、济农、诺延、台吉，按照图们札萨克图汗大法约束诸鄂托克，并定期向林丹汗朝贡献物。
林丹大汗以沙尔巴呼图克图为国师，改奉红教后，极大地影响了他从前的形象和声誉。信奉黄教的漠北喀尔喀和右翼三万户的各部汗、济农、诺延、台吉，与林丹汗逐渐有所疏远。影响较大的迈达里诺门汗，也与林丹汗发生了分歧，久居漠北喀尔喀，已不再同情和支持林丹汗。尽管林丹汗改奉红教后，其统治地位大受影响，但蒙古各部基本上仍听从于他的统一号令。
而正当此时，女真人已从东北地区崛起。其建州部首领努尔哈赤，统一了女真各部，于1616年在赫图阿拉即汗位，国号曰"金"，史称"后金"。努尔哈赤统一女真各部的战争，早已引起蒙古和明朝的注意。内喀尔喀部分台吉与后金通婚、盟誓等事，引起了林丹汗的疑心。他严厉指责管理左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉管束不得力，甚至怀疑他暗中与努尔哈赤已有联系，准备对锡尔呼纳克杜棱洪台吉和其他诸台吉采取必要的措施。
这反而加速了蒙古内部的分化。本来从林丹汗信奉红教后，尊崇宗喀巴黄教多年的漠北喀尔喀以及漠南影响较大的诸部，已与林丹汗貌合神离，开始自行其是了。1622年二月，管理左翼三万户的特命大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉与林丹汗发生分歧，遂率领所属乌齐叶特部与明安谔勒哲依图台吉所属乌噜特部共三千多户，投奔辽阳城，归顺了努尔哈赤。
受其影响，1623年正月，内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、达赖台吉等也各率所属五百户投奔了辽阳城。此时，乌珠穆沁部翁衮都喇尔子多尔济车臣济农与其叔之子塞棱额尔德尼台吉也因与林丹汗不和，率部投奔了漠北喀尔喀车臣汗硕垒。苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率所部，也投奔了漠北喀尔喀车臣汗硕垒。
针对锡尔呼纳克杜棱等台吉投奔努尔哈赤，林丹汗传令内喀尔喀和科尔沁部，不得与后金使臣擅自往来，若被发现，定要兴师问罪。
1623年五月，努尔哈赤又暗遣佑雷和伊沙穆，分别前往札鲁特右翼台吉达雅和色本两处。奉命监视右翼的札鲁特左翼台吉钟嫩和巴林左翼台吉昂安等，中途劫夺了佑雷、伊沙穆所带衣物。色本惧怕林丹汗问罪，于是率部逃入科尔沁。科尔沁奥巴也惟恐得罪林丹汗而不敢收留。色本台吉走投无路，只好投奔后金国主努尔哈赤。努尔哈赤得知内喀尔喀的很多台吉怀有归顺之心，但被林丹汗所阻不敢轻举妄动。于是决定以武力相助欲附之台吉。
经多次往来，努尔哈赤已争取了科尔沁奥巴为首的诸台吉。1624年二月，努尔哈赤遣巴克什、希福、库尔禅至科尔沁，在伊克唐噶哩坡与奥巴为首的诸台吉刑白马乌牛盟誓。此时，林丹汗叔祖岱青台吉与林丹汗不和，遂领所属锡纳明安鄂托克及其六子逃入科尔沁境内，受到奥巴洪台吉的保护。林丹汗命弘吉剌特鄂托克齐赛诺延领兵追回岱青台吉。齐赛诺延深入科尔沁，斩杀了前来堵截的奥巴属下六台吉，取胜而返。
1625年十一月，林丹汗亲自率领内喀尔喀部分兵力，前往科尔沁奥巴洪台吉所在地格勒珠尔根城，围城问罪。努尔哈赤命三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极率领5000名精锐骑兵，由农安塔前来援助奥巴，迫使林丹汗撤走。内喀尔喀巴岳特鄂托克达尔汉巴图尔之子恩格德尔台吉欲归后金，因惧林丹汗，不敢前移。努尔哈赤命诸贝勒率兵，移其部众于辽阳。
在此期间，努尔哈赤以札鲁特部人夺其使臣财务为借口，派阿巴泰、德格类等贝勒率领3000人，深入札鲁特左翼击斩了昂安台吉，尽获其妻孥人户畜产而去。面对后金统zhi者的军事压力，林丹汗未能有效地组织各部与后金正面作战，客观上为后金提供了蚕食其外围各部的机会。
1626年五月，努尔哈赤亲统大军，分兵八路进攻巴林部，击斩了该部台吉囊努克，收其畜产班师。巴林部的部分台吉率部逃入科尔沁境，归顺了努尔哈赤。同年十月，后金以札鲁特台吉鄂尔齐图等兵阻前往科尔沁的使臣为借口，由大贝勒代善、二贝勒阿敏率领万余兵马攻打了左翼札鲁特诸台吉，俘虏了巴克为首的14个台吉及人畜。随后，后金统治者又以武力迫使察哈尔所属阿剌克楚特鄂托克小台吉图尔济率属下百余户归附了后金。
1626年八月，后金国主努尔哈赤去世，其四子皇太极即位。皇太极登基后，加快了征服蒙古各部的步伐，三征林丹汗。皇太极以软硬兼施的手段，拉拢并征fu了察哈尔部外围的内喀尔喀(巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特)和科尔沁部，使素来强大的察哈尔部的力量大为削弱。于是皇太极将军事行动的锋芒直指察哈尔部。
奈曼和敖汉为察哈尔八鄂托克成员，影响较大。努尔哈赤及其继承人皇太极早就通过奈曼鄂托克中有影响力的乌木萨特绰尔济喇m，策动奈曼部长衮楚克巴图鲁台吉归顺后金。1627年二月，皇太极暗中遣人至奈曼部衮楚克所在地，希望衮楚克说服敖汉部首领索诺木杜棱及克什克腾部首领索诺木诺延归顺后金。
四月，奈曼和敖汉部遣人表示，他们曾说服林丹汗与后金讲和，但他们的努力遭到林丹汗和克什克腾部长的拒绝。六月，奈曼和敖汉部长派遣乌木萨特绰尔济喇嘛至都尔弼城(后为清朝养息牧场)，通知后金两蒙古部来降。皇太极领诸贝勒自都尔弼渡辽河，迎接了两部长。1627年十二月，察哈尔阿喇克楚特部长多尔济伊勒登、安班和硕齐、扣肯巴图鲁、昂坤杜棱等台吉，也先后率部依附于皇太极。
在此期间，皇太极曾数次遣人策动喀喇沁部归顺后金，但其所遣使臣均被察哈尔所属多罗特部人截杀。1628年二月，皇太极以使臣被杀为由，亲自率领精锐之师征战察哈尔。皇太极命其弟多尔衮和多铎贝勒为先锋，率精兵先进。多尔衮探知多罗特部青巴图噜塞棱及其部众在敖穆伦住牧，于是合兵袭击了敖穆伦，多罗特部多尔济哈坦巴图噜受伤遁走，台吉固噜被杀，其部众万余人被皇太极俘获。
皇太极与喀喇沁通使，进兵察哈尔杀掠了多罗特部。于是，林丹汗兴师进抵喀喇沁部所在地，以武力裹走了喀喇沁苏布地塔布囊及其弟万丹伟征所属户口牧产。喀喇沁拉斯喀布汗与土默特、鄂尔多斯、阿苏特、永谢布的部分台吉联合，攻打了驻守赵城的林丹汗的一支军队。1628年七月，喀喇沁部首领派遣以4名喇嘛为首的使团与皇太极的使臣，刑白马乌牛盟誓，归顺了皇太极。
趁此机会，皇太极决定第二次征察哈尔林丹汗。1628年九月，皇太极分遣巴克什和希福传令西北归顺的外藩蒙古各部率领所属兵马，到达约定地点，以征察哈尔林丹汗。敖汉部长索诺木杜棱、奈曼部长衮楚克巴图鲁会于都尔弼城；内喀尔喀诸贝勒所率兵马会于辽阳城；喀喇沁和科尔沁部会于绰罗郭勒。皇太极统领大军乘夜攻入察哈尔部的锡尔哈锡伯图、英汤图等地，俘获了很多人畜而还。
科尔沁台吉满珠习礼及巴敦力战察哈尔部众，将所获物献给了皇太极。皇太极分别赐二人"达尔汉巴图噜"和"达尔汉卓哩克图"号。惟有科尔沁部长奥巴不忍心杀掠林丹汗及其部下，以足疾为由未到达所会之地，与其弟布达齐率部抵达察哈尔边界，虚张声势而还。皇太极遣人问罪，罚驼十峰，马百匹。
1630年十一月，阿鲁科尔沁部长达赉楚琥尔、四子部落台吉伊尔扎布墨尔根台吉、阿鲁伊苏特部台吉齐桑达尔汉、噶尔玛伊勒登等各率所部先后归顺了皇太极。皇太极将他们安置在西拉木伦河北岸游牧。1631年十一月，林丹汗为了用武力夺回阿鲁诸部台吉，遂兴师到达阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲率2000名精锐骑兵闻讯赶来，林丹汗早已越过兴安岭而去。
1632年三月，皇太极决定第三次远征察哈尔林丹汗，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、札鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河。当夜，镶黄旗两个蒙古人偷马逃出，将大军压境的消息报告给林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀尔喀，但喀尔喀三汗与他不和。于是林丹汗率领所属10万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多斯。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，五月下旬进驻呼和浩特，得知林丹汗已南渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。
后金大军到达呼和浩特后，林丹汗在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的"林丹巴图鲁汗"，遂带领察哈尔、鄂尔多斯部众，移动成吉思汗之陵，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，等待时机，重整旗鼓，准备东山再起。此时，一向坚决支持林丹汗事业的漠北喀尔喀却图台吉，于1634年初，率所部4万之众，直奔大草滩与林丹汗会合。林丹汗和却图台吉通过红教的关系，与藏巴汗和白利土司顿月多吉建立了联系。
1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗福金苏泰与其子额尔克孔果尔额哲率领察哈尔和鄂尔多斯部众自大草滩返回鄂尔多斯。喀尔喀却图台吉率部进入青海。林丹汗病故后，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，前往鄂尔多斯寻找林丹汗子额哲。
三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的妻子囊囊，得知额哲所在地。四月二十日，渡过黄河，至托里图找到了额尔克孔果尔额哲。后来，后金统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封林丹汗子额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁之，设都统和副都统统治察哈尔左右翼。
1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚沈阳，承认皇太极为汗，并奉上"博格达·彻辰汗"的尊号。蒙古人之所以承认皇太极为汗，是因为当时的女真部和蒙古人似乎有着同一祖源关系，而且可以确定的是皇太极的父亲努尔哈赤的先祖就是猛哥帖木耳。同年，皇太极在盛京即位，改国号为"清"，改元崇德。
林丹汗和崇祯为何被戏称为历史上的“难兄难弟”?
首先，蒙古汗权不振已久，林丹汗所能支配的只有辽河套的察哈尔部，蒙古南有大明王朝的统治势力，而东面的女真族也在努尔哈赤的领导下迅速走上统一强盛之路，周边强敌环绕，蒙古国要崛起，谈何容易。不过，由于林丹汗是黄金家族成员，他的统治还是得到了相当一部分草原部族的拥护。于是，为了实现草原部落的统一，林丹汗首先推出了一系列加强中央集权的施政举措，确保军政大权掌握在大汗手中。
待自己的实力和威望都有所提升之后，他首先发动了南征大明的战争，在与明朝的数度交战中慢慢提高蒙古帝国军队的战斗力。十余年后，北元的政治力量终于崛起，此时，后金国王努尔哈赤为征伐大明，有意拉拢林丹汗共同举事。深知努尔哈赤野心的林丹汗断然予以拒绝，由此而与后金交恶。在其后的十余年间，林丹汗放下旧怨，和明朝结盟，并与后金展开了漫长的征战，至公元1634年，林丹汗兵败逃亡至青海，不久即病逝。
满清历史典籍上，记载有关清太宗皇太极击败林丹汗的辉煌战绩。公元1632年3月，皇太极亲自领兵第三次远征察哈尔林丹汗，并传令之前归顺后金的蒙古各部率部前来参战，共同征伐北元。一时间，十数万大军浩浩荡荡开赴蒙古草原，一场恶战即将打响。四月间，蒙古科尔沁、札鲁特、阿苏特等部的部长及主帅领大队人马会集于西拉木伦河岸，十万雄兵整装待发。
数日后，皇太极率领后金大军越过兴安岭，驻守都埒河，开始商议排兵布阵大计。据清宫档案记载，皇太极击败林丹汗一战，并非一帆风顺，其间，也遇到过一些阻力。比如大军驻扎都埒河畔当夜，镶黄旗有两名蒙古族部将偷马出逃，将后金大军压境的消息报告给林丹汗，使林丹汗对此一战有所准备，因而皇太极的偷袭计划并未能得逞。
林丹汗得悉后，立刻召集部将准备抵御。起初，他欲率军撤至漠北喀尔喀，伺机展开反击，然而喀尔喀的三位大汗素日与他不和，此刻并不打算伸出援手。无奈之下，林丹汗率领十万部将，向西奔逃至库赫德尔苏，又渡黄河前往达鄂尔多斯。失去战斗先机的皇太极遂分兵三路，追赶林丹汗部。历经四十一天的追捕，终一无所获。时至五月下旬，皇太极大军进驻呼和浩特，此时他才得知林丹汗早已南渡黄河而去，哪里还追得上。不得已，皇太极下令停止追击，大军折返。一番虽未正面交战，然而皇太极在途中收拢了林丹汗所遗部众数万人之多，北元王朝大势已去，皇太极击败林丹汗已成不争的事实。
北元林丹汗与明毅宗崇祯，分别为十七世纪中期两个没落帝国的末代君主，两人征战多年，神交已久，然而却在短短九年的时间里先后被后起之秀——清帝国所灭。不知是历史的巧合还是别的原因，同为亡国之君，林丹汗与崇祯二人，竟有许多相似之处，以至于后代历史学家戏称他们为晚明历史上的一对“难兄难弟”。
首先，初登大宝之时，林丹汗与崇祯皆为当时的青年才俊，两人怀有同样的政治抱负，都希望振兴祖业，改善民生，都尽了自己最大的努力欲挽回王朝倾颓之势。与自己的前任君王相比，这两位末代皇帝无疑要有作为得多。然而不可否认，时局的局限往往才是真正的局限，当一个曾经辉煌的帝国已然病入沉疴，那任凭末代君主如何励精图治，想要力挽狂澜，都只能恨水东逝，这便是林丹汗与崇祯帝共同的悲剧命运的根源。
其次，当国家处在内忧外患之际，身为领袖的正确选择应该是先安内，后攘外，而林丹汗与崇祯面对这双向压力，居然不约而同地实行双拳力敌四手的方针，一边平息内乱一边试图与外部崛起的侵略势力周旋，最终导致国家元气丧尽，在内外势力的共同夹击下，王权土崩瓦解。当国运走到尽头，再无重振的希望时，林丹汗与崇祯再现如出一辙的人生结局，都在四十多岁正值壮年时悲惨离世。亡国之君堪称道，可见林丹汗与崇祯帝的命运在多层面上都有着惊人的相似，他二人不愧为中国历史上的一对名副其实的“难兄难弟”。