脏腑是化生气血、通调经络、主持人体生命活动的主要器官。推拿具有调整脏腑功能的作用。脏腑功能失调后，所产生的病变通过经络传导反映于外，如精神不振、情志异常、食欲改变、二便失调、汗出异常、寒热、疼痛以及肌强直等，出现各种不同的症状，即所谓“有诸内、必形诸外”。推拿是通过手法刺激相应的体表腧穴、痛点（或疼痛部位），并通过经络的连属与传导作用，调节内脏功能，达到治疗疾病的目的。临床实践表明，不论是阴虚、阳虚，还是阴盛、阳亢，也不论是虚证或实证、寒证或热证，只要在相应的腧穴、部位上选用相宜的推拿手法，均可得到不同程度的调整，以达到调整阴阳、补虚泻实的作用，而且对脏腑功能具有良好的双向调节作用。这种作用一是直接作用，即通过手法刺激体表而直接影响脏腑功能；二是间接作用，即通过经络与脏腑间的联系来实现。
1、调肾
腰为肾之府。推拿补肾，常在腰部施术，特别是在腰部的命门、腰阳关、肾俞、气海俞、大肠俞、关元俞等处取穴，小腹部的气海、关元、丹田也是补肾要穴。循经远道取穴，则以涌泉、太溪等肾经腧穴为主。手法多取摩法、擦法等。还可运用膏摩法，手法结合药物，而发挥补肾作用。典型者如宋代以后流行的摩腰膏。《丹溪心法》记载“摩腰膏”主治“老人虚人腰痛，并妇人白带”。《太平圣惠方》云：“治五种腰痛，肾脏久冷，宜用摩腰丸方……每用两丸热灸手，于腰间摩，令热彻为度，偏壮益肾气。”《圣济总录》用“大补益摩膏”摩腰，“治五劳七伤，腰膝疼痛，鬓发早白，面色萎黄，水脏久冷，疝气下坠，耳聋眼暗，痔漏肠风。凡百疾病，悉能疗除。兼治女人子脏久冷，头鬓疏薄，面生，风劳血气，产后诸疾，赤白带下”。清代《兰台轨范》也记载：“有人专用丹溪摩腰方治形体之病，老人虚人极验，其术甚行。”《韩氏医通》推荐用“外鹿髓丸”配合摩腰膏等，“以擦摩肾俞，大补元阳。凡骨节痛，属虚寒者，其效如神”。
自我按摩也是中医推拿补肾的一个重要方面，有擦涌泉、摩丹田、擦肾俞等操作法。《居家宜忌》云：“每夜以手握擦涌泉穴，左右各三百，甚益下元。”
2、调脾
调理脾胃是推拿疗法的特长。中医推拿有摩腹运气、腹诊推拿、脏腑图点穴法等以腹部操作为主的流派。一指禅推拿流派和内功推拿流派对腹部操作非常重视，衰氏按导法也有腹部总持法和分持法。《备急千金要方》云：“食毕……使人以粉摩腹上数百遍，则食易消，大益人，令人能饮食，无百病。”《厘正按摩要术》：“胸腹上下，或摩或揉，或搓或推等法，往来轻重缓急得宜，自然消化，切勿偏用，庶脏腑不致有反复不宁之患。即有痰滞食积，在回肠曲折之间，药方所不能到者，此则妙在运动，因之消化而解矣。”《石室秘录》用揉法治疗脏腑癥结：“以一人按其小腹揉之，不可缓，不可急，不可重，不可轻，最难之事，总以中和为主。”“中和”有双向调整阴阳、使脾胃功能趋向于正常之意。其治法一是在腹部局部操作，一是取背俞穴或循经取穴。常用的操作法有摩腹，一指禅推腹部，按揉天枢、关元、中脘，点按脾俞、胃俞、大肠俞、足三里，掌振腹部，擦背部膀胱经等。如对于胃肠蠕动功能减弱所致的便秘不通，多顺肠蠕动方向揉摩，以消食导滞。较为严重的肠梗阻，则可用《肘后方》“抄腹法”治之。
3、调肺
推拿对肺系病证的治疗有其独特之处，即具有良好的化痰排痰作用。主要是通过拍法、振法对上背部的物理刺激而达到治疗目的，也可刺激肺俞、定喘等穴，通过经络系统对肺系起作用。
肺系病证的病机之一就是“膈有胶固之痰”（《证治汇补》）。推拿在上背部施以掌振法、拍法，可振荡气道内的痰涎，加连其由内向外运动，而起化痰排痰之功。如能配合肺部引流体位则效果更好。此法对咳嗽、哮喘等多种肺系病证有治疗或辅助治疗作用。
推拿用于化痰排痰的操作法还有很多。如《动功按摩秘诀》治疗“哮吼喘急”的“掐天突穴法”，《医学衷中参西录》治疗“痰厥”的“点天突穴法”和“捏结喉法”。《幼科铁镜》治疗喉内痰壅的“指抵气海穴法”。《幼幼集成》的药物推熨胸背“暖痰法”。《卫生二要》的“转辘轳法”，以及内功推拿流派的“擦前胸后背法“等。
另外，在小儿推拿特定穴上操作也可起到止咳化痰、宣肺平喘、开胸理气的作用，如按揉掌小横纹、按揉膻中、推膻中、按揉肺俞、分推肩胛骨、运内八卦等。
4、调肝
肝的主要功能是主流泄，主筋，主藏血。通过推拿手法在一定腧穴或部位上的操作即可起到疏肝理气、宽胸解郁、行气活血的作用。
临床上应用较多的是用一指禅推法或按揉法在期门、章门、肝俞、胆俞操作，搓摩胁助等，在可用于治疗因肝气不舒而引起的疾病，如胃脘痛、痛经、月经不调、乳腺增生、积聚、忧郁等病证。
强刺激点按太冲、推桥弓、可起到平肝潜阳的作用。治疗由于肝阳上亢而引起的眩晕、头痛等病证。
按揉肝俞、胆俞、胆囊穴，可抑制胆汁收缩。减少胆汁排出。使胆绞痛缓解，用于治疗胆绞痛、胆囊炎等病证。
5、调心
推拿可以调节心的功能，按揉心俞、厥阴俞可以行气活血、疏通经脉，用于治疗由于心血瘀阻、血脉不通而引起的胸痹（冠心病）等疾病。《宋文宪公全集》记载朱丹溪派弟子贾思诚治疗一眩晕耳鸣的病人：“其厥逆也，则药其涌泉以寤之；其怔忡也，则按其心俞而定之。
用较强的按法、拿法刺激内关，可使心率加快，用于治疗心动过缓；用较弱的按法、揉法刺激内关，又可使心率减慢，用于治疗心动过速。
推拿还具有强心通脉的作用。《金匮要略》记载了以按摩为主抢教自缢死。有用于急救的胸外心脏按压法：“一人以手按据胸上，数动之。”《医学衷中参西录》更有详细的操作记载。又如《肘后备急方》治卒心痛：“以手大指按心下宛宛中，取愈。”