《灵枢·九针十二原》指出：“小针之要，易陈而难人，粗守形，上守神。”说明我们要把握针灸理论，关键在于对“神”的认识。可以说，针灸之妙也是来自于“神”。推而论之，整个中医药学的理论也是以“神”为中心建构起来的。但在我们的教育中，一般对“神”是讳言莫深的，因为一旦论起来不太容易讲清楚，会被认为不讲科学。其实这种误会和担心来自于传统与现代的隔阂，而其根本则在于科学与人文的隔阂及其分裂。
自近代科学兴起以来，西方社会长达几百年的科学与宗教的冲突，直到近年才有所缓和，其原因是科学的发展不得不面对如何接受价值的判断。现在来看，文化及其价值的多元化本来是常态，而在科学处于强势的时候，常态被破坏，并且被代之以科学价值一元化。从目前的发展趋势来看，科学本身也日益呈现多样化，只是对一般大众来说，要接受这种变化尚需要一段相当长的时期。而在此过程中，我们应当充分总结西方科学与宗教从冲突到和平相处的历史经验，使之促进中医药学的现代发展。
“神学解释学”的启示
从学术发展的角度来看，“神学解释学”(亦译为“神学诠释学”)的创立直接与科学对宗教的挑战有关，这门研究神学语言和理解问题的学科源于基督教传统教义阐释、圣经评断和解经学，其现代体系的建立则充分吸收了现代语义哲学、美学、历史学和哲学解释学的基础成果，其基本目标是探索人类语言的本质问题，促进对上帝话语的能动而有效的理解，使信仰观念及神学理论保持活力。对我们中医药界来说，“神学解释学”能够带来的启示在于，要增强中医药理论的现代解释能力，不一定非要通过科学实证，还有另外一条道路可走，即建立面向现代的以人文社会科学为基础的自身理论解释体系。事实上，解释也是创新，而且是基于原创思维的创新。那么，这种创新方式为什么要经过解释而不是实证?
很多人曾经认为，中医药学理论体系采取相对原始的语言方式进行描述，其原因在于当时科学的不发达。那么也可以反问，我们今天已经处在科学发达的时代，应用科学式的表述方式，能否构建出类似的理论体系?近年来，很多学者尝试这样做，但是成功者甚少。
另外，也有不少学者提出中医理论的重建问题，虽然仍在努力，但是工作量甚为巨大，其中难以克服的困难在于找不到串起“颗颗珍珠”的“金线”。从中医理论上看，这条“金线”实际上就是宇宙自然化生的那条“生生不息”的“道路”。按照《老子》的论述，这条“道路”“玄之又玄”，是“众妙之门”。但在《老子》之前，当时的人们认为“众妙”是由“天神”来化生并主宰的，所谓“天外有天”。在《黄帝内经》之中，我们还能隐然看到这种印迹，但其在本质上已经得到成熟的人文精神的理性化提升，并表现出用词虽同，但其意义已经规律化的特征，亦即“道理”。因此，我们可以说，包括针灸理论在内的中医理论，其在性质上就是哲学的具体化。
在西方，科学已经从哲学和宗教中分化出来，独立发展。但在我国，这种分化没有发生。很多人恨其没有发生，因此想方设法使中医科学化。但是现在看来，这样做的必要性尚待思考，因为在对终极问题的表述方面，科学理论至今为止并没有超越哲学、宗教和中医，当代理论也没有超越古代而有更好的解释。所以若要创新，毋宁返本，通过阐释讲出当代对古代理论的意会、认知和尊重。
以上便是对针灸理论之妙来自于“神”的论述。