祝氏组方用药时非常重视药物之间的配伍，尝谓：“临证如临阵，用药如用兵。良将行兵布阵，必对手下兵士素质优劣了如指掌，方能战而胜之；良医组方，亦应熟谙药性，精通配伍，灵活化裁，则药之必果。”他认为组方的关键是配伍，药物之间的配伍并非是杂乱的拼凑，而是根据病情需要的有机组合。
每味药物单独使用，仅仅体现出单一的治疗作用，只有合理配伍之后，才能发挥出多种治疗功效。如枳实配白术攻补兼施治痞满，桔梗配枳壳升降同投治气结，黄连配桂枝寒热并用治上热下寒，川楝子配泽兰叶气血两调治胁痛等，均属此类。
中医处方之精华亦在于配伍。临证时双药并书，配伍之后或相互协同、相互促进以增强疗效；或相互制约、相互拮抗以消除副作用；或相互依赖、相互转化，抑其短而扬其长，产生新的治疗作用者，均可谓之对药，施今墨先生极精于此道。
祝氏师承之，曾留心收集、整理出施今墨对药数百对，后经吕景山氏进一步系统化和串解，辑为《施今墨对药临床经验集》出版问世。笔者随祝氏侍诊过程中，发现他不仅对施氏对药运用娴熟，而且经过自己多年的探索、体验和研究，又自创增补出不少对药，皆为《施今墨对药临床经验集》所未载，兹择其常用的9对，阐释如下：
银花、连翘配板蓝根
银花性味甘寒，轻扬芳香，既能清气分之邪热，又可解血分之热毒，为散热解毒之佳品；连翘苦寒，善泻心火，破血结，散风热，为“疮家圣药”；板蓝根苦寒，凉血解毒而治头面部与局部热毒所致的大头瘟、痄腮、咽喉肿痛等证。三药合用，均入上焦，相互促进，清热解毒，利咽消肿力量增强，常治外感风热或上焦蕴热的发热不退，咽喉或颌下淋巴结肿痛，口舌生疮等病。
用量：银花、连翘各10g，板蓝根15g。
升麻配桔梗
升麻甘寒，入肺、胃经，轻清上浮而发表透疹，又善清阳明经热毒；桔梗苦平，直入肺经，开宣肺气以利咽消肿，宣通气血而祛痰排脓。两相配伍，直达上焦，治疗风热蕴毒引起的咽喉、牙龈肿痛等病。
用量：升麻10g，桔梗10g。
生甘草配蒲公英
甘草味甘性平，归十二经，生用可泻火解毒，缓急止痛，对实验性胃溃疡有明显抑制作用；蒲公英苦甘寒，归肝胃经，清热解毒，消痈散结，利胆退黄，药理研究可清除幽门螺旋菌。二药配伍后，清热解毒，缓急止痛，可治热毒炽盛的咽喉肿痛、口舌溃疡或慢性胃炎之胃脘挛痛、嘈杂反酸。
用量：生甘草10g，蒲公英20g。
土茯苓配草河车
土茯苓甘淡性平，归肝、胃经，利湿清热之中兼能解毒，善治湿热疮毒；草河车苦寒，入肝经血分，清热解毒而疗疮消痈。两药配伍，清热解毒利湿，抗病毒感染，祝氏常用其治乙型病毒性肝炎HBsAg阳性，ALT增高者。
用量：土茯苓15g，草河车10g。
丹皮配紫草
丹皮苦辛寒，功擅凉血祛瘀，具有凉血而不留淤、活血不动血的特点，又善除阴分伏热，为治无汗骨蒸之要品；紫草甘咸寒，入心、肝二经血分，长于凉血活血，解毒透疹，利尿滑肠。二药相伍，凉血活血，解毒化斑，透疹止痒。祝氏用治血热毒盛、迫血妄行之皮肤发斑，斑疹紫黑等，如温热病发斑、过敏性紫癜、过敏性皮疹、银屑病等。
用量：丹皮10g，紫草10g。
生地配白茅根
生地甘寒，滋阴凉血清热，又因血凉则静，故能凉血以止血，治阴虚血热之吐、衄下血，发斑发疹；白茅根甘寒，入血分可清热凉血止血，利小便导湿热下行。二药相配，滋阴清热，凉血止血作用增强，可治阴虚血热之内伤发热、血热妄行之皮肤斑疹以及吐、衄、尿血等症。
用量：生地10~15g，白茅根30g。
白蒺藜配地肤子
白蒺藜辛散苦泄，轻扬疏散，既可宣散外来风热，祛风明目止痒，治疗目赤多泪，头痛头晕，风疹瘙痒，白癜风等，又能平肝息内风，疏肝行气解郁，治疗肝风头痛头晕及肝气胁肋胀痛；地肤子辛苦气寒，能走表外散肌肤之风而止痒，入里内清湿热而利尿，治疗风湿侵袭肌表所致的皮肤风疹、湿疹瘙痒。两药相配，散风清热，除湿止痒，相辅相成，常治糖尿病性皮肤瘙痒、妇女外阴瘙痒及风疹、荨麻疹、湿疹等皮肤疾病。
用量：白蒺藜10g，地肤子15g。
谷精草配密蒙花
谷精草甘平，轻清上浮，疏散风热而明目退翳，治肝经风热之目赤羞明、头痛牙痛；密蒙花甘寒，养血明目且清肝消翳，主治肝热兼肝阴不足之目赤多泪、青盲翳障。谷精草长于疏散清热，密蒙花兼能养肝润燥，相配之后可治疗糖尿病性视网膜病变、黄斑变性或白内障引起的视物模糊、视力下降等。
用量：谷精草10g，密蒙花10g。
桂枝配丹皮
桂枝温通血脉，调经止痛，治血脉闭阻之闭经、痛经、肢体疼痛；丹皮苦寒凉血，辛散行瘀，可治热结血滞之斑疹、吐衄、闭经及痈肿。二药配伍，一温一寒，均入血分通瘀滞，散血结，常治血瘀闭经、痛经及下肢血管阻塞引起的肿胀疼痛。
用量：桂枝10g，丹皮10g。