近年来对蜂蜜的药用功效进行了很多试验，在实验室内，蜂蜜有抗菌效果，可以抑制大肠杆菌、沙门氏菌和一些耐药菌，但是并没有在临床试验中得到证实。从蜂蜜的品种来说，似乎颜色深的蜂蜜抗菌效果好。
以新西兰的麦卢卡(Manuka)蜂蜜做成的Medihoney于2007年被FDA批准用于伤口和溃疡治疗，但不能用于烧伤，因为会引起伤口疼痛。
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在实验室中，蜂蜜有一定的治疗过敏效果，美国也有人靠自己养蜂采蜜解决了严重过敏，但还没有临床试验的证据。
对于糖尿病病人来说，蜂蜜虽然是天然的，但并不比白糖或红糖好，甚至含有更多的碳水化合物和卡路里。
2007年，美国宾州州立大学医学院的研究人员对蜂蜜的止咳效果进行了随机双盲试验。在此之前，他们发现常用止咳药右沙美芬和不治疗相比没有统计学差异，而且还有副作用，这次试验使用蜂蜜味的常用止咳药右沙美芬做对照，外加一组不治疗对照，105位2到18岁的儿童(平均年龄5.22岁)随机分成上述三组，比较24小时后减少咳嗽频率和严重程度、改善睡眠等效果，发现蜂蜜的效果最好，尤其在减少咳嗽频率和改善孩子和父母睡眠上。
对于蜂蜜的效果，研究人员的解释一是蜂蜜中的抗氧化剂作用，二是并非蜂蜜的效果，而是天然的糖能够引起唾液分泌、呼吸道粘液分泌和咽喉镇痛效果，从而缓解咳嗽，尤其是减少干咳。
这项试验结果引起了很大的反响，大多数反响是支持的，但也有反对意见，因为从统计学的角度，这项试验所显现的差异并不是很显著，尤其当比较蜂蜜和右沙美芬时并没有统计学差异，而且这项试验拿了国家蜂蜜董事会的基金。
2010年，伊朗研究人员证实了蜂蜜的止咳效果。研究人员将139位2到5岁儿童随机分成4组，其中3组分别给予蜂蜜、右沙美芬、苯海拉明，另外一组不治疗，发现24小时后蜂蜜在减少咳嗽频率、改善咳嗽严重程度和改善孩子与父母睡眠上明显好于其他各组。
这项试验是随机试验，不是双盲法，因此结论说服力不是很强。
2012年，以色列研究人员进行了随机双盲试验，将270名1到5岁儿童随机分成4组，分别给予3种不同的蜂蜜和做对照用的在颜色和味道上和蜂蜜接近的液体，结果发现3种蜂蜜在24小时后蜂蜜在减少咳嗽频率、改善咳嗽严重程度和改善孩子与父母睡眠上明显好于对照组。
上述试验在设计和统计学上最为完善，其结果也更有说服力。
迄今为止，现有的几项临床试验的结果均支持蜂蜜的止咳效果，还没有负面的结果，因此权威机构大多认可蜂蜜的止咳效果。
一岁以下婴儿不能吃蜂蜜的原因是因为蜂蜜中可能有肉毒杆菌的孢子，1岁以下的婴儿消化系统没有发育好，会引起死亡。这种情况是很罕见的，但由于后果比较严重，因此要杜绝给1岁以下婴儿吃蜂蜜，也不要吃任何含蜂蜜的食物。
蜂蜜的止咳效果肯定好于不吃药，蜂蜜和止咳药相比，似乎蜂蜜效果好一点。由于止咳药副作用比较厉害，12岁以下儿童常有因服用止咳药而死的报道，因此蜂蜜除了不能给一岁以下儿童服用外，对其他年龄的儿童，是一种非常安全的止咳药。
上述几项研究都发现不吃药组咳嗽症状也会好转，说明常见疾病比如感冒引起的咳嗽是一种自愈性症状，是机体的自我治疗机制，如果不影响睡眠或者不到非常不舒服的程度，是没有必要吃药的。
从可能的机理上看，似乎天然的糖的缓解效果更站得住脚，由于很多止咳药里面有天然的糖，因此也能止咳，或者说其止咳效果主要源于其甜味成分。
但是，市场上所售的蜂蜜大部分并非真正意义上的蜂蜜，或者是糖精等制成的假货及掺假，或者是纯用白糖喂养蜜蜂而产的蜜，里面没有可检测出的花粉，美国市售的蜂蜜76%检测不到花粉。此外，来自中国和印度等产地的蜂蜜还含有抗生素和重金属。说到这里，如果不能保证买来蜂蜜的质量的话，还是等咳到无法入睡时再用吧。