推拿的作用，主要是改善机体的功能，但并不是推拿只能治疗功能性疾病，对器质性疾病无能为力。推拿手法作用于体表局部，在局部通经络、行气血、濡筋骨，由于气血循着经络的分布流注全身，能影响到内脏及其他部位。
《素问·举痛论》中说：寒气客于背俞之脉则脉泣，脉泣则血虚，血虚则痛，其俞注于心，故相引而痛。按之则热气至，热气至则痛止矣。《医宗金鉴·正骨心法要旨》中说因跌扑闪失，以致骨缝开错，气血郁滞，为肿为痛，宜用按摩法。按其经络，以通郁闭之气，摩其壅聚，以散瘀结之肿，其患可愈。
经络遍布于全身，内属于脏腑，外络于肢节，沟通和联结人体所有的脏腑、器官、孔窍及皮毛、筋肉、骨骼等组织，再通过气血在经络中运行，组成了整体的联系。推拿手法作用于体表局部，在局部通经络、行气血、濡筋骨，并且由于气血循着经络的分布流注全身，能影响到内脏及其他部位。如按揉背部十一、十二椎旁开一寸半的脾俞、胃俞能健脾和胃，按点合谷穴可止牙痛。由此可知，推拿治病不仅是以痛为输，而且还必须根据经络联系的原则，循经取穴。
现代医学认为，推拿手法的物理刺激，使作用区引起生物物理和生物化学的变化，局部组织发生生理反应，这种反应，通过神经反射与体液循环的调节，一方面得到加强，另一方面又引起整体的继发性反应，从而产生一系列病理生理过程的改变，达到治疗效果。
推拿对局部组织的作用，据观察，直接接触肌肤操作的摩擦类手法，可以清除衰亡的上皮细胞，改善皮肤呼吸，有利于汗腺和皮脂腺的分泌，增强皮肤光泽和弹性强刺激手法，可引起部分细胞蛋白质分解，产生组织胺和类组织胺物质，加上手法的机械能转化为热能的综合作用，促使毛细血管扩张，增强局部皮肤肌肉的营养供应，使肌萎缩得以改善，损害的组织促进修复手法的断续挤压，可增快血液循环和淋巴循环(有人在狗的粗大淋巴管内插入套管，看到推拿后比推拿前淋巴液流动增快7倍在家兔的两侧膝关节内注射墨汁，并对一侧膝关节进行推拿，发现推拿后一侧关节内的墨汁已移向远处，未经推拿一侧关节内的墨汁依然大部分存留)。由于病变部位血液循环和淋巴循环的改善，加速了水肿和病变产物的吸收，使肿胀挛缩消除牵拉、弹拨、整复等一些手法，如运动关节类手法，可解除软组织的痉挛、粘连、嵌顿和错位。
通过神经、体液，局部操作的推拿手法能对整体和其他组织产生作用。推拿能调整神经系统兴奋和抑制的相对平衡。缓和较轻而又节律的手法，反复刺激，对神经有镇静抑制的作用。急速较重、时间较短的手法，对神经有兴奋的作用。有人观察推拿后脑电图变化，见a波振幅增大，而且振幅增大的时间延续，这个现象可能是推拿后引起内抑制的发展所致。根据脊髓节段反射，推拿颈部，可以调节上肢及脑内血液循环，降低颅内压，并有降低血压的作用在l～2胸椎部，用振动和叩击的手法，能引起心动反射，表现为心肌收缩振动叩击1～2腰椎，可使小骨盆充血捏脊，可引起胃肠蠕动增快按压缺盆穴处的交感神经星状结节，可发生瞳孔扩大，血管舒张，同侧肢体皮肤温度增高推拿下腹部及大腿内侧，可引起膀胱收缩而排尿，治疗尿潴留推拿腹部可促进胃肠蠕动和消化腺分泌。
推拿尚可引起血液成份和代谢变化。实验室证明推拿后白细胞总数和吞噬能力增加，白细胞分类变化中淋巴细胞比例升高，红细胞轻度增加，血清中补体效价、氧的需要量、排氮量、排尿量和二氧化碳的排泄量也都有增加。