皮、肉、筋、骨、脉五体是人体的最主要组织结构，是九针治疗的承担者。九针通过针刺五体，实现对机体的调节，九针与五体存在着对应关系，由于五体分属于脏腑，通过五体，九针与脏腑也存在着对应关系。
九针与五体、脏腑对应关系为：
1.镵针对应皮、肺病
镵针对应于皮，皮肤五脏对应于肺，镵针针刺皮肤，治疗皮肤、肺脏等病证。
2.圆针、毫针对应肌、脾病
圆针对应肌肉，五脏对应于脾，圆针针刺分肉，治疗肌肉、脾脏等病证。肌肉丰厚处，圆针刺入易损伤肌肉，毫针较细、没有损伤，针刺肌肉丰厚处，治疗肌肉、脾脏等病证。
3.鍉针、锋针、铍针对应脉、心病
三者同对应脉、心病，但之间有明显差别（表1-11）。
（1）鍉针对应于脉，五脏对应于心，鍉针针刺脉，治疗脉、心病证。
（2）锋针刺经络放血，可排除瘀血和火热之邪，心主血脉，心又属于火，锋针治疗部位为经络，主治血脉瘀阻、火热之证、心脏病证。
（3）铍针为痈脓、火热而设。《灵枢·官针第七》曰：“病为大脓者，取以铍针。”而《素问·至真要大论篇第七十四》曰：“诸热瞀瘛，皆属于火。诸痛痒疮，皆属于心。”火热亦皆属于心，铍针刺破痈脓，主治心火热毒壅盛。
4.圆利针、毫针、大针对应筋、肝病
三者同对应筋、肝病，但之间有明显差别（表1-12）。
（1）圆利针治疗筋，五脏对应于肝，圆利针针刺筋，治疗筋、肝脏等病证。
（2）毫针治疗痹证疼痛、麻木等为主，为筋的病变。《灵枢·官针第七》曰：“病痹气痛而不去者，取以毫针。”《灵枢·九针论第七十八》曰：“七曰毫针，取法于毫毛，长一寸六分，主寒热痛痹在络者也。”毫针针刺，多治疗筋的病证，同时治疗多种病证。
（3）大针疏通关节，关节肿胀属于筋的病变。《灵枢·官针第七》曰：“病水肿不能通关节者，取以大针。”《灵枢·九针十二原第一》曰：“大针者，尖如梃，其锋微圆，以泻机关之水也。”大针治疗的主要是筋病“水肿不能通关节”。
5.长针、锋针对应骨、肾病
长针治疗骨，五脏对应于肾，长针刺骨，治疗骨、肾脏、久病等病证。锋针也可针刺骨，治疗骨、肾脏、久病等病证。
这是基本的对应关系，由于人体是一个有机整体，互相联系，故九针、五体与脏腑还存在多重对应关系，如镵针刺皮还治疗心肝脾肾病证；圆针刺肉还治疗筋、其他脏腑病证；毫针治筋还能治疗心肺脾肾、皮肉等病证；锋针刺脉能治疗经络、五脏六腑病证；长针刺骨能治疗五脏六腑病、疑难重证等。
九针可以单独治疗疾病，但多互相协作配合使用，如针、圆针、大针等需要锋针开皮方能刺入等。在治疗过程中，有时一个病需一种针具针刺，更多的情况是一种针具为主，同时多个针具配合。
同一部位，使用不同针具、刺法，可以治疗不同病证，如热病五十九穴，镵针治疗热病先肤痛、窒鼻、充面，热病先身涩、倚而热、烦悗、干唇口嗌。圆利针治疗热病嗌干多饮、善惊、卧不能起。锋针治疗热病身重骨痛、耳聋而好瞑等。