吴茱萸这一中药的药用价值很多，主治驱寒止痛，特别是治疗头痛，痛经，腹痛，呕吐方面效果很好，对于它的用药量也要把握好，这就要在医生的吩咐下用药，才能够发挥药效。
1、治肾气上哕，肾气自腹中起上筑于咽喉，逆气连属而不能吐，或至数十声，上下不得喘息：吴茱萸(醋炒)、橘皮、附子(去皮)各一两。为末，面糊丸，梧子大。每姜汤下七十丸。(《仁存堂经验方》)
2、治醋心，每醋气上攻如酽醋：茱萸一合。水三盏，煎七分，顿服。纵浓，亦须强服。(《兵部手祭方》)
3、治食已吞酸，胃气虚冷者：吴茱萸(汤泡七次，焙)、干姜(炮)等分。为末，汤服一钱。(《圣惠方》)
4、治肝火：黄连六两，吴茱萸一两或半两。上为末，水丸或蒸饼丸。白汤下五十丸。(《丹溪心法》左金丸，一名回令丸)
5、治呕而胸满，及干呕吐涎沫，头痛者：吴茱萸一升，人参三两，生姜六两，大枣十二枚。上四味，以水五升，煮取三升，温服七合，日三服。
6、吴茱萸与干姜，均有温中散寒功效，治疗寒郁中焦，脘腹冷痛等证，二药常相须为用。然干姜尚能温上焦，温肺经化饮止咳;吴茱萸还能温下焦，温肝以治寒疝腹痛，助肾阳以治寒泻，温营血以治经闭。
7、吴茱萸、黄连、生姜，三药均有止呕作用，然而吴茱萸温肝而治肝寒犯胃之呕苦，生姜能温中而治胃寒上逆之呕水。